PRACE PRZEGLĄDOWE
Enzymy zależne od fosforanu
pirydoksalu charakterystyka
i zastosowanie w biotechnologii
Michał Woxniak, Maria Koziołkiewicz
Wydział Biotechnologii i Nauk o ŻywnoSci, Instytut Biochemii
Technicznej, Politechnika Łódzka, Łódx
Pyridoxal phosphate dependent enzymes characteristics and ap-
plication in biotechnology
Summar y
Pyridoxal phosphate (PLP)-dependent enzymes catalyze broad range of re-
actions. They are involved in biotransformation of amino acids and their deriva-
tives in bacteria, fungi, plants and animals. Recently, due to development of
crystallographic technology, three-dimensional structures of some PLP-enzymes
are being solved. A comparison of tertiary structure of these enzymes has
shown that most of them can be divided into three classes of homologous pro-
teins.
This review contains short characteristics of PLP-dependent enzymes, re-
garding to their substrates and the reaction types catalyzed. Because of wide
distribution and involvement in numerous important cellular processes, these
enzymes are considered as candidates for drug targets. Better understanding of
structures and functions of this important group of enzymes is essential for de-
signing their inhibitors and for synthesis of improved protein-based catalysts.
Key words:
PLP-dependent enzymes, pyridoxal phosphate, substrate specificity.
Adres do korespondencji
Michał Woxniak,
Wydział Biotechnologii
i Nauk o ŻywnoSci,
1. Wstęp
Instytut Biochemii
Technicznej,
Politechnika Łódzka,
Fosforan pirydoksalu (PLP, pochodna witaminy B6) jest gru-
ul. Stefanowskiego 4/10,
pą prostetyczną wielu enzymów katalizujących procesy trans-
90-924 Łódx.
formacji aminokwasów (aminotransferazy, syntazy, karboksyla-
zy, racemazy) zarówno w bakteriach jak i w organizmach wyż-
4 (71) 63 81 2005
szych. Enzymy zależne od fosforanu pirydoksalu, katalizują
Michał Woxniak, Maria Koziołkiewicz
szereg różnych reakcji, takich jak: transaminacja, racemizacja, -dekarboksylacja, -
i -eliminacja oraz reakcje -podstawienia (1). WiększoSć enzymów PLP-zależnych, po-
mimo tak zróżnicowanych funkcji, wykazuje znaczne podobieństwo pod względem
struktury III- i IV-rzędowej oraz mechanizmu reakcji. W latach siedemdziesiątych ubieg-
łego wieku Dunathan i Voet postawili hipotezę, że wszystkie enzymy PLP-zależne po-
chodzą od wspólnego przodka (2). Na podstawie przeprowadzonych badań krystalogra-
ficznych zbadano struktury przestrzenne wielu enzymów PLP-zależnych, co pozwoliło
wyodrębnić podgrupy enzymów o podobnej budowie i przeprowadzić próbę ich klasy-
fikacji (3-6). Do tej pory kilkakrotnie podejmowano próby klasyfikacji tych enzymów na
podstawie ich struktury przestrzennej czy rodzaju katalizowanych przez nie reakcji.
Enzymy PLP-zależne są szeroko rozpowszechnione zarówno wSród Prokaryota
jak i Eukaryota. Prawie 1,5% genów organizmów prokariotycznych koduje enzymy
PLP-zależne (7). Jednak wraz ze wzrostem wielkoSci genomów maleje procentowy
udział genów kodujących te enzymy. Wynika to stąd, że enzymy zależne od PLP
katalizują reakcje metabolizmu podstawowego, a w przypadku organizmów euka-
riotycznych, w miarę jak zwiększa się stopień ich złożonoSci, maleje procentowy
udział genów kodujących enzymy metabolizmu podstawowego. Jednakże na pod-
stawie najnowszych analiz wskazuje się, że u eukariontów iloSć białek enzyma-
tycznych zależnych od fosforanu pirydoksalu może być większa niż iloSć dotych-
czas zidentyfikowanych genów kodujących enzymy PLP-zależne. Tłumaczy się to
istnieniem izoenzymów, kodowanych przez te same geny, ale występujących
w różnych organellach komórkowych (np. cytoplazma, mitochondria), a także ist-
nieniem enzymów PLP-zależnych kodowanych przez geny, których prawdziwa
funkcja nie została dotychczas okreSlona (7).
W ostatnich latach enzymy PLP-zależne stały się przedmiotem zainteresowania
biotechnologów, ponieważ znajdują one zastosowanie przede wszystkim w biosyn-
tezie aminokwasów i ich pochodnych, w produkcji różnego rodzaju farmaceutyków
oraz w ochronie Srodowiska (8-10). JednoczeSnie enzymy te, zaangażowane w pro-
cesy komórkowe, stają się coraz częSciej cząsteczkami docelowymi dla specyficz-
nych leków (11,12).
Nadrodzina enzymów PLP-zależnych wzbudza zainteresowanie również dlatego,
że pomimo podobnej struktury katalizują one reakcje o różnym mechanizmie i na-
leżą do różnych klas enzymów. Ustalenie pokrewieństwa pomiędzy tymi białkami po-
zwoli zrozumieć ich ewolucję oraz lepiej poznać szlaki metaboliczne z ich udziałem.
2. Fosforan pirydoksalu. Budowa, właSciwoSci, mechanizm działania
enzymów PLP-zależnych
Fosforan pirydoksalu, jako forma witaminy B6, nie jest produkowany w organi-
zmach wyższych; jego biosynteza zachodzi w komórkach bakterii oraz grzybów
i drożdży. W organizmach prokariotycznych (np. w E. coli) fosforan pirydoksyny
64 PRACE PRZEGLĄDOWE
Enzymy zależne od fosforanu pirydoksalu charakterystyka i zastosowanie w biotechnologii
Rys. 1. Fosforylacja pirydoksalu.
(PNP) powstaje wskutek kondensacji fosforanu 1-deoksy-D-ksylulozy i 4-fosfo-hy-
droksy-L-treoniny katalizowanej przez dwa enzymy: dehydrogenazę 4-fosfo-hy-
droksy-L-treoniny (PdxA, EC 1.1.1.262) i syntazę fosforanu pirydoksyny (PdxJ) (13).
Następnie w obecnoSci oksydazy fosforanu pirydoksyny (EC 1.4.3.5) PNP jest prze-
kształcany do fosforanu pirydoksalu (14). Biosynteza pirydoksyny u drożdży i grzy-
bów przebiega w inny sposób niż u bakterii (15). Pomimo braku kompleksowych
danych na ten temat, stwierdzono, że u eukariontów azot pirydynowy w cząstecz-
ce pirydoksalu nie pochodzi z treoniny (16). U człowieka fosforan pirydoksalu po-
wstaje w wyniku fosforylacji pirydoksalu (rys. 1) dostarczanego do organizmu
z pożywieniem (17).
PLP posiada dwie cechy, dzięki którym może katalizować szereg reakcji związa-
nych z metabolizmem aminokwasów: za poSrednictwem swojej grupy aldehydo-
wej może tworzyć wiązanie kowalencyjne z aminokwasami oraz, jako związek sil-
nie elektrofilowy (dzięki obecnoSci atomu azotu w pierScieniu aromatycznym), po-
siada zdolnoSć przyciągania elektronów stabilizując w ten sposób ujemnie nałado-
wane produkty poSrednie powstające podczas katalizy (18).
Pod nieobecnoSć substratu grupa aldehydowa PLP tworzy zasadę Shiffa z grupą
-aminową lizyny znajdującej się w centrum katalitycznym enzymu. Fosforan piry-
doksalu, będący niebiałkową grupą prostetyczną enzymów PLP-zależnych, może
się wiązać z apoenzymem jeszcze przed ostatecznym fałdowaniem natywnego
białka w komórce (np. w przypadku syntazy tryptofanowej) (19), lub pod koniec
tego procesu (jak w przypadku hydroksymetylotransferazy serynowej) (20). Po
związaniu się apoenzymu z fosforanem pirydoksalu za pomocą wiązania kowalen-
cyjnego, następuje stabilizacja konformacji, która warunkuje aktywnoSć enzyma-
tyczną białka (21).
W obecnoSci substratu (np. aminokwasu), jego grupa -aminowa wypiera gru-
pę -aminową lizyny, tworząc z fosforanem pirydoksalu tzw. aldiminę zewnętrzną.
Aminokwas związany z PLP jest także związany z apoenzymem za pomocą wiązań
wodorowych, w których uczestniczą aminokwasy występujące w centrum katali-
tycznym enzymu (22).
Reakcje transformacji aminokwasów katalizowane przez enzymy PLP-zależne
są kilkuetapowe. SpecyficznoSć danej reakcji oraz rodzaj produktu końcowego za-
BIOTECHNOLOGIA 4 (71) 63-81 2005 65
Michał Woxniak, Maria Koziołkiewicz
Rys. 2. Schemat szlaków metabolicznych, w których uczestniczą enzymy zawierające jako kofak-
tor PLP. Formy przejSciowe produktów oznaczone jako Q mają charakter chinonowy (na podst. (17)).
H+ do C4 przyłączenie protonu do węgla C4 (addycja); CO2 od C uwolnienie grupy COO- od wę-
gla C (dekarboksylacja); R od C uwolnienie grupy alkilowej R od węgla C (eliminacja); X od C
uwolnienie podstawnika X od węgla C (eliminacja).
leży od przestrzennego położenia elektronów substratu i PLP. Aby okreSlone wią-
zanie w cząsteczce substratu zostało zerwane, musi być ułożone prostopadle do
płaszczyzny orbitalu cząsteczki wyszukującej elektrony, czyli PLP (23). Zatem re-
akcje z udziałem fosforanu pirydoksalu są stereoelektronospecyficzne. Schemat
możliwych szlaków metabolicznych przedstawiono na rysunku 2.
O wzrastającym zainteresowaniu enzymami PLP-zależnymi może Swiadczyć
fakt, że w 2004 r. w Annual Review of Biochemistry ukazał się obszerny artykuł
przeglądowy na ich temat. Zawiera on szczegółowe informacje dotyczące mecha-
nizmu reakcji katalizowanych przez enzymy zależne od fosforanu pirydoksalu, ich
specyficznoSci substratowej oraz czynników wpływających na przebieg tych reak-
cji (24).
66 PRACE PRZEGLĄDOWE
Enzymy zależne od fosforanu pirydoksalu charakterystyka i zastosowanie w biotechnologii
3. Klasyfikacja enzymów PLP-zależnych
Duża różnorodnoSć enzymów, w których grupą prostetyczną jest fosforan piry-
doksalu, utrudniała ich systematykę i klasyfikację. Starano się je podzielić na gru-
py w zależnoSci od budowy przestrzennej, rodzaju i mechanizmu katalizowanych
reakcji bądx występowania.
Mehta i wsp. jako pierwsi zauważyli, że prawie wszystkie aminotransferazy
można podzielić na grupy homologicznych białek (25), a rok póxniej spostrzeże-
nie to rozszerzono w stosunku do wszystkich enzymów z witaminą B6 jako grupą
prostetyczną (3), wyłączając fosforylazy, u których występuje nieco inny mecha-
nizm reakcji niż u pozostałych enzymów PLP-zależnych. W roku 1994 Alexander
i wsp. podzielili enzymy PLP-zależne na trzy różne rodziny homologicznych białek
(3): rodzina katalizująca reakcje na atomie węgla substratu, rodzina katali-
zująca reakcje -podstawienia i -eliminacji, oraz rodzina , która katalizuje reak-
cje -podstawienia i -eliminacji. Schneider i wsp. (6) podzielili enzymy PLP-zależ-
ne na 5 grup na podstawie ich podobieństwa pod względem struktury trzeciorzę-
dowej. Jansonius (4) podzielił te enzymy na 4 rodziny, wykluczając rodzinę fosfo-
rylaz. Fosforylazy zawierają fosforan pirydoksalu i wykazują podobieństwo struk-
turalne do pozostałych enzymów PLP-zależnych, ale w katalizowanych reakcjach
wykorzystują fosforan pirydoksalu jako substrat, dlatego zostaną omówione osobno.
Nie wszystkie enzymy PLP-zależne można sklasyfikować na podstawie pocho-
dzenia czy podobieństwa strukturalnego. Aminotransferaza D-aminokwasów i ami-
notransferaza aminokwasów o rozgałęzionych łańcuchach bocznych znacząco róż-
nią się od pozostałych enzymów PLP-zależnych, dlatego też wydzielono dla nich
osobną podgrupę.
Opracowanie oparto na podziale enzymów PLP-zależnych na trzy rodziny ( ,
i ), w zależnoSci od atomu węgla substratu, przy którym zachodzi katalizowana
reakcja (z nielicznymi wyjątkami). W tabeli zebrano przedstawicieli omawianych
rodzin enzymów PLP-zależnych.
3.1. Rodzina
Do tej rodziny należy większoSć aminotransferaz (przykładem jest aminotrans-
feraza asparaginianowa) oraz transferazy (hydroksymetylotransferaza glicynowa,
SerHM, EC 2.1.2.1; C-acetylotransferaza glicyny, GlyAcT, EC 2.3.1.29) i liazy (feno-
lo-liaza tyrozynowa, TPL, EC 4.1.99.2.; tryptofanaza, TNA, EC 4.1.99.1)
Aminotransferazy katalizują reakcje przeniesienia grupy aminowej z amino-
kwasów na oksokwasy. Aminotransferaza asparaginianowa (AAT, EC 2.6.1.1.) kata-
lizuje przeniesienie grupy aminowej z asparaginianu na 2-oksoglutaran. Enzym
ten jest szeroko rozpowszechniony w przyrodzie. Występuje zarówno u bakterii
(np. w E. coli (26)), drożdży (S. cerevisiae (27)), jak i w komórkach kręgowców (w for-
BIOTECHNOLOGIA 4 (71) 63-81 2005 67
Michał Woxniak, Maria Koziołkiewicz
mie dwóch izoenzymów występujących w cytozolu i w mitochondriach (28)). Pomi-
mo że enzymy te występują w tak różnych organizmach, ich centra aktywne wyka-
zują wysokie podobieństwo strukturalne, co może wskazywać na pochodzenie od
wspólnego przodka (29). Aminotransferaza asparaginianowa składa się z dwóch
identycznych dwudomenowych podjednostek o masie cząsteczkowej ok. 45 kDa.
Centrum aktywne enzymu znajduje się w szczelinie pomiędzy podjednostkami two-
rzącymi dimer (30). Fosforan pirydoksalu łączy się z apoenzymem za pomocą
wiązania aldiminowego pomiędzy aldehydową grupą koenzymu, a -aminową gru-
pą Lys258. Każda podjednostka może wiązać jedną cząsteczkę PLP (31). WSród in-
nych aminokwasów biorących udział w wiązaniu bądx stabilizacji kofaktora i sub-
stratu znajdują się Gly108, Asn222 i dwie reszty argininy, wiążące karboksylowe
reszty substratów za poSrednictwem wiązań wodorowych (32).
Tabel a
Przedstawiciele poszczególnych rodzin enzymów PLP-zależnych
Numer enzymu Kod
Rodzina Nazwa enzymu Przykładowe występowanie
(EC) PDB
aminotransferaza asparaginia- 2.6.1.1 Escherichia coli (26) 1ars
nowa S. cerevisiae (27) 1yaa
hydroksymetylotransferaza 2.1.2.1 królik, S. typhimurium (6) 1cjo
glicynowa 4.1.99.2 C. freundii, E. herbicola (34) 2tpl
fenolo-liaza tyrozynowa 4.1.99.1 P. vulgaris (35) 1ax4
tryptofanaza
syntaza tryptofanowa 4.2.1.20 B. subtilis, S. typhimurium (40) 1ubs
dehydrataza treoniny 4.2.1.16 E. coli (42) 1tdj
-liaza cystationiny 4.4.1.8 E. coli (37) 1cl1
-liaza cystationiny 4.4.1.1 S. cerevisiae (38) 1n8p
-syntaza cystationiny 2.5.1.48 E. coli (38) 1cs1
aminotransferazy aminotransferaza D-alaniny 2.6.1.21 Bacillus sp. (44) 1daa
D-aminokwasów aminotransferaza aminokwa- 2.6.1.42 E. coli (45) 1a3g
sów o rozgałęzionym łańcuchu
bocznym
dekarboksylazy dekarboksylaza tyrozyny 4.1.1.25 pietruszka (54) 1hq6
dekarboksylaza tryptofanu 4.1.1.28 Catharantus roseus (barwinek) (54)
dekarboksylaza histydynowa 4.1.1.22 Lactobacillus sp. (54)
fosforylazy fosforylaza glikogenu 2.4.1.1 królik (55) 1a8i
fosforylaza maltodekstryny 2.4.1.1 E. coli (56) 1ahp
Wszystkie aminotransferazy podzielone zostały na cztery podgrupy, z czego
trzy, oprócz podgrupy III (aminotransferazy D-aminokwasów oraz aminotransfera-
zy aminokwasów o rozgałęzionym łańcuchu) wykazują znaczne podobieństwo pod
względem budowy przestrzennej (33). OkreSlenie trójwymiarowej struktury ami-
notransferaz D-aminokwasów pozwoliło postawić hipotezę, że ta podgrupa ami-
68 PRACE PRZEGLĄDOWE
Enzymy zależne od fosforanu pirydoksalu charakterystyka i zastosowanie w biotechnologii
notransferaz wyewoluowała niezależnie od pozostałych enzymów PLP-zależnych
(25).
Chociaż większoSć enzymów PLP-zależnych, należących do rodziny nie wyka-
zuje znaczącego podobieństwa pod względem struktury I-rzędowej (oprócz budo-
wy centrum aktywnego i miejsca wiązania fosforanu pirydoksalu), to wykazuje wy-
sokie podobieństwo pod względem struktury III- i IV-rzędowej. Każdy enzym ma
budowę oligomeryczną. W cząsteczce monomeru wyodrębnić można dwie dome-
ny: dużą i małą. Największą homologię można zaobserwować w strukturze dużej
domeny, która składa się z 7 odcinków o budowie -fałdowej, otoczonych 8-9 od-
cinkami o strukturze -helisy. Małe domeny wykazują mniejsze wzajemne podo-
bieństwo. Zbudowane są z 3 lub 4 odcinków o strukturze antyrównoległej , oto-
czonych fragmentami o strukturze helisy . Małe domeny różnią się przede wszyst-
kim pod względem budowy fragmentu N-terminalnego. AktywnoSć katalityczną
wykazują homodimery lub homotetramery (jak w przypadku fenolo-liazy tyrozyno-
wej i tryptofanazy) (6).
Fenolo-liaza tyrozynowa i tryptofanaza, pomimo że katalizują reakcje -elimi-
nacji (w których reakcja zachodzi przy atomie węgla substratu), ze względu na
podobieństwo strukturalne zaliczone zostały do rodziny enzymów PLP-zależ-
nych. Fenolo-liaza tyrozynowa (TPL) katalizuje odwracalną reakcję rozkładu tyrozy-
ny do fenolu, amoniaku i pirogronianu (34), natomiast tryptofanaza katalizuje ana-
logiczną reakcję rozkładu tryptofanu do indolu, amoniaku i pirogronianu (35). TPL
składa się z 4 podjednostek (o masie cząsteczkowej 51 kDa każda), w których moż-
na wyodrębnić małą domenę, dużą domenę, łącznik domen i ramię N-terminalne.
Każda podjednostka składa się z 14 odcinków o charakterze -helisy i 16 o struktu-
rze -fałdowej. PLP związany z resztą Lys257 zlokalizowany jest pomiędzy małą
i dużą domeną każdej podjednostki (36). Centrum aktywne tego enzymu zbudowa-
ne jest analogicznie do reszty enzymów PLP-zależnych należących do rodziny .
3.2. Rodzina
Do rodziny tej należą nieliczne enzymy PLP-zależne katalizujące reakcje przy
węglu , np. -liaza cystationiny (CBL; EC 4.4.1.8.), -liaza cystationiny (CGL; EC
4.4.1.1.) i -syntaza cystationiny (CGS; EC 2.5.1.48.). Są to enzymy biorące udział
w transformacji aminokwasów zawierających atom siarki. Produktem przejScio-
wym w tych reakcjach jest cystationina, związek powstający na drodze kondensa-
cji homocysteiny z seryną (37).
Enzymy CBL i CGS występują u bakterii, grzybów i roSlin, natomiast występo-
wanie CGL stwierdzono, jak dotychczas, tylko u człowieka i grzybów. CBL składa
się z czterech identycznych podjednostek o masie cząsteczkowej ok. 43 kDa
i wiąże za pomocą Lys210 jedną cząsteczkę PLP na monomer (38). W budowie mo-
nomeru CBL można wyróżnić 3 fragmenty: N-terminalne ramię (aminokwasy 1-60),
BIOTECHNOLOGIA 4 (71) 63-81 2005 69
Michał Woxniak, Maria Koziołkiewicz
region wiążący PLP (aminokwasy 61-256) i region C-terminalny (aminokwasy
257-395). Ramię N-terminalne składa się z 3 helis i jednej struktury -fałdowej,
region wiązania PLP składa się z 7 odcinków o strukturze -fałdowej otoczonej he-
lisami , a region C-terminalny łączy się z domeną wiążącą PLP za pomocą -helisy
i jest zbudowany z 4 -helis oraz 4 antyrównoległych struktur -fałdowych.
Enzym ten wykazuje aktywnoSć jako tetramer, jednakże najczęSciej występuje
jako homodimer. Forma dimeryczna stabilizowana jest przez wiązania wodorowe,
oddziaływania hydrofobowe i oddziaływania między centrami aktywnymi mono-
merów (3 wiązania wodorowe i mostek solny pomiędzy fosforanem pirydoksalu
a Arg58 sąsiedniego monomeru) (38).
Budowa centrum aktywnego enzymów rodziny , jak i struktura trzeciorzędo-
wa ich monomerów wykazują znaczne podobieństwo do budowy aminotransferazy
asparaginianowej, fenolo-liazy tyrozynowej i dekarboksylazy ornitynowej (ODC;
EC 4.1.1.17; (39)), czyli do enzymów należących do rodziny . Największe podo-
bieństwo można zauważyć w budowie regionu wiążącego PLP, natomiast najwięk-
sze różnice występują w obrębie małej, N-terminalnej domeny. Istnienie podobień-
stwa w budowie głównych fragmentów, odpowiedzialnych za katalizę i fałdowanie
tych białek pozwala sugerować wspólne pochodzenie enzymów PLP-zależnych na-
leżących do rodzin i (37). Mało jest, jak dotąd, informacji na temat budowy
większoSci enzymów należących do rodziny .
3.3. Rodzina
Przedstawicielem rodziny jest syntaza tryptofanowa (TRPS; EC 4.2.1.20; (40)).
Enzym ten jest heterodimerem o strukturze , składającym się z 2 podjedno-
stek i 2 podjednostek . Każda z podjednostek katalizuje inną, niezależną reak-
cję, ale ich aktywnoSć jest uzależniona od działania całego kompleksu enzyma-
tycznego (41). Podjednostka katalizuje reakcję rozkładu fosforanu indolo-glice-
rolu do indolu i aldehydu 3-fosfoglicerynowego. Podjednostka katalizuje syn-
tezę tryptofanu z L-seryny i powstałego indolu. Centra aktywne obydwu podjedno-
stek oddalone są od siebie o 25 i połączone tunelem białkowym, którym wędru-
je z podjednostki do podjednostki indol, będący substratem w reakcji -sub-
stytucji katalizowanej w tej domenie. Podjednostka enzymu zawiera w swoim
centrum aktywnym cząsteczkę PLP. Trójwymiarowa budowa enzymu nie przypo-
mina jednak ani struktur rodziny ani rodziny . Co więcej, za wiązanie fosforanu
pirydoksalu odpowiada Lys87, podczas gdy dla enzymów rodziny i jest to lizy-
na należąca do fragmentu 209-258 (3).
Innym enzymem należącym do rodziny jest dehydrataza treoniny (TN; EC
4.2.1.16; (42)) z E. coli. Produkuje on na drodze -eliminacji 2-oksomaSlan z L-tre-
oniny, bądx pirogronian z L-seryny. Natywny enzym składa się z 4 identycznych
podjednostek o masie cząsteczkowej około 56 kDa, w których to podjednostkach
70 PRACE PRZEGLĄDOWE
Enzymy zależne od fosforanu pirydoksalu charakterystyka i zastosowanie w biotechnologii
można wyodrębnić region N-terminalny (region katalityczny zawierający PLP zwią-
zany z resztą Lys62), region C-terminalny, będący domeną regulatorową oraz ramię
łączące obydwie domeny (42). Podobieństwo strukturalne pomiędzy TRPS a TN
jest niewielkie, a mimo to katalityczne regiony obu enzymów wykazują znaczną
homologię (43).
4. Pozostałe enzymy PLP-zależne
Nie wszystkie enzymy wykorzystujące fosforan pirydoksalu można zaliczyć do
jednej z podanych rodzin, biorąc pod uwagę ich strukturę i stereochemię katalizo-
wanych reakcji. Zupełnie odmienną strukturę trzeciorzędową wykazują amino-
transferazy katalizujące reakcje D-aminokwasów i aminotransferazy aminokwa-
sów o rozgałęzionym łańcuchu bocznym. Dlatego wydzielono dla nich osobną
podgrupę. Również fosforylazy, które zależne są od PLP, mają inną budowę prze-
strzenną i zupełnie inny mechanizm reakcji (4,6,24).
4.1. Aminotransferazy D-aminokwasów i aminokwasów o rozgałęzionym
łańcuchu bocznym
Najlepiej zbadanymi enzymami PLP-zależnymi, które należą do tej grupy, są
aminotransferaza D-aminokwasów (DAAT) z Bacillus sp. (44) i aminotransferaza
aminokwasów o rozgałęzionym łańcuchu bocznym (BCAT) z E. coli (45). Są to małe
enzymy o budowie homodimerycznej, których monomery zbudowane są z około
300 aminokwasów.
W monomerze aminotransferazy D-aminokwasów (33 kDa, 282 aminokwasy)
można wyróżnić małą domenę N-terminalną (aminokwasy 1-120) składającą się
z szeSciu antyrównoległych arkuszy z dwoma -helisami po bokach, oraz dome-
nę C-terminalną (aminokwasy 121-282), w skład której wchodzą cztery arkusze
tworzące pseudo -beczkę, otoczone kilkoma helisami (46). Centrum aktywne
enzymu znajduje się na pętli pomiędzy -beczką, a następną helisą w domenie
C-terminalnej. Zaangażowana w wiązanie PLP jest grupa -aminowa Lys145 (47).
Glutaminian Glu177 wiąże się z pirydynowym azotem N1 grupy prostetycznej enzy-
mu za pomocą wiązań wodorowych.
Struktura przestrzenna większoSci aminotransferaz D-aminokwasów różni się
całkowicie od struktur aminotransferaz L-aminokwasów, wykazuje jednak duże po-
dobieństwo strukturalne do aminotransferaz aminokwasów o rozgałęzionych łańcu-
chach bocznych (48). Centrum katalityczne DAAT jest lustrzanym odbiciem centrów
katalitycznych aminotransferaz katalizujących przemiany L-aminokwasów, co suge-
ruje, że ewolucja obydwu rodzin enzymów dokonywała się na drodze konwergencji
(44).
BIOTECHNOLOGIA 4 (71) 63-81 2005 71
Michał Woxniak, Maria Koziołkiewicz
Aminotransferaza aminokwasów o rozgałęzionym łańcuchu bocznym (BCAT) wy-
stępuje u bakterii jako pojedyncza forma (49), natomiast u człowieka i innych ssa-
ków występuje w formie dwóch izoenzymów: mitochondrialnego i cytozolowego
(50). Monomer ludzkiej mitochondrialnej aminotransferazy aminokwasów o roz-
gałęzionym łańcuchu bocznym zbudowany jest z 365 aminokwasów, które tworzą
dwie domeny połączone ramieniem składającym się z 11 aminokwasów: małą dome-
nę N-terminalną (aminokwasy 1-170) i dużą C-terminalną (aminokwasy 182-365) (48).
Enzym ten wykazuje podobieństwo strukturalne do DAAT (28% homologii). Podsta-
wową jednostką katalityczną BCAT jest dimer, a mimo to monomery enzymu mogą
łączyć się w heksamer (51). Substratami w reakcjach katalizowanych przez BCAT
mogą być, oprócz aminokwasów o rozgałęzionym łańcuchu bocznym, ich analogi
o prostym łańcuchu oraz glutaminian. Jednakże asparaginian, alanina i aminokwasy
aromatyczne nie są substratami dla BCAT (52). Ostatnio udowodniono, że BCAT
może także efektywnie katalizować reakcje typowe dla -liaz (53).
4.2. Dekarboksylazy aminokwasów
Dekarboksylazy aminokwasów są to enzymy produkujące aminy biogenne i polia-
miny. Obok aminotransferaz są one największą grupą enzymów PLP-zależnych o zna-
nej strukturze I-rzędowej. Badania pochodzenia i ewolucji dekarboksylaz aminokwa-
sów przeprowadzone przez Sandmeier i wsp. (54) pozwoliły podzielić te enzymy na
4 grupy, z czego tylko druga grupa wykazuje podobieństwo strukturalne do amino-
transferaz i enzymów PLP-zależnych z rodziny . Należą do niej m.in. dekarboksylaza
tyrozyny (EC 4.1.1.25.), dekarboksylaza tryptofanu (EC 4.1.1.28) i dekarboksylaza histy-
dyny (EC 4.1.1.22). W centrum aktywnym tych enzymów, podobnie jak w amino-
transferazie asparaginianowej (3), występują dwa aminokwasy konserwatywne: lizy-
na, wiążąca PLP i kwas asparaginowy, który wiąże azot pirydynowy grupy prostetycz-
nej enzymu. Budowa przestrzenna wszystkich dekarboksylaz oraz ich specyficznoSć
substratowa pozwoliła postawić hipotezę o dywergencyjnej ewolucji tych enzymów.
W procesie ewolucji doszło do rozszerzenia specyficznoSci substratowej wspólnego
przodka dekarboksylaz eukariotycznych dopiero po ich oddzieleniu się od prokario-
tycznych dekarboksylaz. Na przykład eukariotyczna dekarboksylaza histydynowa
jest bliżej spokrewniona z eukariotycznymi dekarboksylazami aminokwasów aroma-
tycznych (33-55% podobieństwa), niż z jej bakteryjnymi odpowiednikami (18-20%) (54).
4.3. Fosforylazy
Przykładem fosforylaz, czyli enzymów katalizujących odwracalną lizę okreSlo-
nych substratów za pomocą cząsteczki ortofosforanu, jest fosforylaza glikogenu
(EC 2.4.1.1.) (55) i fosforylaza maltodekstryny (56). W ich centrum aktywnym wy-
72 PRACE PRZEGLĄDOWE
Enzymy zależne od fosforanu pirydoksalu charakterystyka i zastosowanie w biotechnologii
stępuje fosforan pirydoksalu i jest on związany z apoenzymem za pomocą grupy
-aminowej lizyny. Mechanizm reakcji katalizowanych przez fosforylazy jest zu-
pełnie inny niż w przypadku pozostałych enzymów PLP-zależnych, a mimo to enzy-
my te wykazują znaczne podobieństwo strukturalne do innych przedstawicieli tej
nadrodziny (6). Substrat w reakcji fosforylacji (ortofosforan w formie HPO42-) jest
położony pomiędzy fosforanem pirydoksalu a cząsteczką glikogenu. Ortofosforan
oddaje proton na atom tlenu przy anomerycznym węglu glukozy, jednoczeSnie
przejmując proton z cząsteczki PLP. Jon karboniowy będący związkiem przejScio-
wym, ulega atakowi przez ortofosforan, co prowadzi do powstania -glukozo-
-1-fosforanu. W reakcji fosforylacji grupa 5 -fosforanowa PLP jest zatem zarówno
donorem jak i akceptorem protonów (57).
Fosforylaza glikogenu jest wielodomenowym enzymem złożonym z domeny
N-terminalnej zbudowanej z 310 aminokwasów i domeny C-terminalnej, którą
tworzy 360 aminokwasów. CzęSć C-terminalna posiada miejsce charakterystyczne
dla wiązania dinukleotydów, ale wiąże w nim fosforan pirydoksalu. W częSci N-ter-
minalnej znajduje się centrum aktywne, w którym lizyna zostaje ufosforylowana
podczas reakcji fosforolizy. Inaczej niż w przypadku innych enzymów PLP-zależ-
nych, azot pirydynowy fosforanu pirydoksalu nie wiąże się z białkiem (55).
5. Zastosowanie i znaczenie enzymów PLP-zależnych
Enzymy PLP-zależne uczestniczą w procesach życiowych komórek roSlin, zwie-
rząt i mikroorganizmów. Biorą one bezpoSredni udział w metabolizmie amino-
kwasów i ich pochodnych, a także uczestniczą w szlakach przemian aminocukrów
oraz innych metabolitów zawierających grupę aminową (58).
Selektywne zahamowanie aktywnoSci niektórych enzymów PLP-zależnych u mi-
kroorganizmów pozwoliłoby na skuteczniejszą walkę z patogenami. W związku
z tym enzymy te stanowią coraz częSciej cząsteczki docelowe dla farmaceutyków.
Mutacje i defekty w strukturze enzymów PLP-zależnych mogą powodować poważ-
ne zakłócenia szlaków metabolicznych i choroby warunkowane genetycznie. Przy-
kładem może być homocystynuria, schorzenie spowodowane przez liczne mutacje
w genie -syntazy cystationiny (CBS), polegające na zahamowaniu syntezy cystationi-
ny z homocysteiny. Krążąca w organizmie zwiększona iloSć homocysteiny powoduje
chorobę wieńcową, osteoporozę i opóxnienie rozwoju umysłowego (59).
Enzymy PLP-zależne znajdują zastosowanie głównie w produkcji aminokwa-
sów, ich pochodnych i produktów ich biotransformacji. W zależnoSci od specyficz-
noSci danego enzymu, warunków reakcji oraz użytych reagentów, możemy otrzy-
mać szeroką gamę produktów, od prostych oksokwasów i amin po rozbudowane
skomplikowane alkaloidy (8,9).
Podajemy przykłady zastosowań enzymów PLP-zależnych w różnych gałęziach
gospodarki, z uwzględnieniem przemysłu farmaceutycznego.
BIOTECHNOLOGIA 4 (71) 63-81 2005 73
Michał Woxniak, Maria Koziołkiewicz
Rys. 3. Przykłady reakcji katalizowanych przez enzymy PLP-zależne.
74 PRACE PRZEGLĄDOWE
Enzymy zależne od fosforanu pirydoksalu charakterystyka i zastosowanie w biotechnologii
Rys. 4. Reakcje katalizowane przez enzymy PLP-zależne.
BIOTECHNOLOGIA 4 (71) 63-81 2005 75
Michał Woxniak, Maria Koziołkiewicz
5.1. Enzymy PLP-zależne jako producenci farmaceutyków
5.1.1. Fenolo-liaza tyrozynowa
Głównym zastosowaniem fenolo-liazy tyrozynowej jest produkcja 3,4-dihydro-
ksyfenyloalaniny (L-DOPA), 2,3,4-trihydroksyfenyloalaniny (L-TOPA) oraz innych po-
chodnych L-tyrozyny. L-DOPA jest prekursorem dopaminy, neuroprzekaxnika cen-
tralnego układu nerwowego oraz adrenaliny i noradrenaliny. Związki te wpływają
na samopoczucie i sprawnoSć ruchową. Ich brak ma wpływ na rozwój schizofrenii.
W chorobie Parkinsona maleje iloSć dopaminy, dlatego też w schorzeniu tym po-
daje się L-DOPĘ. Związek ten jest produkowany głównie metodą enzymatyczną,
z zastosowaniem TPL immobilizowanej na zeolicie (60), lub przez zmodyfikowane
genetycznie komórki E. coli (8).
Główną reakcją katalizowaną przez TPL jest rozkład tyrozyny do fenolu, piro-
gronianu i amoniaku. Reakcja ta jest odwracalna i przy wysokim stężeniu pirogro-
nianu i amoniaku, oraz zastąpieniu fenolu innymi związkami aromatycznymi (np.
pirokatechol, pirogalol, halogenkowe pochodne fenolu), można w łatwy sposób
otrzymać szereg pochodnych L-tyrozyny, m.in. pochodne tyrozyny zawierające
w pierScieniu aromatycznym takie podstawniki jak Cl-, Br-, NO2- itp. (61).
W przypadku fenolo-liazy tyrozynowej rozważa się wykorzystanie tego enzymu
do oczyszczania Scieków przemysłowych obciążonych fenolem. W tym celu, w bada-
niach laboratoryjnych wykorzystano szczep Symbiobacterium thermophilum (10). Przy
wysokim stężeniu amoniaku i pirogronianu z fenolu powstaje L-tyrozyna. Można ją
łatwo rozdzielić za pomocą filtracji, gdyż jest nierozpuszczalna w wodzie. Po oczysz-
czeniu można ją stosować jako dodatek do pasz i podłoży mikrobiologicznych.
5.1.2. Dekarboksylaza glutaminianowa
Dekarboksylaza glutaminianowa katalizuje powstanie kwasu -aminomasłowe-
go na drodze dekarboksylacji kwasu glutaminowego. Kwas -aminomasłowy jest
neuroprzekaxnikiem w centralnym układzie nerwowym (otwiera specyficzne ka-
nały dla jonów chlorkowych, umożliwia działanie Valium) oraz prekursorem wielu
farmaceutyków. Kwas -aminomasłowy produkowany jest przez komórki E. coli
GADK10, w których uzyskano nadprodukcję dekarboksylazy glutaminianowej (62).
5.1.3. Dekarboksylaza tryptofanowa
Enzym ten katalizuje syntezę tryptaminy z tryptofanu. Amina ta jest substra-
tem w reakcjach biosyntezy monoterpenoidowych alkaloidów indolowych, ma-
76 PRACE PRZEGLĄDOWE
Enzymy zależne od fosforanu pirydoksalu charakterystyka i zastosowanie w biotechnologii
jących szerokie zastosowanie w medycynie (63). Należą do nich m.in. winblastyna
i winkrystyna (stosowane w leczeniu nowotworów) (64). Poza tym tryptamina jest
prekursorem serotoniny i melatoniny.
Produkcja alkaloidów indolowych z roSlin jest bardzo kosztowna i pracochłon-
na (utrudniona izolacja alkaloidów, niskie stężenie produktów), a duża liczba cen-
trów chiralnych w cząteczkach tych związków powoduje ogromne problemy
w chemicznej syntezie produktu o odpowiednich właSciwoSciach.
Dekarboksylaza tryptofanowa (TDC, EC 4.1.1.28) jest jednym z dwóch najważ-
niejszych enzymów biorących udział w szlaku syntezy indolowych alkaloidów
i dlatego wzbudziła ogromne zainteresowanie naukowców. Efektem tych zaintere-
sowań są m.in. transgeniczne komórki roSlinne (np. komórki roSliny tropikalnej
Catharantus roseus) wykazujące wysoką aktywnoSć TDC, zdolne w ten sposób do
wydajnej produkcji tryptaminy (65).
5.2. Enzymy PLP-zależne jako cel farmaceutyków
5.2.1. Racemaza alaninowa
Racemaza alaninowa jest enzymem katalizującym reakcje racemizacji L- i D-ala-
niny. Biorąc pod uwagę, że D-alanina jest składnikiem peptydoglukanu, zahamo-
wanie aktywnoSci tego enzymu może doprowadzić do zahamowania procesu bio-
syntezy Sciany komórkowej bakterii. W związku z tym wysiłki naukowców sku-
piają się na poszukiwaniu specyficznego inhibitora tego enzymu, gdyż znane do
tej pory inhibitory racemazy alaninowej działają na inne enzymy PLP-zależne, co
może prowadzić do poważnych zaburzeń metabolicznych i neurologicznych (11).
Poszukuje się także specyficznych inhibitorów aminotransferazy D-aminokwasów,
który to enzym katalizuje proces produkcji innych składników Sciany komórkowej
(m.in. kwasu D-glutaminowego).
5.2.2. Syntaza kwasu 1-aminocyklopropano-1-karboksylowego
S-adenozylometionina jest związkiem, z którego w komórkach roSlinnych po-
wstaje etylen, przyspieszający proces dojrzewania owoców. Związkiem przejScio-
wym w biosyntezie etylenu jest kwas 1-aminocyklopropano-1-karboksylowy (ACC),
produkowany przez syntazę ACC, enzym PLP-zależny, katalizujący reakcję powstania
ACC z S-adenozylometioniny na drodze specyficznej eliminacji. Nadmiar etylenu
w owocach i warzywach powoduje szybkie ich przejrzewanie i gnicie. Zahamowanie
ekspresji genu syntazy ACC (np. za pomocą antysensowego RNA) pozwoliłoby hodo-
wać warzywa i owoce (pomidory, melony, truskawki) o dłuższej trwałoSci (66).
BIOTECHNOLOGIA 4 (71) 63-81 2005 77
Michał Woxniak, Maria Koziołkiewicz
5.2.3. Dekarboksylaza ornitynowa
Dekarboksylaza ornitynowa jest enzymem biorącym udział w pierwszym etapie
biosyntezy poliamin i amin biogennych (12). Z aminokwasu ornityny powstaje na
drodze dekarboksylacji putrescyna, z niej na zasadzie wydłużania łańcucha węglo-
wego o jednostkę propyloaminową powstają spermidyna i spermina. Poliaminy te
wiążą się z DNA w młodych komórkach, wspomagając ich podział. Nadekspresja
tego enzymu może powodować raka trzustki i prostaty. Zahamowanie aktywnoSci
dekarboksylazy ornitynowej jest pożądane w leczeniu tych nowotworów oraz nie-
których chorób wywoływanych przez pasożyty (np. Spiączka afrykańska powodo-
wana przez Trypanosoma brucei) (67).
5.2.4. Hydroksymetylotransferaza serynowa
Jest to enzym występujący we wszystkich komórkach prokariotycznych i euka-
riotycznych. Katalizuje syntezę glicyny z seryny, z jednoczesnym przeniesieniem
grupy hydroksymetylowej na kwas tetrahydrofoliowy tworząc 5,10-metyleno-te-
trahydrofolian. Ten ostatni jest głównym xródłem grup metylowych (68), koniecz-
nych m.in. w biosyntezie zasad azotowych. Zwiększona aktywnoSć tego enzymu
powoduje wzrost biosyntezy DNA i przyspieszone podziały komórek. Dlatego za-
hamowanie aktywnoSci hydroksymetylotransferazy w komórkach intensywnie
dzielących się może być skutecznym sposobem walki z nowotworami (69).
6. Podsumowanie
Enzymy PLP-zależne biorą udział w metabolizmie i transformacji aminokwasów
w całym Swiecie ożywionym, od bakterii po roSliny i zwierzęta wyższe. Dzięki spe-
cjalnym właSciwoSciom fosforanu pirydoksalu możliwe są reakcje eliminacji i sub-
stytucji na węglu , , bądx aminokwasowego substratu. Na tej podstawie Alexan-
der i wsp. podzielili prawie wszystkie enzymy PLP-zależne o znanej strukturze
przestrzennej, na trzy rodziny , i (3). Wszystkie enzymy w obrębie swojej ro-
dziny, pomimo różnic w sekwencji aminokwasowej, wykazują podobieństwa co do
struktury przestrzennej i budowy centrum aktywnego. Dunathan i Voet (2) posta-
wili hipotezę, że wszystkie enzymy PLP-zależne wyewoluowały ze wspólnego
przodka, na zasadzie dywergencji, z biegiem czasu rozszerzając swoją aktywnoSć
w stosunku do coraz większej liczby różnych substratów i rodzajów katalizowa-
nych reakcji. Należy zaznaczyć, że jednak nie wszystkie enzymy PLP-zależne po-
chodzą od tego samego przodka. Dekarboksylazy aminokwasów (z wyjątkiem pod-
grupy II, rozdz. 4.2), fosforylazy czy aminotransferazy D-aminokwasów i amino-
transferazy aminokwasów o rozgałęzionym łańcuchu bocznym nie wykazują podo-
78 PRACE PRZEGLĄDOWE
Enzymy zależne od fosforanu pirydoksalu charakterystyka i zastosowanie w biotechnologii
bieństwa do pozostałych enzymów, dlatego też nie zostały zaliczone do żadnej
z trzech podstawowych grup ewolucyjnych.
Dzięki dynamicznemu rozwojowi krystalografii, w latach 1997-2001 podwoiła
się liczba rozwiązanych struktur białek zdeponowanych w bazach danych (24).
Mimo to nadal brakuje wielu informacji dotyczących kontroli szlaków biotransfor-
macji i mechanizmu inhibicji enzymów PLP-zależnych. Jedynie rodzina enzymów
PLP-zależnych została bardzo dobrze poznana pod względem struktury prze-
strzennej, pozostałe rodziny mają w bazach danych tylko nielicznych przedstawi-
cieli.
Zaangażowanie enzymów PLP-zależnych w podstawowe dla życia szlaki meta-
boliczne skłoniło naukowców do badań nad budową i funkcjami tych enzymów.
Poznanie dokładnego mechanizmu katalizy i czynników wpływających na specy-
ficznoSć substratową pozwoli na opracowanie skutecznych i specyficznych inhibi-
torów poszczególnych enzymów, występujących u patogenów. Jednakże zapotrze-
bowanie na produkty katalizy niektórych enzymów zawierających fosforan piry-
doksalu (np. L-DOPA, kwas -aminomasłowy), skłania naukowców do opracowywa-
nia skutecznych i efektywnych metod produkcji tych związków za pomocą enzy-
mów PLP-zależnych.
Literatura
1. Braunstein A. E., Shemyakin M. M., (1953), Biokhimia, 18, 393-411.
2. Dunathan H. C., Voet J. G., (1974), Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 71, 3888-3891.
3. Alexander F. W., Sandmeier E., Mehta P. M., Christen P., (1994), Eur. J. Biochem., 219, 953-960.
4. Jansonius J. N., (1998), Curr. Opinion Struct. Biol., 8, 759-769.
5. Mehta P. K., Christen P., (2000), Adv. Enzymol. Relat. Areas Mol. Biol., 74, 129-184.
6. Schneider G., Kack H., Lindqvist Y., (2000), Structure, 8, R1-R6.
7. Percudani R., Peracchi A., (2003), EMBO Reports, 4, 850-854.
8. Foor F., Morin N., Bostian K. A., (1993), Appl. Environ. Microbiol., 59, 3070-3075.
9. Nagasawa T., Utagawa T., Goto J., Kim C. J., Tani Y., Kumagai H., Yamada H., (1981), Eur. J. Bio-
chem., 117, 33-40.
10. Lee S. G., Hong S. P., Sung M. H., (1996), Enzyme Mikrob. Technol., 19, 374-377.
11. Mustata G. I., Briggs J. M., (2002), J. Comp.-Aid. Mol. Des., 16, 935-953.
12. Kern A. D., Oliveira M. A., Coffino P., Hackert M. L., (1999), Structure, 7, 567-581.
13. Laber B., Maurer W., Sharf S., Stepusin K., Schmidt F. S., (1999), FEBS Lett., 449, 45-48.
14. Lam H. M., Winkler M. E., (1992), J. Bacteriol., 174, 6033-6045.
15. Ehrenshaft M., Daub M. E., (2001), Eur. J. Bacteriol., 183, 3383-3390.
16. Tazuya K., Adachi Y., Masuda K., Yamada K., Kumaoka H., (1995), Biochim. Biophys. Acta, 1244,
113-116.
17. Fonda M. L., Marker C. W., (1982), Am. J. Clin. Nutr., 35, 1391-1399.
18. John R. A., (1995), Biochim. Biophys. Acta, 1248, 81-96.
19. Wu T-H, Oses-Prieto J. A., Iriarte A., Martinez-Carrion M., (2003), Biochim. Biophys. Acta, 1647,
315-320.
20. Cai K., Schirch D., Schirch V., (1995), J. Biol. Chem., 268, 22281-22291.
21. Bettati S., Benci S., Campanini B., Raboni S., Chirico G., Beretta S., Schnackerz K. D., Hazlett T. L.,
Gratton E., Mozzarelli A., (2000), J. Biol.Chem, 275, 40244-40251.
BIOTECHNOLOGIA 4 (71) 63-81 2005 79
Michał Woxniak, Maria Koziołkiewicz
22. Hayashi H., (1995), J. Biochem., 118, 463-473.
23. Dunathan H. C., (1966), Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 55, 712-716.
24. Eliot A. C., Kirsch J. F., (2004), Annu. Rev. Biochem., 73, 383-415.
25. Mehta P. K., Hale T. I., Christen P., (1993), Eur. J. Biochem., 214, 549-561.
26. Okamoto A., Higuchi T., Hirotsu K., Kuramitsu S., Kagamiyama H., (1994), J. Biochem., 116, 95-107.
27. Jeffrey C. J., Barry T., Doonan S., Petsko G. A., Ringe D., (1998), Protein Sci., 7, 1380-1387.
28. Porter P. B., Barra D., Bossa F., Cantalupo G., Doonan S., Martini F., Shhehan D., Wilkinson S. M.,
(1981), Comp. Biochem. Physiol., 69B, 737-746.
29. Winefield C. S., Farnden K. J. F., Reynolds P. H. S., Marshall C. J., (1995), J. Mol. Evol., 40, 455-463.
30. Kirsch J. F., Eichele G., Ford G. C., Vincent M. G., Jansonius J. N., Gehring H., Christen P., (1984), J.
Mol. Biol., 174, 497-525.
31. Malashkewich V. N., Strokopytov B. V., Borisov V. V., Dauter Z., Wilson K. S., Torchinsky M. Y.,
(1995), J. Mol. Biol., 247, 111-124.
32. Yano T., Kuramitsu S., Tanase S., Morino Y., Kagamiyama H., (1992), Biochemistry, 31, 5878-5887.
33. Gribskov M., Luthy R., Eisenberg D., (1990), Methods Enzymol., 183, 146-159.
34. Kumagai, H., Yamada, H., Matsui, H., Oksishi, H., Ogata, K., (1970), J. Biol. Chem., 250, 1767-1772.
35. Snell E. E., (1975), Adv. Enzymol. Relat. Aeras Mol. Biol., 42, 287-333.
36. Antson A. A., Demidkina T. V., Gollnick P., Dauter Z., von Tersch R. L., Long J., Berezhnoy S. N., Phi-
lips R. S., Harytyunyan E. H., Wilson K. S., (1993), Biochemistry, 32, 4195-4206.
37. Clausen T., Huber R., Laber B., Prohlenz H-D., Messerschmidt A., (1996), J. Mol. Biol., 262, 202-224.
38. Martel A., Bouthier de la Tour C., Le Goffic F., (1987), Biochem. Biophys. Res. Commun., 147,
656-571.
39. Momany C., Ernst S., Ghosh R., Chang N-L., Hackert M. L., (1995), J. Mol. Biol., 252, 643-655.
40. Hyde C. C., Ahmed S. A., Padlan E. A., Wilson Miles E., Davies D. R., (1988), J. Biol. Chem., 263,
17857-17871.
41. Miles E. W., (1991), Adv. Enzymol. Relat. Areas Mol. Biol., 64, 93-172.
42. Gallagher D. T., Gilliliand G. L., Xiao G., Zondlo J., Fisher K. E., Chinchilla D., Eisenstein E., (1998),
Structure, 6, 465-475.
43. Lawther R. P., Wek R. C., Lopes J. M., Perevia V., Taillon B. E., Hatfield G. W., (1987), Nucl. Acids
Res., 15, 2137-2155.
44. Sugio S., Petsko G. A., Manning J. M., Soda K., Ringe D., (1995), Biochemistry, 34, 9661-9669.
45. Okada K., Hirotsu K., Sato M., Hayashi H., Kagamiyama H., (1997), J. Biochem., 122, 637-641.
46. Tanizawa K., Masu Y., Asano S., Tanaka H., Soda K., (1989), J. Biol. Chem., 264, 2445-2449.
47. Peisach D., Chipman D. M., van Ophem P. W., Manning J. M., Ringe D., (1998), Biochemistry, 37,
4958-4967.
48. Okada K., Hirotsu K., Sato M., Hayashi H., Kagamiyama H., (1997), J. Biochem., 121, 637-641.
49. Kamitori S., Odagaki Y., Inoue K., Kuramitsu S., Kagamiyama H., Matsuura Y., Higuchi T., (1988), J.
Biochem., 105, 671-672.
50. Hutson S. M., Fenstermacher D., Mahar C., (1988), J. Biol. Chem., 263, 3618-3625.
51. Yennawar N., Dunbar J., Conway M., Hutson S., Farber G., (2001), Acta Crystallogr., D Biol., Crystal-
logr., 57, 506-515.
52. Davoodi J., Drown P. M., Bledsoe R. K., Wallin R., Reinhart G. D., Hutson S. M., (1998), J. Biol.
Chem., 273, 4982-4989.
53. Cooper A. L., Bruschi S. A., Conway M., Hutson S. M., (2002), Biochem. Pharmacol., 65, 181-192.
54. Sandmeier E., Hale T. I., Christen P., (1994), Eur. J. Biochem., 221, 997-1002.
55. Sprang S., Fletterick R. J., (1979), J. Mol. Biol., 131, 523-551.
56. Watson K. A., Schinzel R., Palm D., Johnson L. N., (1997), EMBO J., 1997, 1, 1-14.
57. McLaughlin P. J., Stuart D. I., Klein H. W., Oikonomakos N. G., Johnson L. N., (1984), Biochemistry,
23, 5862-5873.
58. He X. M., Liu H. W., (2002), Annu. Rev. Biochem., 71, 701-754.
59. Kraus J. P., Janosik M., Kozich V., Mandell R., Shih V., et al., (1999), Hum. Mutat., 13, 362-375.
60. Seetharam G., Saville B. A., (2002), Enzyme and Microbiol. Technology, 31, 747-753.
80 PRACE PRZEGLĄDOWE
Enzymy zależne od fosforanu pirydoksalu charakterystyka i zastosowanie w biotechnologii
61. Nagasawa T., Utagawa T., Goto J., Kim Ch. J., Tani Y., Kumagai H., Yamada H., (1981), Eur. J. Bio-
chem., 117, 33-40.
62. Plokhov A. Yu., Gusyatiner M. M., Yampolskaya T. A., Kaluzhsy V. E., Sukhareva B. S., Schulga A. A.,
(2000), Appl. Biochem. Biotechnol. Part A. Enzyme Engineering and Biotechnology, 88, 257-265.
63. Faccini P. J., Huber-Allanach K. L., Tari L. W., (2000), Phytochemistry, 54, 121-138.
64. Geerlings A., Redondo F. J., Contin A., Memelink J., van der Heijden R., Verpoorte R., (2001), Appl.
Microbiol. Biotechnol., 56, 420-424.
65. Whitmer S., Cancel C., Hallard D., Goncalves C., Verpoorte R., (1998), Plant Physiol., 116, 853-857.
66. Yang S. F., Oetiker J. H., (1998), J. Jap. Soc. Horticult. Sci., 67, 1209-1214.
67. Jackson L. K., Brooks H. B., Osterman A. L., Goldsmith E. J., Philips M. A., (2000), Biochemistry, 39,
11247-11257.
68. Blakley R. L., (1955), Biochem. J., 61, 315-323.
69. Renwick S. B., Snell K., Baumann U., (1998), Structure, 6, 1105-1116.
BIOTECHNOLOGIA 4 (71) 63-81 2005 81
Wyszukiwarka
Podobne podstrony:
RACHUNEK CAŁKOWY 5 8 Całki zależne od parametru (4)RACHUNEK CAŁKOWY 5 8 Całki zależne od parametru (3)Przekrój zbrojenia w zależności od ilości prętów [1](1)Przekrój zbrojenia w zależno¶ci od rozstawu prętówZMIANY PARAMETRÓW MASY CIASTA PSZENNEGO W ZALEŻNOŚCI OD RODZAJU MĄKI I CZASU MIESIENIA21 rachunek calkowy 5 8 calki zalezne od parametruOTRZYMYWANIE, CHARAKTERYSTYKA I ZASTOSOWNIE ŻELI KRZEMIONKOWYCH I ALUMINOŻELIbhp ryteria i metody oceny ryzyka w zaleznosci od rodzaju zagrozen i ch skutkowDSI Polska Prefabrykowne kable sprezajace Klasyfikacja charakterystyka i zastosowanie plZagrożenie drzewostanów ze strony huby korzeni w zależności od temperatury gleby i opadówSkładniki aktywne w zależności od typu ceryNaładowanie akumulatora w zależności od napięciaKraszewski i inni 2013 Uszkodzenia drzewostanu w zależności od metody pozyskiwania drewna ze zrywkąwięcej podobnych podstron