Właściwości aminokwasów i białek
Cel ćwiczenia
Celem ćwiczenia jest poznanie niektórych reakcji charakterystycznych stosowanych w
wykrywaniu aminokwasów i białek. Reakcje te umożliwiają odróżnienie wolnych
aminokwasów od białek i innych związków organicznych, wykrycie aminokwasu
zawierającego grupę hydrosulfidową ( SH), aminokwasów aromatycznych, oraz poznanie
niektórych właściwości białek, m.in. zdolności do wytrącania się z roztworu pod wpływem
różnych czynników.
Wprowadzenie
Aminokwasy to cząsteczki zawierające przy atomie węgla ą jedną grupę aminową i
jedną karboksylową oraz atom wodoru. Jest to stała cecha strukturalna wszystkich
aminokwasów. Częścią różnicującą poszczególne aminokwasy jest łańcuch boczny
połączony również z węglem ą stanowiący resztę aminokwasową o zmiennej strukturze
chemicznej. W naturze występuje około 200 aminokwasów, lecz jedynie 20 z nich tworzy
struktury białkowe. Wszystkie aminokwasy białkowe są ą-aminokwasami. Za wyjątkiem
glicyny (optycznie nieaktywnej, ponieważ nie zawiera asymetrycznego atomu węgla)
wszystkie są stereoizomerami określanymi jako L-aminokwasy. Pozostałe aminokwasy
białkowe zawierają co najmniej jeden asymetryczny atom węgla i nazywane są optycznie
aktywnymi. Mogą występować w dwu formach stereoizomerycznych (rys. 1). Aminokwasy
białkowe są ą-aminowymi pochodnymi kwasów karboksylowych i występują w formie
izomerycznej, określanej jako ą -L-aminokwasy.
COOH
COOH
H2N C H
H C H2N
R
R
ą -L-aminokwas ą -D-aminokwas
Rys. 1. Wzory ogólne form stereoizomerycznych aminokwasów.
Podziału aminokwasów można dokonać na podstawie różnych kryteriów, a przede wszystkim
właściwości ich łańcuchów bocznych. Ze względu na różnorodność grupy R aminokwasy
możemy podzielić na:
ł hydrofobowe, np. glicyna, alanina, walina, leucyna, metionina, tyrozyna, tryptofan,
fenyloalanina, prolina
ł hydrofilowe obdarzone pozbawioną ładunku polarną grupą boczną, np. seryna,
treonina, cysteina, asparagina, glutamina
ł hydrofilowe z grupą boczną obdarzoną ładunkiem:
o ujemnym: kwas asparaginowy, kwas glutaminowy (aminokwasy kwaśne)
o dodatnim: lizyna, arginina, histydyna (aminokwasy zasadowe).
Alanina (Ala) Arginina (Arg) Asparagina (Asn) Kwas asparaginowy (Asp)
Cysteina (Cys) Glutamina (Gln) Kwas glutaminowy (Glu) Glicyna (Gly)
Histydyna (His) Izoleucyna (Ile) Leucyna (Leu) Lizyna (Lys)
Metionina (Met) Treonina (Thr) Seryna (Ser) Walina (Val)
Prolina (Pro) Fenyloalanina (Phe) Tryptofan (Trp) Tyrozyna (Tyr)
Rys. 2. Wzory aminokwasów białkowych
W roztworach wodnych aminokwasy występują w formie zjonizowanej i w zależności
od pH środowiska mogą przyjmować formy kationów, anionów lub jonów obojnaczych. Przy
określonej wartości pH środowiska dominuje forma obojnacza a liczba ładunków dodatnich i
ujemnych równoważy się. Wartość pH roztworu, przy której ładunek wypadkowy równy jest
zeru nosi nazwę punktu izoelektrycznego (pHi).
Przy obniżeniu pH środowiska w stosunku do pHi cofa się dysocjacja grupy
karboksylowej (COOH), a grupa aminowa pozostaje uprotonowana (NH3+) (rys. 3, forma I).
Natomiast przy zwiększaniu stężenia jonów OH oddysocjowują przyłączone do grupy
aminowej jony H+ i po wiązaniu jej z jonami OH tworzą cząsteczkę wody. Grupa NH3 po
oddaniu H+ staje się elektroobojętna. Grupa karboksylowa w tych warunkach pozostaje w
formie anionu (COO-) (rys. 3, forma III).
I II III
Rys. 3. Wpływ pH na stan jonizacji aminokwasu.
Na właściwości kwasowo-zasadowe aminokwasów a tym samym wartości ich pI mają
wpływ nie tylko stopnie dysocjacji grup: ą-aminowej i ą-karboksylowej poszczególnych
aminokwasów, ale także w przypadku aminokwasów, których grupa boczna może
zachowywać się jak kwas i zasada w roztworach wodnych, stałe dysocjacji tych grup (np.
kwas glutaminowy, kwas asparaginowy, cysteina, tyrozyna, arginina, lizyna, histydyna).
Przy określonej wartości pH roztworu aminokwasów ładunek wypadkowy (grup: ą-
aminowych, ą-karboksylowych oraz ewentualnie grup bocznych) wszystkich cząsteczek
aminokwasów jest równy zeru i wówczas takie aminokwasy znajdują się w punkcie
izoelektrycznym (pHi).
Aminokwasy białkowe nie pochłaniają światła widzialnego (są bezbarwne), natomiast
tyrozyna i tryptofan pochłaniają światło ultrafioletowe o długości fali 280 nm, co
wykorzystywane jest przy ilościowym oznaczaniu tych aminokwasów i większości białek.
Wolne grupy ą-aminokwasów mogą reagować z różnymi związkami tworząc barwne
produkty. Niektóre z tych reakcji pozwalają na wykrycie wszystkich aminokwasów, podczas
gdy inne są charakterystyczne dla aminokwasów ze specyficzną grupą boczną (np.
aminokwasy aromatyczne lub z grupą -SH).
Reaktywność grup ą-aminowych i ą-karboksylowej, a także właściwości chemiczne i
niektóre fizykochemiczne grup bocznych aminokwasów i białek, są wykorzystywane w
różnych reakcjach w celu ilościowego oznaczania, identyfikacji lub rozdziału tych związków.
Odczynniki
1. 1-proc. roztwór glicyny.
2. Roztwór białka jaja kurzego: rozpuścić białko jednego jaja w 100 ml 2-proc. roztworu
chlorku sodowego.
3. Rozcieńczony roztwór białka jaja kurzego: białko jaja kurzego (2) dwukrotnie
rozcieńczyć 2-proc. NaCl.
4. 0,1-proc. acetonowy roztwór ninhydryny.
5. 6-molowy roztwór wodorotlenku sodowego.
6. 0,5-proc. roztwór siarczanu miedziowego.
7. Stężony kwas azotowy.
8. 1-proc. roztwór octanu ołowiu (II).
9. 10-proc. roztwór kwasu trichlorooctowego.
10. Nasycony roztwór siarczanu amonowego.
11. Krystaliczny siarczan amonowy.
12. 1-proc. Roztwór kwasu octowego
Zadanie 1. Odróżnianie aminokwasów od innych związków organicznych.
Obecność w roztworze wolnych aminokwasów można wykryć za pomocą reakcji
ninhydrynowej (rys. 4), w której bierze udział zarówno grupa ą-karboksylowa, jak i ą-
aminowa. Aminokwasy ulegają najpierw dekarboksylacji, a potem oksydacyjnej deaminacji.
W obecności wolnego aminokwasu i ninhydryny, po podgrzaniu, powstaje aldehyd, czyli
związek uboższy o jeden atom węgla od aminokwasu. Dodatkowo uwalniane są amoniak i
CO2. Ninhydryna redukuje się do hydrindantyny, która łączy się z amoniakiem i cząsteczką
ninhydryny dając w efekcie niebieskofioletowy produkt kondensacji, tzw. purpurę
Ruhemanna. Intensywność zabarwienia jest proporcjonalna do zawartości wolnych grup ą-
aminowych w próbce. Prolina, hydroksyprolina, aminokwasy, które nie zawierają grupy ą-
aminowej dają w reakcji z ninhydryną kompleksy innego typu o zabarwieniu żółtym. Reakcja
ninhydrynowa w znacznie mniejszym stopniu zachodzi z innymi związkami posiadającymi
grupę ą-aminową np. peptydy, białka, sole amonowe, amoniak. Można więc ją stosować do
odróżniania aminokwasów od białek w roztworach.
Rys. 4. Przebieg reakcji aminokwasu z ninhydryną.
Wykonanie: Odmierzyć do jednej probówki 1 ml glicyny (1), do drugiej 1 ml białka (3),
dodać po 1 ml ninhydryny (4), wymieszać i ogrzewać mieszaninę przez 3 min we wrzącej
łazni wodnej.
Zadanie 2. Wykrywanie aminokwasów zawierających pierścień aromatyczny.
Obecność aminokwasów zawierających grupę aromatyczną zarówno wolnych, jak i
wchodzących w skład peptydów i białek, wykrywa się za pomocą reakcji ksantoproteinowej,
(rys. 5). Polega ona na powstaniu pod wpływem kwasu azotowego nitrowych pochodnych
pierścieni aromatycznych, mających w środowisku zasadowym zabarwienie pomarańczowe.
Rys. 5. Przebieg reakcji ksantoproteinowej.
Wykonanie: Odmierzyć do jednej probówki 1 ml glicyny (1), do drugiej 1 ml białka (3) i
dodać po 1 ml stężonego kwasu azotowego (7), wymieszać. Probówki ogrzewać we wrzącej
łazni wodnej przez 5 min, ostudzić i do każdej dodawać stopniowo 3,5 ml wodorotlenku
sodowego (5). Ostrożnie, pod wyciągiem!
Zadanie 3. Wykrywanie aminokwasów zawierających grupy hydrosulfidowe.
Aminokwasy zawierające w łańcuchu bocznym grupę hydrosulfidową ( SH) jak
cysteina, czy wiązania dwusiarczkowe ( S S ) jak cystyna można wykryć w reakcji Fola
(rys. 6). Związki te ogrzewane w temperaturze 100C, w środowisku zasadowym ulegają
hydrolizie. Uwolniona w postaci jonów siarczkowych siarka tworzy z jonami ołowiowymi
(II) czarny, nierozpuszczalny osad siarczku ołowiu (II). Metionina daje negatywny wynik
reakcji, pomimo tego, że w jej składzie także występuje siarka (II). Spowodowane jest to
występowaniem w łańcuchu bocznym tego aminokwasu tioestrowego wiązania ( S CH3),
które w znacznym stopniu obniża reaktywność siarki w stosunku do grupy hydrosulfidowej (
SH).
Rys. 6. Przebieg reakcji Fola.
Wykonanie: Odmierzyć do jednej probówki 1 ml glicyny (1), do drugiej 1 ml białka (3), do
każdej dodać po 2 ml wodorotlenku sodowego (5) oraz po 0,5 ml octanu ołowiu (II) (8),
wymieszać i ogrzewać we wrzącej łazni wodnej przez 3 5 min.
Zadanie 4. Odróżnianie białek (względnie peptydów) od wolnych aminokwasów.
Aminokwasy mają zdolność do łączenia się kowalencyjnie wiązaniami amidowymi
zwanymi umownie wiązaniami peptydowymi (rys. 7) tworząc liniowe i nierozgałęzione
polimery. Wiązanie peptydowe powstaje pomiędzy grupą ą-karboksylową jednego
aminokwasu (grupa aminowa pozostaje wolna, N-końcowa), a grupą ą-aminową drugiego
aminokwasu (grupa karboksylowa pozostaje wolna, grupa C-końcowa). Zapis Ala-Gly
oznacza, ze aminokwasem N-końcowym jest alanina, a C-końcowy, glicyna. Czyli zapis Gly-
Ala oznacza zupełnie inny dipeptyd.
aminokwas (1) aminokwas (2)
wiązanie peptydowe
woda
dipeptyd
Rys. 7. Powstawanie wiązania peptydowego. http://pl.wikipedia.org
Obecność wiązania peptydowego w białku lub peptydzie (rys. 9), zawierającym co
najmniej dwa takie wiązania, można wykryć za pomocą reakcji biuretowej Piotrowskiego,
która polega na zdolności tworzenia przez jony miedziowe w środowisku zasadowym
fioletowego kompleksu z tym wiązaniem. Najprostszym związkiem wchodzącym w tę reakcję
jest biuret (dimocznik) (rys. 8), od którego pochodzi nazwa reakcji.
Rys. 8. Wzór dimocznika
Rys. 9. Fragment łańcucha polipeptydowego
Wykonanie: Odmierzyć do jednej probówki 1 ml białka (3), do drugiej 1 ml glicyny (1),
dodać po 2 ml wodorotlenku sodowego (5), odmierzyć 0,5 ml siarczanu miedziowego (6),
dodać najpierw jedną kroplę siarczanu miedziowego (6), dobrze wymieszać, a następnie
dodać kroplami pozostałą ilość siarczanu miedziowego (6).
Denaturacja białek
Białka to bardzo różnorodna grupa związków pełniących w każdej żywej komórce
podstawowe funkcje. Białka to substancje budulcowe, elementy kurczliwe, enzymy,
hormony, cząsteczki transportujące, receptory komórkowe, substancje zapasowe. Białka są
makromolekułami, mogą być zbudowane z jednego lub kilku łańcuchów polipeptydowych
zawierających od 100 do ponad 1000 aminokwasów. W białkach podobnie jak w
cząsteczkach aminokwasów mogą pojawiać się lub zanikać ładunki dysocjujących grup R,
posiadają zatem również punkty izoelektryczne. Oprócz prostych białek, zbudowanych
jedynie z aminokwasów lub ich pochodnych występują białka złożone: glikoproteiny,
lipoproteiny, metaloproteiny, chromoproteiny, zawierające poza częścią polipeptydową trwale
z nią związany element niebiałkowy: węglowodan, lipid, jon metalu, barwnik. W budowie
białek można wyróżnić kilka poziomów organizacji ich struktury: strukturę pierwszo, drugo-,
trzecio i czwartorzędową (rys. 10). Struktura pierwszorzędowa białek to kolejność
aminokwasów w łańcuchu polipeptydowym, utrzymywana przez wiązanie peptydowe,
zapisana w genach, powstaje na rybosomach w procesie ekspresji genów. Struktura
drugorzędowa, stabilizowana jest przez wiązania wodorowe utworzone przez grupy
pochodzące z różnych wiązań peptydowych. Jest to regularne ułożenie fragmentów łańcucha
polipeptydowego, najczęściej w formie harmonijki- lub helisy-ą. Przestrzenne ułożenie
całego łańcucha polipeptydowego (konformacja) nosi nazwę struktury trzeciorzędowej,
stabilizują ją głównie oddziaływania grup bocznych aminokwasów poprzez wiązania
wodorowe, oddziaływania elektrostatyczne, hydrofobowe, mostki disiarczkowe. Strukturę
czwartorzędową posiadają jedynie białka oligomeryczne, czyli takie, które zbudowane są z
więcej niż jednego łańcucha polipeptydowego (podjednostki). Ta struktura określa wzajemne
relacje przestrzenne podjednostek w białku. Podjednostki wchodzące w skład białka
oligomerycznego mogą być jednakowe lub różne.
Pierwszorzędowa struktura białka
kolejność aminokwasów w łańcuchu polipeptydowym
aminokwasy
harmonijka- helisa-ą
Drugorzędowa struktura białka
warunkowane wiązaniami wodorowymi ułożenie fragmentu
łańcucha polipeptydowego
-harmonijka
Trzeciorzędowa struktura białka
przestrzenne ułożenie całego łańcucha
polipeptydowego
ą- helisa
Czwartorzędowa struktura białka
wzajemne ułożenie podjednostek w
białkach oligomerycznych
Rys. 10. Organizacja struktury białek. http://en.wikipedia.org/wiki/File:Protein-structure.png.
Zadanie 5. Koagulacja cieplna białka.
Wykonanie: Odmierzyć do probówki 1 ml białka (3) i ogrzewać nad palnikiem do wrzenia.
Ostrożnie.
Zadanie 6. Wytrącanie białka kwasem.
Wykonanie: Odmierzyć do probówki 1 ml białka (3) i dodać 1 ml kwasu trichlorooctowego
(9).
Zadanie 7. Wytrącanie białka solami metali ciężkich.
Wykonanie: Odmierzyć do probówki 1 ml białka (3) i dodać kroplami 1 ml octanu ołowiu
(II) (8).
Białka są związkami bardzo wrażliwymi na wpływ wielu różnych czynników, które
mogą spowodować nieodwracalne zmiany w ich strukturze i utratę właściwości biologicznych
(aktywności enzymów, hormonów, białek transportujących itp.), co określa się jako
denaturację. W wyniku denaturacji zniszczona zostaje drugo-, trzecio- i czwartorzędowa
struktura białka, natomiast pierwszorzędowa struktura nie ulega zmianie. Zachowane
pozostają mocne wiązania peptydowe, a zniszczeniu ulegają słabe wiązania wodorowe,
oddziaływania elektrostatyczne, hydrofobowe oraz mostki disiarczkowe.
Denaturacja białka może nastąpić pod wpływem na przykład podwyższonej
temperatury, zbyt niskiego lub zbyt wysokiego stężenia jonów wodorowych (a więc kwasów i
zasad), wysokich stężeń soli metali ciężkich, rozpuszczalników organicznych (alkohol lub
aceton). W wyniku denaturacji obniża się najczęściej rozpuszczalność białka i wytrąca się ono
z roztworu w postaci osadu. W praktyce wykorzystuje się to zjawisko do odbiałczania
roztworów, np. w celu izolacji lub oznaczenia innych substancji. Do odbiałczania próbek
stosowany jest często kwas trichlorooctowy (TCA), a wytrącone białko usuwane jest poprzez
odwirowanie próbek.
Aktywność biologiczna białka zależy od jego ukształtowania w przestrzeni
konformacji, dlatego też metody wyodrębniania i frakcjonowania muszą być na tyle łagodne,
aby nie zniszczyć słabych wiązań utrzymujących tę strukturę i nie spowodować denaturacji
białka.
Zadanie 8. Wysalanie białka.
Większość białek dobrze rozpuszcza się w wodzie lub wodnych roztworach soli o
niskim stężeniu. Wynika to z faktu oddziaływania grup polarnych białek z wodą, cząsteczka
białka ulega hydratacji. Wysokie stężenia soli powodują jednak wytrącanie białek z roztworu.
Zjawisko to nazywane wysalaniem, często stosowane jest do frakcjonowania białek za
pomocą siarczanu amonowego. Najłatwiej jest wysolić białko z roztworu, gdy znajduje się
ono w punkcie izoelektrycznym. Przy mniejszych stężeniach tej soli wytrącane są np. z
roztworu białka jaja kurzego globuliny (np. immunoglobuliny), a przy całkowitym nasyceniu
roztworu białka siarczanem amonowym wytrącane są albuminy, glikoproteiny. Zjawisko
wysalania ma charakter odwracalny i wiąże się ze zmniejszeniem stopnia uwodnienia
zdysocjowanych grup aminokwasowych R występujących na powierzchni cząsteczki białka.
Cząsteczki białka wskutek odebrania cząsteczek wody przez silnie zdysocjowane jony soli
asocjują i ulegają wytrąceniu w formie osadu. Wysalanie białek to frakcjonowanie czyli
rozdział białek ze względu na ich różną rozpuszczalność w wodzie.
Wykonanie: Do kolby stożkowej na 100 ml odmierzyć 10 ml roztworu białka jaja kurzego
(2), dodać taką samą objętość nasyconego roztworu siarczanu amonowego (10) i wymieszać.
Wytrącają się w tych warunkach globuliny. Mieszaninę przesączyć przez sączek z bibuły a
przesącz zebrać do suchej kolby stożkowej.
Do części przesączu dodać małymi porcjami, mieszając, sproszkowany siarczan
amonowy (11) aż do nasycenia roztworu. Przesączyć ok. 1 ml roztworu przez sączek z bibuły
do probówki. Następnie dodać kroplę kwasu octowego (12) i ogrzewać do wrzenia (patrz
punkt 5). Brak osadu świadczy o usunięciu białek z roztworu.
Opracowanie wyników
Podać uzyskane wyniki (zabarwienie, osady) dla poszczególnych reakcji wykonanych
przy użyciu glicyny i białka wraz z uzasadnieniem.
Pytania
1. Który atom węgla alaniny jest ośrodkiem asymetrii? Podać wzór dowolnego
aminokwasu w formie L i D.
2. Jakie grupy funkcyjne aminokwasów biorą udział w wytwarzaniu wiązania
peptydowego? Napisać schemat powstawania wiązania peptydowego.
3. Co nazywamy denaturacją białka i jakie czynniki ją powodują? Jakie cechy
struktury zanikają w białku zdenaturowanym, a jakie zostają zachowane?
4. Jaka reakcja umożliwia odróżnienie aminokwasów od innych związków
organicznych? Napisać i omówić tę reakcję.
5. Napisz wzór alanylo-fenyloalanylo-seryny w pH = pHi. Która z poznanych reakcji
charakterystycznych aminokwasów pozwoli wykryć w roztworze ten tripeptyd. Opisz jej
zasadę.
6. Napisz wzór i podaj nazwę aminokwasu z hydrofilową grupą boczną bez ładunku,
zaznacz węgiel alfa.
7. Wyjaśnij pojęcie punkt izoelektryczny? Narysuj na przykładzie dowolnego
aminokwasu jego formy jonowe w zależności od zmian pH.
8. Jaka jest zasadnicza różnica między wysalaniem i denaturacją białka, do czego
stosowane jest wysalanie białek.
9. Narysuj dowolny tripeptyd. Zaznacz N i C koniec peptydu oraz wiązania
peptydowe. Za pomocą jakiej reakcji możemy wykryć te wiązania i omów krótko zasadę tej
reakcji.
Literatura
Biochemia, L. Stryer, PWN 2009
Plant Biochemistry, S.S. Narval, R. Bogatek, B.M. Zagdańska, D.A. Sampietro,
M.A. Vattuone, 2009
Wyszukiwarka
Podobne podstrony:
Aminokwasy i białka wykład (2)Klucz do testu Aminy, amidy, aminokwasy, białka i sacharydy(1)AMINOKWASY I BIAŁKA BUDOWA WLASCIWOSCI I FUNKCJEAminokwasy Białka M GAMINOKWASY I BIAŁKAĆWICZENIE 1 aminokwasy, białka, sacharydy9 aminokwasy i białka materiałyAminokwasy i białkasprawozdanie białka i aminokwasyChemia 6 Aminokwasy Peptydy i Białkawięcej podobnych podstron