MATERIAAY DO BLOKU INŻYNIERIA GENETYCZNA
1. AMPLIFIKACJA FRAGMENTU DNA METOD PCR
Otrzymywanie dużej liczby kopii określonego fragmentu DNA możliwe jest przy
zastosowaniu procedur klonowania lub znacznie mniej długotrwałej i pracochłonnej techniki
PCR (ang. polymerase chain reaction). Metoda ta opiera siÄ™ na powielaniu (amplifikacji)
zdefiniowanego odcinka DNA przez polimerazÄ™ DNA in vitro. Warunkiem przeprowadzenia
reakcji PCR jest znajomość sekwencji krótkich odcinków DNA na końcach 5 i 3 fragmentu
DNA, który ma być powielony.
Do reakcji PCR potrzebne sÄ…:
1. matryca - dwuniciowa cząsteczka DNA, której fragment chcemy powielić;
2. startery - zazwyczaj chemicznie syntetyzowane oligonukleotydy o długości ok.10-20
par zasad o sekwencji komplementarnej do matrycowego DNA;
3. termostabilna polimeraza DNA.
Schemat przebiegu pierwszego cyklu reakcji PCR przedstawiono na rys.1.
amplifikowany
fragment DNA
+ polimeraza DNA
+dATP
synteza DNA
denaturacja przyłączenie
+dGTP
poczÄ…wszy od
łańcucha DNA starterów
+dCTP
starterów
dwuniciowy DNA
+dTTP
ETAP I ETAP II ETAP III
PIERWSZY CYKL
Rys. 1. Etapy cyklu amplifikacji DNA metodÄ… PCR
Matrycą w reakcji PCR są jednoniciowe cząsteczki DNA, które powstają w wyniku
ogrzewania dwuniciowego DNA do temperatury ok. 95oC (etap I). Do jednoniciowych
cząsteczek matrycowego DNA przyłączane są następnie startery. Ich hybrydyzacja (ang.
annealing) do każdej z nici DNA (etap II) umożliwia polimerazie DNA zapoczątkowanie
replikacji, która przebiega na obydwu niciach w kierunkach 5 ®ð3 (etap III). W ten sposób w
jednym cyklu amplifikacji powstajÄ… dwie potomne czÄ…steczki DNA. Cykl taki powtarza siÄ™
wielokrotnie, a po n cyklach otrzymuje siÄ™ teoretycznie 2n dwuniciowych czÄ…steczek DNA
będących kopiami sekwencji wyznaczonej przez położenie starterów na matrycy DNA
(startery + sekwencja znajdująca się pomiędzy nimi) (Rys. 2).
*
*
Rys.2 Schemat przyrostu ilości amplifikowanego fragmentu DNA w kolejnych cyklach
reakcji PCR; gwiazdką zaznaczono właściwy produkt reakcji.
Istotny przy planowaniu reakcji PCR jest dobór następujących parametrów:
1. odpowiednie startery do reakcji PCR. Należy dobrać je tak, aby:
żð zawieraÅ‚y ok. 50% par GC,
żð nie tworzyÅ‚y struktur typu spinki do wÅ‚osów (ang. hairpin),
żð nie zawieraÅ‚y fragmentów komplementarnych do drugiego startera,
żð temperatura topnienia wynosiÅ‚a ok. 50-60oC;
2. rodzaj polimerazy; najczęściej używa się polimerazy z Thermus aquaticus - Taq
polimeraza - lub innych termostabilnych polimeraz DNA, np. odznaczajÄ…cej siÄ™
większą wiernością kopiowania - polimerazę Pfu);
3. warunków samej reakcji - temperatury, przebiegu poszczególnych cykli itp.
2. KLONOWANIE GENÓW
Termin klonowanie w odniesieniu do pojedynczego fragmentu DNA oznacza
namnożenie określonego odcinka DNA w komórkach gospodarza, najczęściej Escherichia
coli, przy zastosowaniu odpowiedniego wektora. Klonowanie DNA jest podstawowÄ… technikÄ…
biologii molekularnej. Stosuje siÄ™ jÄ… w celu odszukania i wyizolowania wybranego genu z
genomu jakiegoś organizmu, namnożenia badanego fragmentu DNA, a także
przeprowadzania manipulacji, na przykład ukierunkowanej mutagenezy, jak również
uzyskiwania ekspresji genu, czyli produkcji kodowanego przez niego produktu. Aby
skutecznie manipulować genami niezbędne są odpowiednie narzędzia, z których
najważniejsze to enzymy restrykcyjne, ligazy oraz wektory.
2.1. Enzymy restrykcyjne (restryktazy)
Enzymy restrykcyjne zostały wyizolowane z wielu gatunków bakterii, w których
pełnią funkcję obrony przed obcym DNA (np. wirusami). Są to enzymy należące do grupy
endonukleaz, czyli enzymów przecinających nici DNA w środku cząsteczki. Dzięki ich
obecności obcy DNA po znalezieniu się w komórce bakterii zostaje pocięty, natomiast DNA
bakteryjny unika degradacji dzięki metylacji przez specyficzną metylazę.
W inżynierii genetycznej wykorzystywane są głównie enzymy restrykcyjne klasy II
czyli takie, które tną dwuniciowy DNA w obrębie lub w określonym miejscu w pobliżu
rozpoznawanej sekwencji nukleotydowej. Rozpoznawane sekwencje sÄ… palindromowe i
obejmują zwykle 4 lub 6 nukleotydów, ale znane są enzymy, które rozpoznają sekwencje 5, 7
lub 8 nukleotydów. Dany rodzaj enzymu przecina DNA zawsze w taki sam sposób. Używając
enzymu czwórkowego (rozpoznającego sekwencję czterech nukleotydów) otrzymuje się
niewielkie fragmenty DNA (statystycznie dana sekwencja czterech nukleotydów występuje w
DNA raz na 256 zasad). Enzym szóstkowy tnie DNA na znacznie większe fragmenty (dana
sekwencja sześciu nukleotydów występuje raz na 4096 zasad). Produkty trawienia enzymami
restrykcyjnymi analizuje się zazwyczaj stosując rozdział elektroforetyczny w żelach
agarozowych, wykorzystujÄ…c ujemny Å‚adunek czÄ…steczek DNA. DNA uwidacznia siÄ™ poprzez
barwienie bromkiem etydyny, który świeci w świetle UV, a wielkość fragmentów określa
poprzez porównanie z DNA wzorcowym.
W sekwencji nukleotydowej danej czÄ…steczki DNA znajdujÄ… siÄ™ miejsca
rozpoznawane przez określony zbiór enzymów restrykcyjnych. Wzajemne ułożenie tych
miejsc to mapa restrykcyjna, a wielkość fragmentów uzyskiwanych po trawieniu
wybranymi spośród tych enzymów stanowi wzór restrykcyjny. Każda cząsteczka DNA ma
określoną mapę i wzór restrykcyjny.
Miejsce cięcia przez enzym restrykcyjny obu nici DNA może znajdować się
naprzeciwko lub z przesunięciem o kilka nukleotydów. W pierwszym przypadku powstają tak
zwane tępe , a w drugim lepkie końce. Oto przykład trawienia DNA dwoma enzymami
restrykcyjnymi:
Enzym SmaI rozpoznaje sekwencję: 5 CCCGGG3 i pozostawia tępe końce:
Å»ð
..NNNNNCCCGGGNNNNN.. ..NNNNNCCC GGGNNNNN..
|||||||||||||||| SmaI ®ð |||||||| ||||||||
..NNNNNGGGCCCNNNNN.. ..NNNNNGGG CCCNNNNN..
ð
Enzym XmaI również rozpoznaje sekwencję: 5 CCCGGG3 , ale pozostawia lepkie końce:
Å»ð
..NNNNNCCCGGGNNNNN.. ..NNNNNC 5 CCGGGNNNNN..
||||||
|||||||||||||||| XmaI ®ð ||||||
..NNNNNGGGCCCNNNNN.. ..NNNNNGGGCC5 CNNNNN..
ð
Enzymy SmaI i XmaI rozpoznają tę samą sekwencję nukleotydową są więc izoschizomerami.
Po przecięciu DNA enzymem XmaI odcinek jednoniciowy wystaje w kierunku 5 . Istnieją
enzymy, które pozostawiają lepkie końce wysunięte w stronę 3 (np. enzym PstI):
Å»ð
..NNNNNCTGCAGNNNNN.. NNNNNCTGCA3 GNNNNN..
|||||||||||||||| PstI ®ð |||||| ||||||
3
..NNNNNGACGTCNNNNN.. ..NNNNNG ACGTCNNNNN..
ð
Rodzaj pozostawianych końców jest istotny przy manipulacjach przeprowadzanych przy
klonowaniu, np. przekształceniu końców lepkich w tępe przez fragment Klenowa polimerazy
DNA.
Niektóre enzymy pozostawiają takie same lepkie końce, mimo że rozpoznają różne
sekwencje DNA. Często stosowaną przy klonowaniu DNA parą takich enzymów jest BamHI,
który rozpoznaje sześcionukleotydową sekwencję GGATCC i Sau3AI, który rozpoznaje
czteronukleotydowÄ… sekwencjÄ™ GATC:
Å»ð
..NNNNNGGATCCNNNNN.. ..NNNNNG 5 GATCCNNNNN.
||||||
|||||||||||||||| BamHI ®ð ||||||
..NNNNNCCTAGGNNNNN.. ..NNNNNCCTAG5 GNNNNN..
ð
Å»ð
..NNNNNNGATCNNNNNN.. ..NNNNNN 5 GATCNNNNNN.
||||||
|||||||||||||||| Sau3A ®ð ||||||
..NNNNNNCTAGNNNNNN.. ..NNNNNNCTAG5 NNNNNN..
ð
2.2. Ligazy
Ligazy DNA są enzymami łączącymi dwa fragmenty DNA poprzez tworzenie wiązań
fosfodiestrowych między grupą 3 OH deoksyrybozy i grupą fosforanową (5 P) przy
wykorzystaniu energii z hydrolizy ATP.
..NNNNNGOH PGATCCNNNNN ..NNNNNGGATCCNNNNN.. |
|||||| |||||| ®ð |||||||||||||||||
..NNNNNCCTAGP OHGNNNNN NNNNNCCTAGGNNNNN..
Ligacja lepkich końców DNA jest znacznie wydajniejsza od ligacji tępych końców.
Dzieje się tak, dlatego że pomiędzy komplementarnymi jednoniciowymi fragmentami na
lepkich końcach cząsteczek DNA tworzą się wiązania wodorowe. Wiązania te przytrzymują
razem oba końce, co ogromnie ułatwia reakcję ligacji. Swobodne tępe końce rzadko znajdują
się w tak blisko siebie, by ligacja stała się możliwa.
2.3. Klonowanie
Podstawowym elementem techniki klonowania są wektory - nośniki służące do
wprowadzania i powielania fragmentów DNA w komórkach wybranego organizmu.
Najczęściej stosowanymi wektorami są plazmidy, czyli koliste cząsteczki DNA zawierające
elementy niezbędne do autonomicznej replikacji w komórce gospodarza. W najczęściej
stosowanym systemie klonowania komórkami gospodarza są bakterie E. coli.
2.3.1. Klonowanie fragmentów DNA w E. coli na wektorze plazmidowym
Poniżej (Rys 3.) przedstawiono uproszczony schemat klonowania fragmentu DNA w
E. coli na wektorze plazmidowym i omówiono poszczególne etapy tego procesu.
Rys 3. Schemat klonowania fragmentu DNA na plazmidzie:
1. DNA donorowy poddaje siÄ™ trawieniu enzymem restrykcyjnym. Tym samym enzymem
restrykcyjnym lub enzymem zostawiającym identyczne lepkie końce przecina się wektor.
·ð W przypadku klonowania fragmentu DNA uzyskanego w reakcji PCR miejsce
trawienia enzymem restrykcyjnym wprowadza siÄ™ poprzez dodanie
odpowiedniej sekwencji do starterów.
·ð Trawienie DNA genomowego w celu wytworzenia banku genów jest
omówione w rozdz. 2.4.
·ð Jeżeli celem klonowania jest przeniesienie fragmentu DNA z jednego wektora
na drugi, po strawieniu zrekombinowanego wektora zwykle izoluje siÄ™
wstawkę DNA poprzez elektroforezę w żelu.
2. Przeprowadza siÄ™ ligacjÄ™ wektora z fragmentami donorowego DNA. Aby zapobiec
cyrkularyzacji wektora przed ligacją można usunąć grupy fosforanowe obecne na końcach
5 liniowego plazmidu, niezbędne w procesie ligacji, przy użyciu fostatazy. Po
defosforylacji jedynie wektor z dołączoną wstawką może ulec cyrkularyzacji. Reakcja
defosforylacji nigdy nie zachodzi ze stuprocentową wydajnością. Po ligacji powstają
zatem trzy klasy kolistych cząsteczek: odtworzony pusty wektor, zamknięte w kółko
fragmenty donorowego DNA i wektor ze wstawkÄ… (czyli plazmid zrekombinowany).
3. Kolejnym etapem klonowania jest transformacja, czyli wprowadzenie DNA do komórek
bakterii.
·ð Bakterie muszÄ… być odpowiednio przygotowane na przyjÄ™cie DNA muszÄ…
być kompetentne. Komórki E. coli uzyskują kompetencję między innymi po
potraktowaniu jonami wapnia w niskiej temperaturze (4oC), a następnie
poddaniu szokowi cieplnemu (w temp.37oC-42oC). Wniknięcie DNA do
komórki bakteryjnej można również uzyskać przeprowadzając elektroporację,
czyli zastosowanie silnego impulsu elektrycznego uszkadzającego błonę
komórkową.
·ð Po transformacji bakterie wysiewa siÄ™ na odpowiednie podÅ‚oże selekcyjne.
Selekcja opiera się na obecności w wektorze genu markerowego, który nadaje
transformatom określony fenotyp, np. oporność na antybiotyk (patrz poniżej).
Transformanty rosnące na podłożu selekcyjnym będą zawierały pusty wektor
albo wektor ze wstawką. Zasada klonowania opiera się na założeniu, że do
jednej komórki bakteryjnej wnika tylko jedna cząsteczka plazmidu.
Potomstwo takiego transformanta to klon, z którego, po jego namnożeniu,
można wyizolować DNA plazmidowy.
·ð Na przedstawionym schemacie w przypadku DNA genomowego każdy
zrekombinowany plazmid zawiera inną wstawkę. Jeżeli uzyskamy dostateczną
liczbę klonów niosących zrekombinowane plazmidy, tak aby zawarte w nich
wstawki reprezentowały cały genom, mówimy że klony te stanowią bank
genomowego DNA (lub bank genomowy lub bibliotekÄ™ genomowÄ…) danego
organizmu (patrz rozdz. 2.4).
4. Ostatnim etapem klonowania jest wyszukanie pojedynczego klonu zawierajÄ…cego
zrekombinowany plazmid z interesujÄ…cym nas fragmentem DNA.
·ð Zwykle stosuje siÄ™ wektory umożliwiajÄ…ce rozróżnienie plazmidu
zrekombinowanego od niezrekombinowanego (patrz poniżej, 2.3.2.1)
·ð W przypadku klonowania pojedynczego fragmentu DNA wiÄ™kszość klonów
zrekombinowanych zawiera odpowiedniÄ… wstawkÄ™ DNA, co potwierdza siÄ™
poprzez sporzÄ…dzenie mapy restrykcyjnej plazmidu wyizolowanego z
transformantów albo reakcji PCR gdzie matrycą jest całkowity DNA w lizacie z
bakterii.
·ð Strategie wyszukiwania odpowiedniego klonu z banku genów sÄ… bardzo
różnorodne i opierają się na przykład na komplementacji mutacji i hybrydyzacji
(patrz rozdz. 2.5).
2.3.2. Wektory bakteryjne
Pierwsze wektory do klonowania w oparciu o naturalnie występujące plazmidy
bakteryjne, takie jak np. ColE1, skonstruowano w latach siedemdziesiÄ…tych. W miarÄ™ rozwoju
genetyki wektory były udoskonalane poprzez wprowadzanie nowych elementów
ułatwiających klonowanie. Wektory plazmidowe zawierają następujące, podstawowe
elementy:
·ð Ori miejsce inicjacji replikacji. Miejsce inicjacji replikacji jest specyficzne dla danej
komórki gospodarza. Niektóre plazmidy bakteryjne niosą silne ori, dzięki czemu
występują bardzo licznie w pojedynczej komórce są to tak zwane plazmidy
wysokokopijne.
·ð Marker I znajdujÄ…cy siÄ™ na wektorze gen pozwalajÄ…cy odróżnić bakterie
posiadające plazmid od takich, które go nie zawierają. Jako markery najczęściej
stosuje się geny oporności na antybiotyki (np. ampicylinę lub tetracyklinę). Podczas
transformacji tylko nieliczne bakterie przyjmują plazmid, ale tylko one będą w stanie
wyrosnąć na pożywce z dodatkiem antybiotyku. Oczywiście szczep użyty do
transformacji musi być wrażliwy na ten antybiotyk.
·ð Marker II ten marker pozwala odróżnić bakterie, które pobraÅ‚y plazmid bez
wstawki, od takich, które otrzymały plazmid zrekombinowany, czyli zawierający
wstawkę (patrz poniżej).
·ð Polilinker jest to niewielki, sztucznie utworzony odcinek DNA, zawierajÄ…cy
sekwencje rozpoznawane przez wiele enzymów restrykcyjnych. Są to na ogół
pojedyncze miejsca cięcia w wektorze. Polilinker zazwyczaj wstawiony jest w obrębie
drugiego markera.
2.3.2.1. Wykorzystanie markera II do wykrywania transformantów niosących
zrekombinowany plazmid:
Cięcie enzymem restrykcyjnym musi być wykonane w obrębie markera II. Jeśli do
wektora zostanie włączona wstawka, spowoduje to zniszczenie genu markerowego. W
przypadku użycia jako markera II genu oporności na antybiotyk bakterie posiadające
zrekombinowany plazmid będą wrażliwe na antybiotyk, tak więc dla uzyskania
zrekombinowanych klonów wymagane jest zastosowanie techniki replik (selekcja
negatywna).
Przesiewania bakterii można uniknąć stosujÄ…c inny rodzaj markera ß-galaktozydazÄ™.
Na wektorze znajduje się N-końcowy fragment genu lacZ kodującego ten enzym (nazywany
fragmentem Z lub Ä…) wraz z sekwencjÄ… promotorowÄ…, a w genomie szczepu biorcy znajduje
się część C-końcowa wraz z sekwencjami niezbędnymi dla jej ekspresji. Po wprowadzeniu
plazmidu do komórki biorcy produkty białkowe obydwu fragmentów genu lacZ łączą się
tworząc funkcjonalny enzym. Jest to tak zwana ą-komplementacja. Jeśli w obrębie
fragmentu Z wstawiony zostanie odcinek DNA, w komórce nie będzie powstawał aktywny
enzym. Obecność ß-galaktozydazy wykrywa siÄ™ w komórkach E. coli poprzez dodanie do
podÅ‚oża X-gal, który po przeciÄ™ciu ß-galaktozydazÄ… przyjmuje niebieskie zabarwienie. Tak
więc, po wysianiu stransformowanych bakterii na podłoże z X-gal niebieskie zabarwienie
przyjmą kolonie powstałe z komórek zawierających pusty wektor, a kolonie niezabarwione
będą posiadały plazmidy ze wstawkami.
Rys 4. Schemat budowy wektora plazmidowego i działania markerów selekcyjnych.
2.3.3. Wektory bifunkcjonalne
Wektory bifunkcjonalne to wektory, które zawierają elementy umożliwiające ich
powielanie i selekcję w komórkach dwóch gospodarzy, np. E. coli i drożdży Saccharomyces
cerevisiae. Większość wektorów bifunkcjonalnych zawiera elementy plazmidu bakteryjnego
(Ori, markery, patrz wyżej) oraz początek replikacji i markery selekcyjne specyficzne dla
drugiego gospodarza. Obecność sekwencji E. coli ułatwia izolację i manipulacje DNA (np.
konstrukcję banku genów), a sekwencje drugiego gospodarza umożliwiają transformację
drugiego gospodarza, np. w celu selekcji genów z banku poprzez komplementację mutacji lub
badania funkcji genu.
W przypadku drożdży Ori pochodzi albo z chromosomu drożdżowego (ARS) albo z
plazmidu drożdżowego 2mð. Markerami sÄ… najczęściej geny kodujÄ…ce enzymy ze szlaku
biosyntezy aminokwasów lub nukleotydów, które można zastosować do transformacji
odpowiednich mutantów pokarmowych S. cerevisiae (np. geny LEU, TRP, HIS, URA).
Wektory z sekwencjami 2mð wystÄ™pujÄ… w komórkach drożdży w wielu kopiach. Jeżeli chcemy
wprowadzić do komórek tylko jedną kopię genu, możemy użyć plazmidu, który zawiera
dodatkowo sekwencje centromerowe (CEN).
Skonstruowano również wektory w oparciu o sekwencje chromosomowe drożdży
(ARS, CEN, telomery), które umożliwiają klonowanie bardzo dużych fragmentów DNA. Są
to tzw. YAC (od ang. yeast artificial chromosomes), które okazały się bardzo przydatne do
badania genomów wyższych eukariontów, między innymi człowieka.
2.3.4. Wektory ekspresyjne
Wektory ekspresyjne umożliwiają ekspresję wstawionej do nich sekwencji DNA
kodującej białko. Wektory bakteryjne, które służą do otrzymywania białka eukariotycznego
muszą posiadać dodatkowe elementy takie jak:
Sekwencja promotorowa silny promotor umiejscowiony przed miejscem wprowadzenia
sekwencji kodującej. Może być konstytutywny albo regulowany.
Sekwencja Shine-Dalgarno (SD=RBS) - miejsce wiązania rybosomów bakteryjnych.
Sekwencja ATG może pochodzić ze wstawki albo również znajdować się na wektorze.
Terminator transkrypcji - za sekwencjÄ… kodujÄ…cÄ….
2.4. Bank genów (bank/biblioteka genomowa) na wektorze plazmidowym
Ogólny schemat konstruowania banków genów jest przedstawiony powyżej. Etap istotny
z punktu widzenia możliwości znalezienia w banku całych genów (oczywiście dotyczy to
genów o stosunkowo małych rozmiarach - prokariotrycznych i z niższych Eukaryota, np.
drożdży) to sposób uzyskiwania fragmentów genomowego DNA. Użycie szóstkowego
enzymu restrykcyjnego, który został zastosowany do linearyzacji wektora eliminuje
możliwość klonowania pełnych genów, w obrębie których znajduje się miejsce cięcia dla tego
enzymu. Aby uzyskać bardziej losową fragmentację wykorzystywane są dwa podejścia: 1)
fragmentacja mechaniczna, a następnie dodanie na końcach adaptorów z odpowiednimi
lepkimi końcami i 2) niepełne trawienie enzymem czwórkowym, który daje takie same lepkie
końce co enzym szóstkowy zastosowany do strawienia wektora (np. para enzymów
Sau3A/BamHI, patrz wyżej). Strategia 2) jest zilustrowana poniżej:
S S/B S S/B S S S: Sau3A
Å»ð Å»ð Å»ð Å»ð Å»ð Å»ð S/B: Sau3A/BamHI
________________________________________________________________
fragment genomowego DNA ½ð klonowany gen ½ð
½ð niepeÅ‚ne trawienie Sau3A i izolacja mieszaniny fragmentów
½ð o wielkoÅ›ci ok. 5-10 kb (np. poprzez wirowanie w gradiencie
Å»ð sacharozy albo izolacjÄ™ z żelu)
_____________________________________
____________________________
________________________
__________________________________________
_____________________________________________________________________________*
___________________________________________
___________________________________________*
Fragmenty zaznaczone gwiazdką zawierają cały gen.
Aby ocenić czy bank reprezentuje cały genom trzeba znać:
1) wielkość genomu badanego organizmu;
2) liczbę transformantów uzyskanych po transformacji bakterii mieszaniną ligacyjną;
3) udział transformantów niosących zrekombinowane plazmidy (zwykle określa się to w
oparciu o dodatkowy marker na wektorze, w obrębie którego wstawia się klonowane
fragmenty DNA, np. fragment bð-gal, patrz wyżej);
4) średnią wielkość wstawki (np. poprzez ocenę wielkości próbki zrekombinowanych
plazmidów wyizolowanych z transformantów).
Liczbę klonów wymaganych, aby każdy gen był reprezentowany w bibliotece z
prawdopodobieństwem 0,99 można określić według wzoru:
ln(1-P)
N= ln(1-f)
N = liczba klonów
P = pożądane prawdopodobieństwo (0,99)
f = średnia wielkość wstawki/wielkość genomu
Dobry bank genów w E. coli na wektorze plazmidowym zwykle zawiera ponad 50%
zrekombinowanych plazmidów ze średnią wielkością wstawki ok. 10 kb i pokrywa
kilkakrotnie genom organizmu dawcy. Większe fragmenty (mniejsza liczba klonów
wymagana dla pokrycia genomu) można klonować przy zastosowaniu specjalnych wektorów
np. kosmidów, które łączą właściwości bakteriofagów i plazmidów oraz BAC (sztucznych
chromosomów bakteryjnych, pochodnych plazmidu płciowego F).
2.5. IZOLOWANIE I BADANIE GENÓW WŻSZYCH EUKARYOTA
Poniżej przedstawiono schemat różnych strategii klonowania genów wyższych Eukaryota
BADANY
izolacja
izolacja i
RNA i odwrotna
fragmentacja
transkrypcja
DNA
SYNTETYCZNY
OLIGONUKLEOTYD,
PRODUKT PCR LUB
DNA cDNA
RTPCR
WEKTOR
KLON cDNA
DNA
(np. do przeszukiwania
konserwowane
ligacja
banku genomowego)
ewolucyjnie lub z
organizmu
transformacja biorcy
spokrewnionego
RNA (Escherichia coli)
Å‚atwy do izolacji np. rRNA
BANK BANK
GENOMOWY cDNA
RNA (cDNA)
izolowany z różnych tkanek do
hybrydyzacji różnicowej
KOMPLEMENTACJA MUTACJI
(na ogół dla banku genowego np.
klonowanie genów drożdży wg
schematu z ćwiczeń)
Ustalenie N-końcowej
sekwencji aminokwasowej białka,
METODY HYBRYDYZACYJNE
projektowanie i synteza zestawu
SONDA
(hybrydyzacja kolonijna, Å‚ysinkowa
zdegenerowanych
sond albo różnicowa)
BIAAKO
Å‚atwe do oczyszczenia,
Immunizacja ssaka
występujące w dużych ilościach
(np. królika)
METODY
PRZECIWCIAAA
IMMUNOLOGICZNE
(biblioteka na wektorze
3. SYSTEMY HETEROLOGICZNEJ EKSPRESJI BIAAEK.
Poznanie funkcji oraz struktury białka jest ostatecznym celem większości prac
prowadzonych metodami genetyki molekularnej. Głównym ograniczeniem tego typu badań
jest znikoma ilość białka obecna zazwyczaj w badanym organizmie. Izolacja i dokładne
oczyszczenie białka z dużej ilości materiału biologicznego jest w większości przypadków
niemożliwe ze względu dostępność materiału, a także zanieczyszczenia innymi białkami.
Ogromnym postępem w dziedzinie biologii molekularnej oraz biotechnologii ostatnich lat,
było opracowanie metod pozwalających na otrzymanie dużych ilości białka z organizmów
modelowych poprzez zastosowanie systemów heterologicznej ekspresji.
W zależności od rodzaju oraz skali produkcji białka, używane są różne systemy
ekspresji heterologicznej w oparciu o różne organizmy - gospodarzy. Najwięcej systemów
opiera się na bakteriach (Escherichia coli, Bacillus subtilis), drożdżach (Saccharomyces
cerevisiae, Pichia pastoris) oraz liniach komórek eukariotycznych (owadzich, ssaczych,
roślinnych). Zaletą systemów prokariotycznych jest w łatwość hodowli i manipulacji
genetycznych oraz duża ilość powstającego produktu.
W Y S Z U K I W A N I E K L O
N Ó W
Kolejnym istotnym elementem wpływającym na decyzję wyboru odpowiedniego
systemu ekspresji heterologicznej jest sposób oczyszczania produktu białkowego. Najbardziej
rozpowszechnionÄ… metodÄ… stosowanÄ… do tego celu jest chromatografia powinowactwa
najbardziej specyficzna ze sposobów frakcjonowania białek.
3.1. Systemy ekspresji heterologicznej w bakteriach E. coli
Opracowano różnorodne systemy służące do uzyskiwania ekspresji heterologicznej w
bakteriach E. coli. Każdy z nich jest oparty na odpowiednich wektorach ekspresyjnych, do
których wprowadza się sekwencję cDNA, kodującą heterologiczne białko i odpowiednio
zmodyfikowanych szczepach gospodarza. Wektory mogą również umożliwiać dołączanie do
badanego białka dodatkowych sekwencji aminokwasowych ułatwiających oczyszczanie,
sekrecję albo zwiększające stabilność produktu.
Jednym z bakteryjnych systemów służących do heterologicznej ekspresji jest system
oparty na elementach promujÄ…cych transkrypcjÄ™ i translacjÄ™ pochodzÄ…cych z faga T5 (system
QIAexpress, Qiagen). Rozpoznawany przez bakteryjnÄ… polimerazÄ™ RNA promotor faga T5
znajduje się pod kontrolą dwóch operatorów lac, co zapobiega niepożądanemu powstawaniu
białka przed indukcją ekspresji. Ekspresja rekombinowanego białka kodowanego na wektorze
ekspresyjnym jest silnie indukowana po dodaniu IPTG, które łączy się represorem lac
inaktywując go. Umożliwia to endogennej bakteryjnej polimerazie RNA transkrypcję genu
znajdujÄ…cego siÄ™ pod kontrolÄ… promotora faga T5.
Terminacja transkrypcji jest determinowana dwoma terminatorami pierwszy
pochodzi z faga lð, drugi jest terminatorem E. coli. Zastosowanie podwójnego miejsca
terminacji transkrypcji zapobiega powstawaniu nieprawidłowych transkryptów. Do genu
kodującego wyrażane białko jest dołączona sekwencja kodująca 6 histydyn (znacznik HIS),
dzięki czemu powstające białko jest łatwo oczyścić przy użyciu chromatografii
powinowactwa za pomocÄ… kolumny niklowej.
Rys. 5. Plazmid ekspresyjny pQE-9 (Qiagen)
4. ANALIZA TYPU SOUTHERN, NORTHERN I WESTERN
Powszechnie stosowanymi metodami służącymi do analizy kwasów nukleinowych i
białek są techniki polegające na rozdziale elektroforetycznym, transferze na filtr i detekcji
przy użyciu określonych sond. Są to techniki: Southern, Northern i Western, omówione
pokrótce w poniższej tabelce.
Analiza Zastosowanie Opis techniki
typu:
Detekcja DNA 1. Rozdział DNA w żelu agarozowym (zazwyczaj) lub
Southern
poliakrylamidowym.
2. Kapilarny lub elektryczny transfer DNA z żelu na filtr
nylonowy.
3. Hybrydyzacja przeniesionego na filtr DNA z
wyznakowanym (zazwyczaj radioaktywnie) fragmentem
kwasu nukleinowego, komplementarnym do poszukiwanej
czÄ…steczki DNA.
Detekcja RNA 1. Rozdział RNA w denaturującym żelu agarozowym lub
Northern
poliakrylamidowym.
2. Kapilarny lub elektryczny transfer RNA na filtr
nylonowy.
3. Hybrydyzacja przeniesionego na filtr RNA z
wyznakowanym (zazwyczaj radioaktywnie) fragmentem
kwasu nukleinowego, komplementarnym do poszukiwanej
czÄ…steczki RNA.
Detekcja białek 1. Rozdział białek w żelu poliakryloamidowym.
Western
2. Elektryczny transfer białek na filtr nitrocelulozowy.
3. Wykrywanie danych białek za pomocą specyficznych
przeciwciał i skierowanych przeciwko nim przeciwciał
drugorzędowych, których obecność można wykryć przy
użyciu odpowiednich systemów detekcji (np. poprzez
aktywność enzymu dołączonego do przeciwciała).
5. DYSRUPCJA GENÓW
Ostatecznym celem analizy genu jest poznanie funkcji jego produktu w organizmie.
Dowodem na udział białka czy składnika rybonukleinowego w danym szlaku metabolicznym
jest zaburzenie tego procesu spowodowane brakiem funkcji badanego czynnika.
U drożdży S. cerevisiae stosuje się wiele metod służących do wyłączania ekspresji
genu. Dla genów, których produkty są niezbędne do życia komórki można uzyskać mutanty
warunkowe, na przykład temperaturowrażliwe (ts temperature sensitive i cs cold sensitive)
lub geny te umieszcza się pod kontrolą promotorów reprymowalnych lub indukowalnych (na
przykład promotorów galaktozowych i tetracyklinowych). Natomiast funkcja większości
pozostałych genów jest badana w mutantach, w których dany gen został zinaktywowany przez
delecjÄ™ lub insercjÄ™.
Dysrupcję (rozbicie) genu można uzyskać poprzez transformację dzikiego pod względem
genu X szczepu drożdży liniowym fragmentem DNA zawierającym gen markerowy oflankowany
sekwencją DNA odpowiadającą odcinkom leżącym po obu stronach otwartej ramki odczytu (ORF)
genu X. Wolne końce liniowego fragmentu stymulują homologiczną rekombinację w badanym locus,
w wyniku czego następuje wymiana ORF genu X na gen markerowy. Proces homologicznej
rekombinacji jest w komórkach drożdży (w odróżnieniu od innych Eucaryota) bardzo wydajny.
Obecnie najczęściej stosowanym genem markerowym jest bakteryjny gen oporności na
kanamycynę kan r pod kontrolą działających w drożdżach sekwencji regulacyjnych z nitkowanego
grzyba Ashbya gossypi. Produkt tego genu nadaje drożdżom oporność na pochodną kanamycyny-
G418. Można również wykorzystać drożdżowe markery pokarmowe (np. geny URA3, HIS 3, TRP1,
LEU2) wraz z odpowiednimi szczepami mutantów auksotroficznych S.cerevisiae.
Kasetę do transformacji można przygotować dwoma sposobami:
1) poprzez przeprowadzenie reakcji PCR z zastosowaniem jako matrycy plazmidu
zawierającego gen markerowy i syntetycznymi starterami, których jedna część odpowiada
sekwencji markera, a druga część odcinkowi DNA flankującemu ORF genu X;
2) poprzez skonstruowanie plazmidu z kasetÄ… do dysrupcji na drodze rekombinowania DNA
z wykorzystaniem miejsc restrykcyjnych, a następnie wycięcie z tego plazmidu kasety
jako liniowego fragmentu DNA.
Transformacji poddaje się na ogół dwa szczepy: szczep haploidalny i diploidalny. Użycie
szczepu diploidalnego umożliwia uzyskanie integracji w locus w przypadku, kiedy produkt genu jest
niezbędny dla przeżycia drożdży. Efekt letalny dysrupcji można stwierdzić analizując produkty
mejozy w tetradach uzyskanych ze szczepu diploidalnego. Prawidłową zamianę fragmentów można
potwierdzić metodą PCR albo hybrydyzacji Southerna, stosując startery lub sondy specyficzne dla
badanego genu i genu markerowego.
Kolekcja szczepów z dysrupcją dla wszystkich ORF drożdży jest obecnie dostępna handlowo,
między innymi z firmy Euroscarf (www.rz.uni-frankfurt.de).
Poniżej przedstawiono przykładowy schemat dysrupcji z zastosowaniem kasety kan r
.
Rys. 6. Schemat dysrupcji genu u drożdży S. cerevisieae
Dysrupcje (nokauty) genów są stosowane do badania funkcji genów również w
przypadku organizmów wyższych Eukaryota. W przypadku rośliny Arabidopsis thaliana
transformacji dokonuje siÄ™ za pomocÄ… bakterii Agrobacterium tumefaciens. Bakteria posiada
plazmid niosący geny kodujące białka vir odpowiedzialne za przenoszenie fragmentów DNA
do komórek roślinnych oraz plazmid niosący gen oporności na antybiotyk oflankowany T-
DNA (są to sekwencje włączające się z dużą częstotliwością do genomu roślinnego). Po
infekcji zalążków następuje ekspresja białek vir, które przecinają jedną nić T-DNA, co
powoduje rozplecenie plazmidu. Jedna z nici jest opłaszczana białkami vir i eksportowana do
jądra komórkowego rośliny, gdzie jest włączana do genomu. Wstawienie T-DNA do genomu
roślinnego nie jest specyficzne T-DNA wstawia się na chybił-trafił . Przeciętnie jedna
komórka przyjmuje 1-3 fragmenty T-DNA, które wbudowują się w różne miejsca genomu.
Wykształcone nasiona są zbierane i wysiewane na pożywkę z antybiotykiem. Siewki oporne
na antybiotyk (kiełkuje od 0,1 do 1% nasion) przenosi się do doniczek z ziemią. Kolejnym
krokiem jest doprowadzenie do homozygotyczności analizuje się pokolenie potomne. Z
siewek izoluje siÄ™ DNA i ustala miejsce integracji T-DNA poprzez sekwencjonowanie przy
użyciu startera komplementarnego do wstawionego T-DNA. Identyfikuje się w ten sposób
gen, który został znokautowany .
Dysrupcje genów przeprowadzają firmy biotechnologiczne, od których można kupić
wybrane linie roślinne. Bazy danych zawierające informacje o dostępnych zmutowanych
liniach roślinnych, np. www.arabidopsis.org., przeszukuje się za pomocą programu BLAST
przy użyciu sekwencji danego genu. Linie takie można kupić, ale firmy biotechnologiczne nie
sprawdzają czy w danej linii został znokautowany tylko i wyłącznie interesujący nas gen.
Najprostszym sposobem na zbadanie, czy dana linia roślinna jest mutantem w konkretnym
genie jest wykonanie analizy hybrydyzacyjnej typu Southern.
Często obecnie stosowaną metodą wyciszania ekspresji genów w komórkach albo
organizmach wyższych Eukaryota jest technika RNAi (od ang. RNA interference). Technika
ta polega na wprowadzeniu do komórek dwuniciowych sekwencji RNA lub wektorów
kodujących takie sekwencje, komplementarnych do sekwencji badanego genu. Obecność w
komórce dwuniciowego RNA prowadzi do specyficznej degradacji mRNA przez zastaw
białek komórkowych uczestniczących w procesie RNAi.
6. USTALENIE SEKWENCJI NUKLEOTYDOWEJ FRAGMENTU DNA
Jedną z najczęściej obecnie stosowanych metod sekwencjonowania DNA jest metoda
Sangera. Opiera siÄ™ ona na przedwczesnej terminacji syntezy DNA, wynikajÄ…cej z
przypadkowego włączenia przez polimerazę DNA dideoksynukleotydów (analogi
nukleotydów bez grupy -OH w pozycji 3', Rys. 7).
Przedstawiono również oligonukleotyd, którego synteza zakończyła się w wyniku
wbudowania dideoksynukleotydu.
Rys. 7. Budowa deoksynukleotydu i wyznakowanego fluorescencyjnie dideoksynukleotydu
Przedstawiono również oligonukleotyd, którego synteza zakończyła się w wyniku
wbudowania dideoksynukleotydu
Synteza DNA zapoczątkowana jest ze starterów komplementarnych do fragmentu DNA,
którego sekwencję chcemy ustalić. Jeden z końców starterów znakuje się radioaktywnie lub
fluorescencyjnie. W klasycznej metodzie sekwencjonowania prowadzi się jednocześnie 4
oddzielne reakcje, z których każda zawiera w mieszaninie reakcyjnej jeden z
dideoksynukleotydów (dideoksy-ATP, -GTP, -CTP lub -TTP) oraz znaczną ilość czterech
"normalnych" deoksynukleotydów. Inkorporacja dideoksynukletydu do rosnącego łańcucha
DNA powoduje zahamowanie dalszej jego syntezy, gdyż brak grupy hydroksylowej w
pozycji 3' uniemożliwia przyłączenie kolejnego nukleotydu. Powstaje seria wyznakowanych
fragmentów DNA, kończących się zasadą reprezentowaną przez didoksynukleotyd
występujący w danej mieszaninie reakcyjnej. Fragmenty te rozdziela się ze względu na
wielkość za pomocą elektroforezy. W przypadku znakowania starterów izotopami
promieniotwórczymi obraz rozdzielonych fragmentów DNA uzyskuje się poprzez wykonanie
autoradiografii na kliszy rentgenowskiej. Sekwencja DNA odpowiada kolejności fragmentów
odczytanej z żelu.
Rys. 8. Sekwencjonowanie DNA wg. metody Sangera (dideoksy). Znakowanie
syntetyzowanych fragmentów DNA uzyskuje się przez znakowanie starterów (przed
rozpoczęciem reakcji sekwencjonowania) lub wbudowanie wyznakowanego
deoksynukleotydu w czasie reakcji sekwencjonowania
W systemach półautomatyczego sekwencjonowania stosowane są
dideoksynukleotydy wyznakowane fluorescencyjnie (Rys. 9). Ich wbudowanie do
syntetyzowanej nici DNA powoduje równocześnie jej wyznakowanie i terminację syntezy.
Stosując cztery różne znaczniki fluorescencyjne uzyskuje się syntezę fragmentów DNA
wyznakowanych odpowiednio do wbudowanego do nici dideoksynukleotydu. Dzięki temu
oznaczając sekwencję nukleotydową fragmentu DNA można stosować jedną, a nie cztery
niezależne reakcje sekwencjonowania. Prowadząc syntezę wielu nici i stosując równocześnie
w reakcji wszystkie dezoksy- i dideoksynukleotydy otrzymuje siÄ™ mieszaninÄ™
fluorescencyjnie wyznakowanych fragmentów DNA o długości równej długości startera + (1
do n). Zazwyczaj n nie przekracza 1000 par zasad. Elektroforetyczny rozdział fragmentów
umożliwia ich uporządkowanie pod względem wielkości, a analiza światła emitowanego
przez fluorescencyjny znacznik określa, jaki nukleotyd został wbudowany jako ostatni.
Rys. 9. Schematyczne przedstawienie rozdziału wyznakowanych fluorescencyjnie
fragmentów DNA zsyntetyzowanych w reakcji sekwencjonowania wraz z odczytem
sekwencji.
W przypadku półautomatycznej analizy sekwencji nukleotydowej DNA uzyskany rozdział
fragmentów przedstawiony jest w postaci chromatogramu.
Rys. 10. Chromatogram z elektroforetycznego rozdziału wyznakowanych fluorescencyjnie
fragmentów DNA otrzymanych w reakcji sekwencjonowania.
6.1 SEKWENCJONOWANIE GENOMÓW
Obecnie dla wielu organizmów (w tym człowieka) znana jest pełna sekwencja genomu.
Strategie ustalania sekwencji genomów są omówione pokrótce poniżej.
Sekwencjonowanie genomu może obejmować sortowanie chromosomów i konstrukcję
banków genów specyficznych dla poszczególnych chromosomów. Kolejne etapy analizy
sekwencji nukleotydowej chromosomu podano poniżej na przykładzie chromosomu 19. W
pierwszym etapie konstruowane są biblioteki zachodzących na siebie fragmentów. W
klonowaniu stosowane sÄ… wektory typu kosmid lub sztuczne chromosomy bakteryjne (BAC).
Następnie na podstawie hybrydyzacji są one porządkowane i przypisywane poszczególnym
rejonom chromosomu (Rys. 11). Sekwencje nukleotydowe dużych wstawek przenoszonych
przez kosmidy lub wektory BAC są ustalane po ich subklonowania do wektorów
plazmidowych (losowe, zachodzące na siebie fragmenty), a następnie określaniu sekwencji
nukleotydowych poszczególnych klonów. Sekwencje zachodzących na siebie obszarów są
łączone in silico w dłuższe ciągi nazywane kontigami (Rys. 12).
Rys 11. Strategia sekwencjonowania DNA chromosomu 19.
Rys 12. Strategia sekwencjonowania dużego fragmentu DNA przenoszonego przez kosmid
lub wektor typu BAC. Uzyskane fragmentaryczne sekwencje łączone są w dłuższe ciągi
(kontigi) dzięki zachodzącym na siebie obszarom.
7. ZASTOSOWANIE GENÓW REPORTEROWYCH W BIOLOGII
MOLEKULARNEJ
Gen reporterowy - gen kodujący białko, którego obecność lub aktywność
biochemiczną można w łatwy sposób oznaczyć w komórce (in vivo) poprzez wykorzystanie
technik autoradiograficznych, spektrofotometrycznych lub bio- i chemiluminescencyjnych.
Geny reporterowe łączy się w fuzje z sekwencjami, które chcemy scharakteryzować (np.
otwartymi ramkami odczytu, regionami regulatorowymi), przy zastosowaniu technik
inżynierii genetycznej. Geny reporterowe wprowadza się do badanych komórek lub
organizmów na drodze transformacji (bakterie, drożdże) lub transfekcji (komórki hodowane
w hodowli komórkowej), a efekt ich ekspresji może być stały lub przejściowy, w zależności
od tego, czy ulegają one integracji do genomu biorcy. Konkretny gen reporterowy można
stosować w danym systemie badawczym pod warunkiem, że system ten jest pozbawiony w
normalnych warunkach endogennego genu homologicznego. Niezbędne jest również
zastosowanie takiego wektora ekspresyjnego, który umożliwi efektywne wyrażenie białka
kodowanego przez gen reporterowy w badanym układzie.
7.1. Niektóre zastosowania genów reporterowych
·ð ustalanie regionów promotorów odpowiedzialnych za regulacjÄ™ genów
tworzenie fuzji fragmentów potencjalnego promotora z genem reporterowym
transfekcja komórek szacowanie aktywności promotora na podstawie oznaczania
aktywności białka kodowanego przez gen reporterowy. W analogiczny sposób można
przeprowadzić analizę czasowej i/lub przestrzennej aktywności badanych promotorów
w komórkach i tkankach.
·ð ustalanie wewnÄ…trzkomórkowej lokalizacji biaÅ‚ek tworzenie fuzji cDNA
kodującego badane białko z genem reporterowym (najczęściej białkiem zielonej
fluorescencji (ang. GFP) lub jego wariantem) i analiza mikroskopowa;
·ð wykorzystanie genu lacZ jako reportera w drożdżowym systemie
dwuhybrydowym w tym systemie wykrywa się interakcję między
makrocząsteczkami poprzez ekspresję dwóch potencjalnie odziaływujących
cząsteczek w tej samej komórce drożdżowej i aktywację przez powstały kompleks
białkowy ekspresji genu reporterowego (do jednego z białek dołączona jest domena
wiążąca się do DNA, drugie białko jest syntetyzowane w fuzji z domeną aktywującą
transkrypcjÄ™). Obecność biaÅ‚ka reporterowego ²-gal wykrywa siÄ™ poprzez niebieskie
zabarwienie komórek drożdży w obecności X-gal.
7.2. Najczęściej stosowane geny reporterowe (dla zainteresowanych)
·ð acetylotransferaza chloramfenikolu (ang. chloramphenicol acetyltransferase; CAT)
- prokariotyczny enzym, który katalizuje przenoszenie grup acetylowych z acetylo-
koenzymu A na chloramfenikol. Zaletą jego stosowania w komórkach
eukariotycznych jest fakt, że komórki te praktycznie pozbawione są enzymów, które
mogą z nim współzawodniczyć. Ponadto białko to jest bardzo stabilne jego okres
półtrwania w komórkach ssaków wynosi około 50 godzin. Jedną z metod oznaczania
aktywności CAT przedstawiono na rysunku 2;
·ð ²-galaktozydaza (²-gal) enzym kodowany przez gen lacZ, pochodzÄ…cy z
Escherichia coli. Oznaczenie aktywnoÅ›ci ²-gal polega na użyciu jako substratu X-gal
(5-bromo-4-chloro-3-indolylo-²-D-galaktozyd), który jest rozkÅ‚adny do barwnego
(niebieskiego) produktu, 4-chloro-3-bromo-indygo. Ilość tego barwnego produktu
reakcji można w łatwy sposób mierzyć kolorymetrycznie. Zabarwienie można również
obserwować w komórkach, tkankach i narządach organizmów tranformowanych
wektorami z ²-galaktozydazÄ….
·ð lucyferazy enzymy kodowane przez geny luc, wystÄ™pujÄ…ce miÄ™dzy innymi u
robaczka świętojańskiego Photinus pyralis (ang. firefly) lub jamochłona morskiego
Renilla reniformis (ang. sea pansy) oznaczane odpowiednio jako Pp Luc lub Rr Luc.
Lucyferazy katalizujÄ… bioluminescencyjnÄ… reakcjÄ™ przemiany substratu lucyferyny,
która w obecności ATP, jonów Mg2+ oraz tlenu cząsteczkowego ulega utlenieniu i
przechodzi w stan wzbudzenia, a następnie powracając do stanu wyjściowego
powoduje emisję światła. Emitowane fotony są zliczane przy pomocy luminometru.
Całkowita emisja światła jest wprost proporcjonalna do aktywności lucyferazy w
badanej próbce i pozwala na oszacowanie aktywności transkrypcyjnej genu
reporterowego. Lucyferazy charakteryzują się szybkim tempem rozpadu w komórkach
ssaczych (t = ~3 h);
1/2
·ð ²-glukuronidaza (GUS) enzym kodowany przez gen bakteryjny, czÄ™sto
wykorzystywany w badaniu ekspresji genów roślin, ze względu na bardzo niskie tło, a
co za tym idzie obniżenie częstości fałszywych wyników. Co ciekawe, gen ten może
być stosowany jako reporter mimo faktu występowania homologicznego genu w
organizmach roślin wynika to z faktu, że optymalne pH dla enzymu bakteryjnego
jest znacznie wyższe niż w przypadku enzymu endogennego. Powszechnie
stosowanym substratem w oznaczaniu aktywności biochemicznej GUS jest X-gluc (5-
bromo-4-chloro-3-indolylo- ²-D-glukuronid), a sama reakcja przebiega analogicznie,
jak w przypadku ²-galaktozydazy. Ten system reporterowy zapewnia wysokÄ… czuÅ‚ość
ze względu na dużą stabilność enzymu w komórkach roślin;
·ð biaÅ‚ko zielonej fluorescencji (ang. green fluorescent protein; GFP) biaÅ‚ko
kodowane przez gen wyizolowany z meduzy Aequorea victoria. Normalnie fluoryzuje
ono po dostarczeniu energii przez fotoproteinÄ™ aktywowanÄ… jonami Ca2+ (ang.
aequorin). Fluorescencję GFP można również zaindukować przy pomocy
promieniowania nadfioletowego. Poprzez wykorzystanie techniki mutagenezy udało
się stworzyć pochodne GFP, które fluoryzują na niebiesko (CFP cyan fluorescent
protein) oraz żółto (YFP yellow fluorescent protein).
7.3. Wykorzystanie genu cat jako reportera w badaniu sekwencji promotora ludzkiego
genu hSuv3 (wg. M. Minczuk, 2003, rozprawa doktorska, ZGUW) (dla
zainteresowanych)
Ludzki gen hSuv3 koduje mitochondrialną helikazę DNA i RNA. W celu określenia,
który fragment DNA powyżej pierwszego ATG hSUV3 ma aktywność promotora oraz w celu
ustalenia, które obszary promotora są odpowiedzialne za regulację ekspresji genu, stworzono
fuzje odcinków DNA różnej długości z końca 5 hSUV3 z genem reporterowym. Promotor
zawężano od końca 5 w zakresie od -2999 do -54 względem pierwszego ATG.
Skonstruowano również mutanty delecyjne promotora. Odpowiednie konstrukty utworzono
na bazie plazmidu pcDNA3.1/CAT (Rys. 13). Plazmid ten jest wektorem bifunkcjonalnym,
który koduje acetylotransferazę chloramfenikolu (CAT), pochodzącą z E. coli pod kontrolą
promotora CMV. Promotor CMV zastępowano różnej długości fragmentami sekwencji
powyżej pierwszego ATG otwartej ramki odczytu hSUV3.
Rys. 13. Uproszczona mapa plazmidu pcDNA3/CAT (Invitrogen)
Aktywność genu reporterowego CAT dla wszystkich fuzji badano po transfekcji ludzkich
komórek HeLa odpowiednimi plazmidami, a następnie za pomocą testu CAT-ELISA
mierzono ilość powstającego białka CAT. Wspomniany test opiera się na zastosowaniu
immunodetekcji pośredniej (Rys. 14).
dolek mikroplytki probka przeciwciala przeciwciala substrat dla
pokryty przeciwcialami zawierajaca anty-CAT anty-digitonina peroksydazy
anty-CAT CAT sprzezone z sprzezone z
digitonina peroksydaza
1 2 3 4 5
Rys. 14. Zasada testu CAT-ELISA
1. Test przeprowadzano na mikropłytce, której dołki opłaszczone są przeciwciałami anty-
CAT.
2. Lizaty z komórek transfekowanych plazmidami z genem reporterowym nanoszono na dołki
mikropłytki. CAT wiązała się specyficznie z przeciwciałami.
3. Dodawano przeciwciała pierwszorzędowe anty-CAT sprzężone z digitoniną, które wiązały
się specyficznie z CAT unieruchomioną w dołkach mikropłytki.
4. Dodawano przeciwciała drugorzędowe anty-digitonina sprzężone z peroksydazą, które
wiązały się specyficznie z digitoniną.
5. Dodawano substrat dla peroksydazy. Enzym katalizował rozkład substratu do barwnego
produktu, którego stężenie (proporcjonalne do ilości syntetyzowanej CAT) szacowano
spektrofotometrycznie.
Wyniki testu CAT-ELISA dla poszczególnych konstruktów (plazmidów) przedstawiono na
Rysunku 15.
-3 kb -2 kb -1 kb
CAT
-29 99 /
ATG
-24 44 /
ATG
-11 18 /
ATG
-76 2/ATG
-58 8/ATG
-50 1/
ATG
-25 8/
ATG
-13 6/
ATG
-99 /
ATG
-54 /
ATG
-76 2/-1 2 0
-29 99 D 2 6/ G
13 AT
-29 99 D 2 8/ G
12 AT
Rys. 15. Analiza funkcjonalna mutantów delecyjnych promotora hSUV3. Czarne bloki
symbolizujÄ… badane odcinki promotora; obszary zaznaczone przerywanÄ… liniÄ… oznaczajÄ…
delecje. Wartości przy prostokątach oznaczają długości odcinków względem pierwszego
ATG genu. Obszary delecji zaznaczono pojedynczą poziomą liną (w przypadku fragmentów
zawierających delecje zaznaczono również długość wyciętego odcinka). Wartości otrzymane
z przynajmniej 3 niezależnych transfekcji standaryzowano przyjmując aktywność
transkrypcyjnÄ… odcinka -588/ATG za 100%, a pusty wektor uznawano za 0%.
Wyszukiwarka
Podobne podstrony:
8 37 Skrypty w Visual Studio (2)MATLAB cw Skryptysyst oper skrypty 2Skrypt Latexskrypt rozdz 2 4Biochemia zwierząt skrypt URT2 Skrypt do lab OU Rozdział 6 Wiercenie 3Skrypt 1SKRYPT ELEKTROTECHNIKA ZADANIA PRDZMIENNY3 FAZOWY 14skrypt część ogólna J Woźniakmatlab skryptyToksygologia skrypt dla techników BHPSkrypt do U Eskrypt hipnotyczny usuwanie fobii podwojna dysocjacjaTEORIA LITERATURY WAŻNE Skrypt Z 48 Formalizm rosyjskiwięcej podobnych podstron