IMG 1404013703
totem te, j0>r 9
fi (rn~ -57°, 9 i
tedujących ł sobą grup atomów! Sąsiednie (tf.
:a) kątv <p i 9 muszą więc być dobierane w sposób zsynchro^
te wywoftj sytuacji fizycznie niemożliwej. Pierwszy uświa/'
SssH
parametry h
+45°. Podobnie ć
tdv)oraz<5>=_n9°'
I
mil sobie tę konieczność indyjski badacz Gopalasamudram Narajana chadran. Próbował on wygenerować wszystkie możliwe konformacje tr^ 1 ąo dipeptydu, alanyioalaniny, a wyniki odkładał na wykresie 9 (oś \ ma). 9 (oś pionowa), zostawiając białe pola dla par kątów odpowiadający* I ntefirvcznvm sytuacjom oraz kolorując mapę konformacyjn<&-;>gdy dan, i kombinacje 9/9 udało się ustawić. Kolor był tym ciemniejs^i^n konw 1 macja była energetycznie korzystniejsza. Powstał w tern sp@s||> wykres R, 1 machandrana, na którym dziś przedstawiamy zwykłą; mąjp konturową 1 energii dipeptydu w zależności od wartości kątów <p i 9 (Rys. 7,3)> 4
Największe pola na wykresie Ramachandrana zajmują obszary niecb. I zwolone* W zasadzie są tylko dwa pola korzy^^^jenąĘgii. Mają 1
one dość rozciągłe zakresy kątów 9 i p, ąle z .dobrym1 ,orzybliża?i^^.imn7Ł j my przyjąć, że centrum jednego z nich |^y przy tp ^ a^jP d! 9 m ^IpP, is dm. gjego przy 9 = -120° i 9 = +120°. Gdybysmkr zafeżeli budó\^ć model poR. peptydu, wybierając kąty 9 i 9 zawsze z pierwszego obszaru, ofrzymdita. śmy zwój a-helikalny! Podobnie dHbierańie' ||ątów z ,dxug3||^ obszaru dałoby nam łańcuch p. Okazało jm<lBip|Se skonstruowany wykres Ramachandrana przewi
dziane przez Paulinga.
Jeszcze silniejsze potwierdzenie przysżło krystald^S£p białek;
w kolejno rozwiązywanych strukturach katy^ljfśSoałańcucha Równego dokładnie odpowiadają wartościom wynikającym ‘z :ivykx^u. Dziś postępu- j jemy wręcz odwrotnie, używając wykresu Ramachahi^aigl dl) weryfikaqi poprawności wyznaczonych eiśperymfentalnie ŚtrilktSM białkowyeffW tym celu nanosi się na wykres cp/\|/ ustalone drcświa d^Mtoie^artośei par kątów torsyjnych, oczekując że dla poprawnią wybaczonych modeE, punkty eksperymentalne znajdą się na ciemnych polach diagramu.^
Na wykresie Ramachandrana znajduje się jeszcze MewielM rejon dopuszczalny, leżący wyjątkowo w dodatniej. części ką^a cp.’ Spostrzegawczy student zauważy, że jest on z gru,bsźh centrosymąb^znyiń odbićill^ środkowej części pola 9 = -60°, 9 ^ItóO9. odpoyM^onle-
woskrętnej helisie, którą należałoby stworzyć, odbijąią&w^ lustrzy helisę o! Ogólnie sytuacja taka jest nięinożliwa, wymagałaby zamiany
L-aminokwasów na ich enancjomery ©’. Jedynki wyjątkiem byłaby helisa utworzona z achiralnych reszt glicyny. Tak teżjęsjl w rzeczywistości- fCon-formaqa L z wykresu Ramachandrana może być zrealizowani tylko przez peptydy połiglicynowe.
Oprócz najbardziej typowej helisy a spotykamy fasami fragmenty He* likalne o bardziej zwartym zwoju, uplecionym i 3 reszt aminokwasowych
¥’
n
Rys. 73. Wykres! tanu. o uprzywile +120°). Czarne p
Inne elemen
Oprócz najb< muszą aę te połączy i zwroty. R ^cucha o
Wp%3l 3 tóamy dv,;
l|jj|
|f|&
112
ni
w
Wyszukiwarka
Podobne podstrony:
IMG31 resize LO1 Jki )Ji9f V / 1VW«JJl Hv i * te •* iii i *ł 3# r # i > fi
IMG 1404015440 my. Warunek ten staje się oczywisty, gdy uświadomimy sobie, że elemgn^H te działają
IMG 1404014836 wielką liczbę bezpośrednich oddziaływań białko-białko. Widać, te ^ katne oddziaływan
IMG22 ~~p
IMG10 p-k l Of o ) ~ Ą ^ O ^ " te -A ■! cfiA
IMG 1404013315 I ANATOMIA ZWOJU I BIAŁKOWEGO S n I iPodstawowe motywy w strukturze białek wymyślone
IMG 1404013805 nieol punkowo prawidłowej stn*. , „ntów o st0fL pojawić fragmenty o 2u > .^ych e,
IMG 1404014033 W * //./A ,0 Uoczynu liczb atomowych. j, sonato* f°kurnUlację P^ow Patterso ^ w
IMG 1404014437 tronie osi poziomej. Najpierw więc rysujemy wektor zielony, a potem riiów do jego ko
więcej podobnych podstron