1

Metoda podstawienia cząsteczkowego

■ r# tfi

W tej metodzie model podobnego^bi§|^ jest sondą, za pomocą którei ławiamy" nieznaną strukturę krystąjiezaną nowego białka 2j jej funlSi"^' tersona. Oczywisteiest, że^^R^dwffgjmi¹^ można,było stosowagh zar . krystalografii białek - nie było przecież żądnych modeli ani nawet dtfbr’?’ przypuszczenia, jak mogłyby one wyglądać. Dziś sytuacja zmieniła sie mi

mm.

MM

w,

mm

trJjtlfć

BK

WSBk

SHWlU

dykalnie. PyspomJjąc dziesiąfkaini tysięcy znanych struktur białko

W//

■M

tł/Sjr •

im

możemy wykorzystać znaną¹ informację do uzyskania nieznanej. metoda podstawienia cząsteczkowego święci dziś tryumfy tam, gdzie Jj? my do czynienia z wariantem struktury już znanej. Do charakterystyki1 lek o niespotykanej dotąd ^r^t&z^ nądal konieczne są inne metody,M|sji jące na eksperymencie jako bezpośrednim źródle informacji fazowej. też zwrócić uwagę, że kolejnym motorem rozwoju    podstawień^

cząsteczkowego był postęp.techhiki komputerowej.

Można jednak zapytać,yakf jest sens rozwiązywania struktury, _sk_0l0 istnieje już w miarę dobry modęI?^@®ż podobieństwo obu struktur m₀że być tylko zgrubne. Identyczność sekwencji białkowych na poziomie 20% daje nadzieję na    Można też rozwiązywać strukturę

większego białka    gdy istnieje model jedynie dla

jego części. Póżar tym częsta jest sytuacja, gdy interesują nas konsekwed^’ sfrukturalrte niewielkich zmian w fśę1^^^^ir”np. ukierunkowanych mutadij lub chcemy poznać strukturę hortfblogicznego białka z innego orgai\i®™M Ciekawy jest przypadek, gdy to samo białko utworzyło kryształy inn^ for- j my - wtedy model jest doskonały, a problem jest raczej natury krystalografii ficznej. Można wreszcie stosować wariant tej metody, gdy dohrejgcffaodemfl w ogóle ^ mamy, a    że w komórce elemeńtamet|kr\K«p™

znajduje się kilka niezależnych kopii badanego białka, np. tworzących oli-gomeryczną całość lub kapsyd wirusa. Nałożenie funkcji Pattersdrrajna samą siebie może wówczas dać informację o organizacji podjędnostek wzglę-dem siebie.

Sposób postępowania w metodzie podstawienia cząsteczkowego jest zwykle następujący:

(1)    Liczymy mapę Pattersona Po, opierając się na intensywności reflek- ’ sów dla nieznanej struktury,,

(2)    Generujemy zbiór wektorów międzyatomowych (teoretyczną mapę Pattersona) Pm dla modeluj

(3)    Znajdujeim| orientacje (rotację) Pf?i na mapie Po. Ten etap obliczeń bazuje na wektorach wewnątrzcząsteczkowych funkcji Po.

(4)    Znajdujemy położenie (translację) dobrze zorientowanego modelu względem początku układu (a w zasadzie względem elementów symetrii) w nieznanej strukturze. Ten etap obliczeń bazuje na wektorach międzyczą-steczkowych.

M

W I

lali

mc