Stanisław Lamperski
Symulacje komputerowe
w chemii
Wydział Chemii
Uniwersytetu im. A. Mickiewicza
Poznań 2006
SYMULACJE KOMPUTEROWE
W CHEMII
Stanisław Lamperski
Wydział Chemii
Uniwersytetu im. A. Mickiewicz
Poznań 2006
Recenzent prof. dr hab. Andrzej Molski
SPIS TREŚCI
Przedmowa ....................................................................................................................... 4
Oddziaływania międzycząsteczkowe ............................................................................... 6
Podstawy metod symulacyjnych .................................................................................... 11
Dynamika molekularna ............................................................................................................ 13
Symulacja MC w zespole kanonicznym czyli metoda Metropolisa ........................................ 21
Symulacja MC w zespole izobaryczno-izotermicznym ........................................................... 23
Symulacja MC w wielkim zespole kanonicznym .................................................................... 25
Symulacja MC w zespole Gibbsa ............................................................................................ 26
Ćwiczenia ....................................................................................................................... 30
Ćwiczenie 1  współczynnik ściśliwości gazu ......................................................................... 32
Ćwiczenie 2  drugi współczynnik wirialny i temperatura Boyle'a ......................................... 33
Ćwiczenie 3  energia wewnętrzna .......................................................................................... 39
Ćwiczenie 4  molowa pojemność cieplna w stałej objętości .................................................. 41
Funkcja autokorelacji ............................................................................................................... 44
Ćwiczenie 5  współczynnik dyfuzji ....................................................................................... 47
Ćwiczenie 6  współczynnik lepkości ..................................................................................... 49
Ćwiczenie 7  przewodnictwo roztworu elektrolitu ................................................................ 51
Ćwiczenie 8  modelowanie przebiegu reakcji chemicznej ..................................................... 54
Ćwiczenie 9  struktura cieczy ................................................................................................ 60
Ćwiczenie 10  struktura i właściwości elektrolitu .................................................................. 65
Ćwiczenie 11  równowaga fazowa ciecz-gaz ......................................................................... 69
Ćwiczenie 12 - właściwości magnetyczne substancji .............................................................. 75
Uzupełnienie A. Tworzenie wykresów za pomocą programu Excel ............................. 79
Uzupełnienie B. Pochodna potencjału dla modelu sztywnych kul ................................ 81
Literatura ........................................................................................................................ 84
PRZEDMOWA
Skrypt ten przeznaczony jest dla studentów, którzy w ramach przedmiotu  Ćwiczenia
laboratoryjne z chemii fizycznej część zajęć realizować będą za pomocą symulacji
komputerowych. Przeznaczony jest więc w pierwszym rzędzie dla studentów specjalności
chemia z zastosowaniami informatyki oraz chemia i informatyka a także wszystkich
zainteresowanych tego typu formą zajęć. Tematyka ćwiczeń obejmuje główne działy chemii
fizycznej. Warto jednak zauważyć, że ćwiczenia oparte na symulacji komputerowej stanowią
ciekawe uzupełnienie klasycznych zajęć laboratoryjnych. W szczególności chodzi tu o
ćwiczenia, których realizacja w warunkach pracowni studenckiej jest trudna albo niemożliwa,
gdyż są one np. niebezpieczne. Wyznaczanie współczynnika ściśliwości gazu rzeczywistego
może posłużyć jako przykład. Wymagane jest tu sprężenie gazu do ciśnienia rzędu setek
atmosfer. Takie ekstremalne warunki nie stanowią istotnego ograniczenia dla ćwiczenia
opartego na symulacji komputerowej. Tutaj ciśnienia rzędu nawet tysięcy atmosfer, bardzo
wysoka lub niska temperatura nie przedstawiają większego problemu i to stanowi ogromną
zaletę metod symulacyjnych. Istnieją też inne aspekty związane z realizowaniem zajęć
wykorzystujących techniki numeryczne. Ćwiczenia takie nie tylko rozwijają umiejętności
potrzebne w dzisiejszym zinformatyzowanym świecie, ale dają wyjątkową możliwość
obserwowania wielu zjawisk fizykochemicznych na poziomie molekularnym. Dlatego,
zdaniem autora, powinny przyczyniać się do lepszego poznania i zrozumienia przedmiotu.
Skrypt podzielony jest na dwie części. W pierwszej omówione zostały podstawy
głównych technik symulacyjnych: dynamiki molekularnej i metody Monte Carlo. Opisane są
też te spośród oddziaływań międzycząsteczkowych, które póz
niej użyte zostały w
ćwiczeniach. Materiał zawarty w tej części nie jest niezbędny do wykonania ćwiczeń.
Skierowany jest do osób, które chcą wiedzieć, jak zbudowane są programy numeryczne
wykorzystywane na zajęciach. Materiał ten jest też omawiany w ramach przedmiotu
fakultatywnego  Metody symulacyjne w chemii . Druga część skryptu to opisy ćwiczeń. W
pierwszych siedmiu ćwiczeniach wykorzystano dynamikę molekularną, a w pozostałych
metodę Monte Carlo. Opracowując ćwiczenia do przedmiotu chemia fizyczna trudno było
pominąć właściwości transportowe. Wyznaczane są za pomocą funkcji autokorelacji. Funkcja
4
ta rzadko omawiana jest w podręcznikach akademickich z chemii fizycznej. Dlatego przed
ćwiczeniami 5-7, w których badane są właściwości transportowe, umieszczono krótki rozdział
omawiający funkcję autokorelacji. Opisy ćwiczeń kończy zwięzła instrukcja tworzenia
wykresów za pomocą popularnego programu komputerowego Excel. Przygotowując skrypt
zadbano też o maksymalną zgodność nazewnictwa oraz symboliki z zalecanymi przez IUPAC
i zastosowanymi w podręczniku P.W. Atkinsa  Chemia fizyczna (PWN, W-wa, 2001).
Podręcznik ten dzięki przejrzystemu i nowoczesnemu ujęciu tematu cieszy się od lat na
świecie dużą popularnością. Dlatego zachęcamy do przygotowywania zagadnień
teoretycznych wymienionych na początku opisu każdego ćwiczenia właśnie z tego
podręcznika.
Poznań, grudzień 2006. Stanisław Lamperski
5
ODDZIAA
YWANIA MI
DZYCZ
STECZKOWE
Cząsteczki tworzą fazę ciekłą dzięki wzajemnym oddziaływaniom. Znajomość
oddziaływań międzycząsteczkowych pozwala dokonać poprawnego opisu właściwości
badanego układu. Dlatego na początek przyjrzymy się oddziaływaniom, z jakimi będziemy
mieć do czynienia w trakcie zajęć. Można je opisać za pomocą energii potencjalnej V lub siły
F.
W modelu gazu doskonałego, gdzie odległości między cząsteczkami gazu są duże w
porównaniu z ich wielkością, zakłada się, że cząsteczki nie posiadają objętości własnej, są
punktami matematycznymi. Natomiast gazy pod dużym ciśnieniem oraz cieczy nie można
pominąć objętości własnej cząsteczek. W pierwszym przybliżeniu można założyć, że
cząsteczki są to doskonale sztywne kule. Model taki nazywamy modelem sztywnych kul.
Energia potencjalna V oddziaływań między dwiema sztywnymi kulami opisuje wzór:
ż#
�#0 dla r > d
V = (1)
�#
�#
�#" dla r d" d
w którym r jest odległością między środkami kul o średnicy d każda. Oznacza to, że przy
odległościach większych od średnicy cząsteczki energia potencjalna jest równa zeru i rośnie
gwałtownie do nieskończoności, gdy cząsteczki zbliżą się na odległość mniejszą lub równą d.
Model ten, choć z założenia bardzo prymitywny, poprawnie opisuje efekty związane z
objętością własną cząsteczek. Dlatego jest chętnie wykorzystywany tak w metodzie Monte
Carlo jak i rozważaniach teoretycznych, nie nadaje się natomiast do dynamiki molekularnej
Oddziaływania między dwiema cząsteczkami zdecydowanie lepiej opisuje potencjał
Lennarda-Jonesa. Ma on postać:
Ą#�# r0 ś#12 �# r0 ś# 6ń#
V = 4� (2)
ś# ź#
ó#�# # - ś# ź#
Ą#
�# #
r r
ó# Ą#
Ł# Ś#
gdzie � jest głębokością studni potencjału, r  odległością między środkami cząsteczek, r0 
odległością, przy której V=0. Pierwszy człon tego równania opisuje odpychania, a drugi
6
przyciągania międzycząsteczkowe. Udział każdego z tych członów oraz energię wypadkową
pokazuje rys. 1.
odpychanie
0
-�
przyciąganie
r0 re
odległość międzycząsteczkowa
Rys.1. Potencjał Lennarda-Jonesa
Odległość równowagowa re, czyli odległość, przy której potencjał ma wartość minimalną,
zależy od r0
re = 21 6r0 (3)
Parametry potencjału Lennarda-Jonesa dla kilku wybranych substancji przedstawione są w
tabeli 1.
7
energia potencjalna
Tabela 1.
Parametry potencjału Lennarad-Jonesa, masy molowe i stałe krytyczne wybranych substancji
Substancja r0 / pm M / g�mol-1 Tkr / K dkr / g�cm-3
� / J�mol-1�
He 84,8 228� 4,003 5,21 0,0693
Ne 390,8 272 20,18 44,44 0,4835
Ar 829,9 362,3 39,95 150,72 0,5309
Kr 1287,7 389,5 83,80 209,39 0,9085
Xe 1779,0 426,0 131,3 289,75 1,1052
H 71,5 281 1,0079
N2 763,7 391,9 28,02 126,3 0,3110
O2 941,8 365,4 32,00 154,8 0,410
F2 867,1 357,1 38,00
Cl2 2463,3 448,5 70,90 417,2 0,572
CO2 1677,1 444,4 44,01 304,2 0,468
CCl4 3150,0 624,1 153,81
Na+ 544,0 235,0 22,99 - -
Cl- 418,4 445,0 35,45 - -
Mamy trzy podstawowe rodzaje oddziaływań międzycząsteczkowych, które zależą od
odwrotności odległości podniesionej do szóstej potęgi. Są to oddziaływania typu dipol-dipol,
dipol-dipol indukowany oraz dipol indukowany-dipol indukowany (oddziaływania
dyspersyjne, Londona). Dlatego potencjał Lennarda-Jonesa z powodzeniem stosuje się do
opisu oddziaływań między niepolarnymi i aprotycznymi cząsteczkami, a wykorzystuje się go
w obydwu metodach symulacyjnych.
Oddziaływania między jonami można podzielić na dwie grupy: oddziaływania bliskie
i dalekie. Do opisu pierwszych używa się w symulacjach potencjału sztywnych kul lub
Lennarda-Jonesa. Oddziaływania dalekie są to oddziaływania elektrostatyczne między
ładunkami jonów
ziz e2
j
V = (4)
4Ą�0�rr
8
W równaniu tym zie określa ładunek jonu i (e - ładunek elementarny), �0 jest przenikalnością
elektryczną próżni, a �r względną przenikalnością elektryczną ośrodka, w którym jony są
zanurzone, czyli rozpuszczalnika. Wartość �r wody w temperaturze 25oC wynosi 78,5.
Z potencjału V można obliczyć siłę F, z jaką dwie cząsteczki oddziałują ze sobą. Siła
ta jest pochodną ze znakiem ujemnym potencjału względem odległości między cząsteczkami:
dV
F = - (5)
d r
Dla potencjału sztywnych kul wynosi ona
F = kT� (r - d)eV / kT , (6)
gdzie �(x) jest funkcją delta (patrz Uzupełnienie B), k  stałą Boltzmanna. Oznacza to, że
nieskończenie duża odpychająca siła występuje wówczas, gdy r=d. Dla r>d kule nie
oddziałują ze sobą.
Z potencjału Lennarda-Jonesa dostajemy:
12 6
Ą#
24� r0 r0 ń#
�# ś# �# ś#
F = , (7)
ś# ź#
ó#2 - ś# ź# Ą#
r r r
�# # �# #
ó# Ą#
Ł# Ś#
natomiast siłę oddziaływania elektrostatycznego między ładunkami jonów opisuje wzór:
ziz e2
j
F = (8)
4Ą�0�rr2
W dynamice molekularnej siła F wykorzystywana jest do modyfikowania trajektorii ruchu
cząsteczki. Problem ten bardziej szczegółowo omówiony jest w dalszej części.
Z kolei iloczyn siły i odległości między cząsteczkami definiuje funkcję wirialną, w
w(r) = -r �" F(r), (9)
Wykorzystujemy ją do obliczenia ciśnienia gazu rzeczywistego. Ciśnienie to opisuje wzór
p = cRT + W /V , (10)
9
We wzorze tym c jest stężeniem cząsteczek wyrażonym w molach/m3, V  objętością boksu
symulacyjnego, oznacza wartość średnią z W po wszystkich konfiguracjach, gdzie
N N
1
W =- (11)
( )
""w rij ,
3
i=1 j>i
natomiast N jest liczbą cząsteczek użytych w symulacji. Zauważmy, że pierwszy człon
równania (10) opisuje ciśnienie gazu doskonałego, natomiast drugi człon wyraża udział
oddziaływań międzycząsteczkowych.
10
PODSTAWY METOD SYMULACYJNYCH
Termodynamikę dzieli się ze względu na zakres i metodologię na termodynamikę
fenomenologiczną i statystyczną. Termodynamika fenomenologiczna zajmuje się
makroskopowymi właściwościami badanego układu. Natomiast w termodynamice
statystycznej przyjmuje się, że stany makroskopowe układu wynikają z jego budowy
mikroskopowej tzn. z właściwości cząsteczek tworzących układ. Tak więc zadaniem
termodynamiki statystycznej jest wyrażenie wielkości makroskopowych za pomocą
parametrów molekularnych. W kursie chemii fizycznej mamy pewne elementy
termodynamiki statystycznej. Przykładowo ciśnienie gazu wiążemy z prędkością cząsteczek,
ich objętością i oddziaływaniami międzycząsteczkowymi.
Są zagadnienia, które zostały rozwiązane na gruncie termodynamiki statystycznej
w sposób dokładny. Przykładem może tu być model gazu doskonałego, którego właściwości
opisuje równanie Clapeyrona lub model kryształu monoatomowego opisanego równaniem
Einsteina. Najwięcej kłopotów przysparza teoretyczny opis właściwości fazy ciekłej. Tu
często konieczne jest stosowanie różnych przybliżeń. Z kolei ograniczone możliwości teorii
narzucają konieczność budowania odpowiednio uproszczonego modelu. Bardzo ważną rolę w
badaniach cieczy spełniają metody symulacyjne. Metody te pozwalają w sposób dokładny
rozwiązać te problemy, które teoria rozwiązuje w sposób przybliżony. Są więc ważnym i
nowoczesnym narzędziem termodynamiki statystycznej. Istnieją dwie podstawowe grupy
metod symulacyjnych:
" deterministyczne
" stochastyczne
W metodach deterministycznych modeluje się ruch cząsteczek, stąd noszą one nazwę metod
dynamiki molekularnej. Ruch przeważnie opisuje równanie Newtona. Zderzenia podlegają
prawom mechaniki klasycznej. Interesującą nas wielkość średnią A układu uzyskujemy
całkując wielkość A(t) po czasie:
t
1
A = A(�)d � (12)
+"
t - t0 t0
11
W metodach stochastycznych ograniczamy się do modelowania konfiguracji układu. Nie ma
tu ruchu cząsteczek, a jedynie przejścia od jednej konfiguracji do drugiej. Wartość średnią
obliczamy z wzoru:
A(r1,r2,r3,...,rN )exp[- u(r1,r2,r3,...,rN )/ kT]dr1 dr2 dr3...,rN
+"
&!
< A >= , (13)
exp[- u(r1,r2,r3,...,rN )/ kT]dr1 dr2 dr3...,rN
+"
&!
który wynika z rozkładu Boltzmanna. We wzorze tym u jest energią układu znajdującego się
w konfiguracji określonej przez wektory położenia r1, r2, r3 ...rN (1) wszystkich N cząsteczek,
natomiast &! to przestrzeń konfiguracyjna, po której przeprowadza się całkowanie.
Konfigurację określoną poprzez r1, r2, r3 ...rN często oznacza się symbolem �. Przykładem
metody stochastycznej jest symulacja Monte Carlo.
Metody symulacyjne pozwalają oceniać zarówno słuszność założonego modelu mikro-
świata poprzez konfrontację wyników uzyskanych z symulacji i doświadczenia jak również
zweryfikować teorię przez porównanie wyników teoretycznych z symulacyjnymi
odnoszących się do tego samego modelu. Do tego należy dodać jeszcze inne ważne aspekty
badań symulacyjnych. Są one często znacznie tańsze od odpowiednich badań
doświadczalnych. Przeprowadzać je można w warunkach trudno dostępnych dla
eksperymentu (np. wysokie ciśnienie czy wysoka temperatura). Pozwalają nie tylko określić
makroskopowe właściwości układu, ale dają wgląd w jego strukturę na poziomie
molekularnym.
(1)
Wytłuszczoną literą oznaczać będziemy wektor.
12
Dynamika molekularna
Pojęcie dynamiki molekularnej odnosi się do symulacji, w których trajektorie
cząsteczek uzyskuje się poprzez numeryczne rozwiązanie równań ruchu (np. równanie
Newtona). Pierwsze tego typu symulacje przeprowadzili Alder i Wainwright w drugiej
połowie lat pięćdziesiątych. W kolejnych latach metoda ta była udoskonalana i obecnie
uważana jest za zdecydowanie lepszą od metody Monte Carlo.
Symulacje przeprowadza się w tzw. boksie lub pudle symulacyjnym. W najprostszym
przypadku jest to sześcian o długości krawędzi L. Umieszcza się w nim N cząsteczek. Ich
liczba nie powinna być mniejsza od ok. 100. Ogólne równanie ruchu opisuje wzór
Lagrange a. My skorzystamy z drugiej zasadę dynamiki Newtona, którą dla dowolnej, i-tej
cząsteczki można zapisać:
miai = Fi , (14)
gdzie m jest masą cząsteczki, a - przyspieszeniem, F - wypadkową siłą działającą na nią.
Przyspieszenie a definiuje się jako drugą pochodną położenia r po czasie t,
d2 ri
ai = (15)
d t2
A
ącząc wzory (14) i (15) dostajemy równanie ruchu, które jest równaniem różniczkowym
drugiego rzędu
d2 ri
mi = Fi (16)
dt2
Jeżeli założymy, że siła F jest stała i przyjmiemy następujące warunki początkowe: dla t=0,
r=r0 oraz v=v0, wówczas po wykonaniu całkowania otrzymujemy wzory na prędkość v
i położenie r w chwili t:
Ft
v = v0 + (17)
m
13
Ft2
r = r0 + v0t + (18)
2m
Wzory te można stosować np. do opisu ruchu elektronu lub jonu w stałym, jednorodnym polu
elektrycznym.
Jeżeli znana jest analityczna postać energii potencjalnej Vij oddziaływań
międzycząsteczkowych, wówczas siłę działającą na i-tą cząsteczkę obliczamy ze wzoru (5).
W notacji wektorowej wzór ten ma postać:
Fi = -"iVij (19)
gdzie " jest operatorem gradientu. Tak więc, jeżeli znane są chwilowe położenia wszystkich
cząsteczek w boksie symulacyjnym, obliczenie wypadkowej siły działającej na każdą z nich
nie powinno przysparzać kłopotów. Jednak cząsteczki w boksie symulacyjnym są w ciągłym
ruchu. Oznacza to, że wypadkowa siła działająca na każdą cząsteczkę zmienia się w czasie
trwania symulacji. W takiej sytuacji rozwiązanie równania (16) wymaga zastosowania metod
numerycznych. Do rozwiązania równania różniczkowego zwyczajnego, jakim jest równanie
(16), stosuje się metodę małych, skończonych przedziałów czasu "t zwanych też krokami
czasowymi. Wychodzi się ze znanych wartości położenia, prędkości i przyspieszenia w chwili
t i oblicza nowe wartości dla czasu t+ "t. Można to zrealizować w następujący sposób.
Położenie cząsteczki jest funkcją czasu, r=f(t). Dla małego kroku czasowego, jakim z
założenia jest "t, można r(t) rozwinąć w szereg Taylora względem czasu. Rozpatrujemy
położenie cząsteczki w chwili następnej t+ "t i poprzedniej t- "t
dr 1 d2 r
2
r(t + "t)= r(t)+ "t + ("t)
dt 2 dt2
(20)
1
2
= r(t)+ v "t + a ("t)
2
1
2
r(t - "t)= r(t)- v "t + a ("t) (21)
2
Pierwsza i druga pochodna wektora położenia względem czasu zastąpione zostały tu
odpowiednio przez prędkość
14
dr
v = (22)
dt
oraz przyspieszenie (wzór (15)). Dodając równania (20) i (21) stronami otrzymujemy
wyrażenie:
2
r(t + "t)+ r(t - "t)= 2 r(t)+ a ("t) , (23)
które po przekształceniu daje wzór na nowe położenie cząsteczki,
2
r(t + "t)= 2 r(t)- r(t - "t)+ a ("t) (24)
Powyższy wzór stanowi podstawę popularnego algorytmu zaproponowanego przez Verleta,
nazywanego też metodą Verleta. Należy zauważyć, że zgodnie z równaniem (24) do
wyznaczenia nowego położenia cząsteczki należy znać nie tylko jej bieżące położenie, ale też
i poprzednie. Przyspieszenie a oblicza się z powiązania wzorów (14) i (19). W równaniu (24)
nie występuje prędkość v. Oznacza to, że do wyznaczenia trajektorii ruchu cząsteczki
wielkość ta nie jest wymagana. Jeżeli jednak chcemy obliczyć temperaturę T z energii
kinetycznej, musimy znać średnią kwadratową prędkość cząsteczki , gdyż
n m < v2 >
kT = (25)
2 2
gdzie n jest tu liczbą stopni swobody. Dla ruchów translacyjnych n=3. Wzór na prędkość w
chwili t otrzymujemy odejmując stronami równania (20) i (21). Mamy wówczas:
r(t + "t)- r(t - "t)
v(t) = (26)
2 "t
Zauważmy, że do obliczenia prędkości w chwili t musimy znać położenie cząsteczki w chwili
t+"t. Tak więc prędkość obliczana jest z opóz
nieniem wynoszącym "t względem położenia.
Inny popularny algorytm nosi nazwę metody przeskokowej (ang. leap-frog). Nowa
prędkość i nowe położenie obliczane są tu ze wzorów:
v(t + "t 2)= v(t - "t 2)+ a(t)"t (27)
15
 r(t + "t)= r(t)+ v(t + "t 2)"t (28)
Nie trudno zauważyć, że równania te wynikają ze wzoru
y(x + "x)- y(x - "x)
y'(x)= (29)
2"x
służącego do numerycznego obliczania pochodnej funkcji y w punkcie x.
W metodzie leap-frog nowa prędkość cząsteczki opóz
niona jest w stosunku do
położenia o "t/2. Dlatego, jeżeli musimy znać prędkość w chwili t (np. obliczając energię
kinetyczną i potencjalną dokładnie w czasie t), aproksymuje się ją obliczając średnią
arytmetycznej z v(t+"t/2) i v(t-"t/2).
Metoda leap-frog jest matematycznie równoważna metodzie Verleta. Dlatego zalicza
się ją do grupy metod Verleta. Daje jednak bardziej precyzyjne wyniki od metody opisanej
wcześniej. Z tego powodu jest numerycznie bardziej stabilna. Dlatego też została użyta
w ćwiczeniach opartych na dynamice molekularnej.
Symulację zaczyna się od nadania cząsteczkom początkowych położeń oraz prędkości.
Położenia początkowe tworzone mogą być w dowolny sposób, gdyż i tak po pewnym czasie
układ dojdzie do konfiguracji najbardziej korzystnych energetycznie. Wyjątek stanowią
sztywne kule. Tu należy uważać, aby w konfiguracji początkowej odległość między dwiema
dowolnymi kulami nie była mniejsza od sumy ich promieni. Przeważnie konfiguracja
początkowa ma bardzo regularną strukturę przypominającą sieć krystalograficzną. Inaczej
przedstawia się sytuacja z prędkościami początkowymi. Zgodnie ze wzorem (25) średnia
kwadratowa prędkość cząsteczki ma bezpośredni związek z temperaturą T. Tak więc
prędkości początkowe muszą mieć takie wartości, aby średnia z ich kwadratów dała zadaną
temperaturę początkową Poza tym wypadkowa prędkość (pęd w układzie
wieloskładnikowym) musi być równa zeru:
N
= 0 (30)
"vi
i=1
Początkowe prędkości cząsteczek można wybierać losowo z jednorodnego przedziału od  v0
do +v0 zgodnie ze wzorem
vx = 2v0(� - 0,5) (31)
16
gdzie � jest liczbą losową rzeczywistą z przedziału (0,1>. W analogiczny sposób uzyskuje się
2
pozostałe składowe wektora prędkości początkowej. Średnia kwadratowa prędkość vx z
jednorodnego rozkładu prędkości vx od  v0 do +v0wynosi:
2 2
vx = v0 3 (32)
Podstawiając ją do wzoru (25) i pamiętając, że rozważamy tylko jeden stopień swobody,
otrzymujemy:
3kT
v0 = (33)
m
Znając v0 można teraz obliczyć prędkości początkowe ze wzoru (31). Uzyskane wyniki należy
jeszcze tak skorygować, aby spełniały warunek (30).
Inna popularna metoda polega na obliczeniu prędkości początkowych z rozkładu
Gaussa. Jednak żadna z tych metod nie daje rzeczywistego rozkładu prędkości cząsteczek
opisanego równaniem Maxwella. Nie stanowi to jednak żadnego problemu, bo rozkład
Maxwella uzyskuje się po krótkim czasie od chwili rozpoczęcia symulacji.
Jeżeli będziemy monitorować temperaturę w czasie trwania symulacji, to
zaobserwujemy, że początkowo ona rośnie, póz
niej utrzymuje się na pewnym stałym
poziomie wykazując jednak cały czas fluktuacje. W związku z tym nie można mówić
o konkretnej temperaturze T układu, ale o temperaturze średniej . Efekt początkowego
wzrostu temperatury tłumaczy się następująco. Energia całkowita układu, czyli suma jego
energii kinetycznej i potencjalnej, jest stała, gdyż jest to układ zamknięty. W pierwszym
etapie symulacji burzona jest sztucznie zadana konfiguracja początkowa. Układ stopniowo
dochodzi do konfiguracji energetycznie najbardziej korzystnych, czemu towarzyszy obniżanie
energii potencjalnej. A wobec warunku, że całkowita energia jest stała, musi rosnąć energia
kinetyczna, a z nią temperatura. Dodajmy jeszcze, że taki układ, w którym liczba cząsteczek,
objętość i energia całkowita są stałe (N,V,U=const) nazywamy zespołem mikrokanonicznym.
Są też proste metody pozwalające przeprowadzać symulację metodą dynamiki molekularnej
przy ściśle zadanej temperaturze. Polega one na takim korygowaniu na każdym etapie
symulacji prędkości cząsteczek, aby obliczona z nich energia kinetyczna odpowiadała zadanej
temperaturze.
17
Na obecnym etapie rozważań może pojawić się wątpliwość, czy kilkaset lub nawet
kilka tysięcy cząsteczek zamkniętych w pudle symulacyjnym może należycie reprezentować
badany układ, np. ciecz. Wydaje się, że liczba ta jest wystarczająco duża, by poprawnie
uchwycić efekty korelacyjne bliskiego zasięgu, z opisem których teoria ma największe
kłopoty. Natomiast problem stanowi sam fakt zamknięcia cząsteczek w pudle. Jego ściany
będą modyfikować trajektorię ruchu cząsteczek, a cząsteczki znajdujące się przy ścianie będą
asymetrycznie oddziaływać ze swoim otoczeniem, czego nie ma w fazie objętościowej.
Mówiąc krótko pojawią się niepożądane efekty powierzchniowe. Likwiduje się je
wprowadzając tzw. periodyczne warunki brzegowe (ang. periodic boundary conditions).
Polega to na otoczeniu boksu symulacyjnego jego replikami, w których liczba cząsteczek, ich
położenia i ruch są takie same jak w boksie głównym. Dodatkowo ściany są przenikliwe dla
cząsteczek. Rysunek 2 ilustruje ideę periodycznych warunków brzegowych w przestrzeni
dwuwymiarowej. Boks główny wyróżniony jest kolorem szarym. Jeżeli skrajna prawa
cząsteczka wyjdzie z boksu i przejdzie do jego prawej repliki, to równoważna jej cząsteczka
mieszcząca się w lewej replice wniknie do boksu. W ten sposób liczba cząsteczek w boksie
jest stała i nie pojawiają się niepożądane efekty powierzchniowe. Jeżeli początek układu
współrzędnych umieszczony zostanie w środku boksu, a jego osie będą prostopadłe do ścian
boksu, to warunek periodyczności granic realizujemy numerycznie za pomocą następującego
kodu zapisanego w BASIC-u:
Rxi = Rxi  L*CINT(Rxi/L)
Ryi = Ryi  L*CINT(Ryi/L)
Rzi = Rzi  L*CINT(Rzi/L)
gdzie CINT(2) jest funkcją zaokrąglającą liczbę rzeczywistą do najbliższej liczby całkowitej,
natomiast Rxi, Ryi i Rzi to współrzędne i-tej cząsteczki.
Może zaistnieć sytuacja, że cząsteczka znajdzie się w pobliżu ściany boksu tak, jak cząsteczka
wyróżniona na rys 3. Wówczas jej oddziaływania z pozostałymi cząsteczkami znajdującymi
się w boksie wykazywać będą asymetrię. Asymetrię oddziaływań likwidujemy poprzez
(2)
We FORTRANie jest to instrukcja ANINT, w Pascalu  Round.
18
Rys. 2. Ilustracja periodycznych warunków brzegowych w przestrzeni dwuwymiarowej
Rys. 3. Ilustracja konwencji najbliższego obrazu w przestrzeni dwuwymiarowej
uwzględnienie oddziaływań z cząsteczkami w replikach. W tym celu wytycza się wirtualny
nowy boks w taki sposób, aby rozważana cząsteczka znalazła się w jego środku, a jego
rozmiary i liczba zawartych w nim cząsteczek nie uległy zmianie. Ściany takiego boksu
zaznaczone są na rys. 3 linią przerywaną. Opisany zabieg nazywany jest konwencją
najbliższego obrazu (ang. minimum image convention) i w zasadzie jest prostą konsekwencją
przyjęcia periodycznych warunków brzegowych. Konwencję najbliższego obrazu można
zrealizować w BASIC-u w następujący sposób:
Rxij = Rxij  L*CINT(Rxij/L)
Ryij = Ryij  L*CINT(Ryij/L)
Rzij = Rzij  L*CINT(Rzij/L)
19
gdzie Rxij, Ryij i Rzij to współrzędne wektora Rij łączącego cząsteczki i oraz j. Operacja
ta jest jedną z najczęściej wykonywanych czynności w programach symulacyjnych. Ma więc
duży wpływ na czas realizacji programu. Aby ją zoptymalizować, wprowadza się
bezwymiarowe współrzędne skalowane (oparte na długości L boku boksu symulacyjnego).
Wówczas odpowiednie fragmenty programu realizujące periodyczne warunki brzegowe oraz
konwencję najbliższego obrazu redukują się do postaci:
Rxi = Rxi  CINT(Rxi)
Ryi = Ryi  CINT(Ryi)
Rzi = Rzi  CINT(Rzi)
Rxij = Rxij  CINT(Rxij)
Ryij = Ryij  CINT(Ryij)
Rzij = Rzij  CINT(Rzij)
W ten sposób w każdym wierszu giną dwie operacje arytmetyczne. Odległości
międzycząsteczkowe wyrażone w nowych jednostkach można wprost użyć do obliczania
energii potencjalnej lub siły. Należy jednak pamiętać, żeby wynik ostateczny przeliczyć na
właściwe jednostki, np. SI. Takie przeliczenie to tylko jedna operacja mnożenia, a zyskujemy
czas realizacji tysięcy operacji. Periodyczne warunki brzegowe oraz konwencję najbliższego
obrazu wykorzystuje się nie tylko w dynamice molekularnej, ale również w symulacji Monte
Carlo.
20
Symulacja MC w zespole kanonicznym czyli metoda Metropolisa
W zespole kanonicznym stała jest liczba cząsteczek, objętość układu oraz temperatura
(N, V, T = const). Symulacja Monte Carlo w zespole kanonicznym jest najstarszą i najprostszą
metodą symulacją. Opracowana została w pierwszej połowie lat pięćdziesiątych przez zespół
kierowany przez Metropolisa w ramach programu Manhattan. Do utworzenia ciągu
konfiguracji wykorzystywanych do obliczenia wartości średniej stosuje się proces Markowa.
Proces Markowa to ciąg prób dokonania zmiany konfiguracji układu spełniający dwa
warunki:
1) wynik każdej próby zmiany konfiguracji należy do skończonego zbioru konfiguracji { �1,
�2, � 3,..., �M},
2) wynik każdej próby zmiany konfiguracji zależy od konfiguracji, w jakiej układ się
znajduje, a nie od wcześniejszych konfiguracji.
Wychodzi się z dowolnej konfiguracji początkowej �0 i generuje kolejną konfigurację.
Przechodzenie układu z dowolnej konfiguracji �m do następnej �n odbywa się w dwóch
etapach. Najpierw wykonywane jest próbne przejście z �m do �n. Dlatego też �n nazywana
jest konfiguracją próbną. Tworzy się ją w następujący sposób. Ze zbioru N cząsteczek
znajdujących się w boksie symulacyjnym wybierana jest losowo jedna, i-ta cząsteczka
o współrzędnych położenia ( xim, yim, zim ). Następnie generowane są trzy liczby losowe �x, �y,
�z typu rzeczywistego o wartościach mieszczących się w przedziale (0,1> i w oparciu o te
liczby obliczane są nowe współrzędne cząsteczki. Korzysta się ze wzorów:
xin = xim + 2"R (�x -1 2)
yin = yim + 2"R (�y -1 2) (34)
zin = zim + 2"R (�z -1 2)
w których "R jest maksymalną wartością, o jaką można zmienić współrzędne położenia
cząsteczki. Następnie podejmowana jest decyzja o akceptacji lub odrzuceniu konfiguracji
próbnej. Prawdopodobieństwo akceptacji przejścia z �m do �n opisuje wzór:
acc(�m �n )= min{1, exp[- (um - un )/ kT]}(35)
21
Wynika z niego, że jeżeli energia konfiguracji próbnej �n jest niższa od energii konfiguracji
wyjściowej �m , wówczas prawdopodobieństwo akceptacji wynosi 1 i nowa konfiguracja
akceptowana jest bez żadnych zastrzeżeń. Inaczej wygląda sytuacja, gdy energia konfiguracji
próbnej jest wyższa od energii konfiguracji wyjściowej. Wówczas prawdopodobieństwo
akceptacji takiej konfiguracji jest mniejsze od 1 i wynosi exp{-[u(n)-u(m)/kT}. Aby
zaakceptować taką konfigurację, generowana jest liczba losowa � typu rzeczywistego
o wartości z przedziału (0,1>. Jeżeli liczba ta jest mniejsza lub równa prawdopodobieństwu, z
jakim konfiguracja próbna ma być zaakceptowana, wówczas konfiguracja próbna staje się
kolejną konfiguracją układu. W przeciwnym przypadku konfiguracja próbna jest odrzucona.
Procedurę akceptacji konfiguracji próbnej obrazuje następujący diagram:
exp(-"u/kT)
1
Odrzucane
Zawsze
�2
x
akceptowane
Akceptowane
�1
x
"u
Rys. 4. Ilustracja procedury akceptacji/odrzucania konfiguracji próbnej
Na początku symulacji cząsteczki przeważnie umieszczane są w boksie symulacyjnym
w sposób regularny. Ta regularna struktura jest stopniowo burzona w wyniku tworzenia
kolejnych konfiguracji. Z czasem układ osiąga minimum energetyczne. Konfiguracje o
energii zbliżonej do minimum energetycznego nazywamy konfiguracjami
równowagowymi. W oparciu o nie obliczana jest interesująca nas wartość średnia .
Korzysta się ze wzoru na średnią arytmetyczną
M
1
< A >= (36)
"A(� ) ,
i
M
i=1
22
w którym M jest liczbą konfiguracji równowagowych. Liczba ta powinna być odpowiednio
duża, żeby uzyskany wynik obarczony był małym błędem statystycznym. W praktyce jest ona
rzędu od kilku do kilkudziesięciu milionów.
Symulacja Monte Carlo jest bardzo stabilna numerycznie, zdecydowanie bardziej niż
metody dynamiki molekularnej. Daje się łatwo zaprogramować. Istnieją różne odmiany tej
metody. Cząsteczki mogą być umieszczone w węzłach regularnej sieci i losowo zmieniać
swoją orientację lub chaotycznie przemieszczać się po węzłach. Symulacje można
przeprowadzać też w innych zespołach termodynamicznych. Takie techniki opisane są
w kolejnych podrozdziałach.
Symulacja MC w zespole izobaryczno-izotermicznym
Większość badań fizykochemicznych przeprowadza się pod stałym ciśnieniem,
przeważnie atmosferycznym. Natomiast opisana wcześniej metoda Metropolisa zakłada stałą
objętość układu, a nie ciśnienie, co w pewnym stopniu ogranicza jej stosowalność. Dlatego w
1968 roku Wood zaproponował przeprowadzanie symulacji Monte Carlo w zespole
izobaryczno-izotermicznym, w którym ciśnienie, temperatura i liczba cząsteczek są stałe
(p, T, N = const), natomiast zmienia się objętość boksu. Symulacja taka składa się z dwóch
cyklicznie powtarzających się kroków bazowych:
- przemieszczenie cząsteczki
- zmiany objętości boksu
Przemieszczanie cząsteczki odbywa się zgodnie z algorytmem Metropolisa. W trakcie
drugiego kroku wykonywana jest zmiana objętości boksu symulacyjnego o pewną, losową
wartość. Zmiana ta może być dodatnia (ekspansja) lub ujemna (kompresja). Realizowana jest
podobnie jak zmiana współrzędnych położenia cząsteczki:
Vn = Vm + 2"V(� - 0,5) (37)
gdzie Vm i Vn to odpowiednio stara i nowa - próbna objętość boksu, natomiast "V to
maksymalna zmiana objętości. Zmiana objętości boksu generalnie pociąga za sobą
odpowiednie zmiany współrzędnych położenia cząsteczek, odległości międzycząsteczkowych
i wraz z nimi energii układu. Warto jednak zauważyć, że bezwymiarowe współrzędne
23
skalowane (opartych na długości L boku boksu) nie ulegają zmianie przy zmianie objętości
boksu.
Przejście układu od objętości Vm do Vn akceptowane jest z prawdopodobieństwem:
acc(Vm Vn )= min{1,exp[- (un - um )/ kT - p(Vn -Vm )/ kT + N ln(Vn /Vm )]} (38)
gdzie um i un są to energie oddziaływań międzycząsteczkowych w starej i nowej - próbnej
objętości boksu symulacyjnego. Obejmują one oddziaływania pomiędzy wszystkimi
cząsteczkami znajdującymi się w boksie. Stąd czas potrzebny do numerycznego opracowania
tego kroku jest znacznie większy od czasu realizacji kroku przemieszczania cząsteczki.
Dlatego w literaturze sugeruje się, żeby częstotliwość wykonywania pierwszego kroku była N
razy większa niż drugiego, gdzie N to liczba cząsteczek w boksie. Są jednak przypadki, kiedy
realizacja drugiego procesu jest bardzo szybka. Ma to miejsce wówczas, gdy całkowitą
energię układu można wyrazić jako sumę odległości międzycząsteczkowych podniesionych
do odpowiedniej potęgi p:
N N
a
u = (39)
""rijp
i j`"i
W równaniu tym a i p są to stałe charakterystyczne dla danego typu oddziaływań
międzycząsteczkowych. Ze zmianą objętości od Vm do Vn wiąże się zmiana długości boku
boksu od Lm do Ln. Można to wykorzystać do opisania zależności nowej odległości
międzycząsteczkowej rij,n od starej rij,m:
Ln
rij,n = rij,m (40)
Lm
Wykorzystując ją we wzorze (39)
p p p
N N N N
�# ś# �# ś# �# ś#
a a Lm ź# ś# Lm ź# N N a Lm ź#
ś# ś#
un = = = = um (41)
"" "" ""
rijp i j `"i rijp ś# Ln ź# ś# Ln ź# i j `"i rijp ś# Ln ź#
i j `"i
,n ,m �# # �# # ,m �# #
dostajemy prostą zależność un od um. Możemy ją z powodzeniem zastosować, gdy w układzie
występują oddziaływania elektrostatyczne typu jon-jon lub gdy oddziaływania
międzycząsteczkowe opisane są za pomocą potencjały Lennarda-Jonesa. W drugim
24
przypadku musimy jednak oddzielnie rozważać oddziaływania przyciągające i odpychające.
Wzoru (41) nie można stosować do modelu sztywnych kul. Jeśli korzystamy z równania (41),
wówczas sugeruje się, żeby częstotliwość wykonywania każdego z dwóch kroków była taka
sama.
Symulacja MC w wielkim zespole kanonicznym
Do tego czasu rozważaliśmy symulacje, w których liczba cząsteczek w boksie
symulacyjnym była stała (N = const). Są jednak sytuacje, kiedy liczby tej nie można z góry
przewidzieć. Tak jest w przypadku badania adsorpcji w układach heterogenicznych. Nie
możemy tutaj przewidzieć, ile cząsteczek ulegnie adsorpcji. Warto wtedy skorzystać z
symulacji w wielkim zespole kanonicznym. W zespole tym stały jest potencjał chemiczny,
objętość i temperatura (�, V, T = const). W roku 1969 Norman i Filinov po raz pierwszy
przeprowadzili tego typu symulację. Składała się ona z trzech kroków bazowych:
- przemieszczenia cząsteczki
- wprowadzenia nowej cząsteczki do boksu (N N+1)
- usunięcia cząsteczki z boksu (N N-1)
Pierwszy krok przeprowadzamy dokładnie tak samo jak w zespole kanonicznym. W drugim
kroku cząsteczkę wprowadzamy do boksu przypisując jej losowe współrzędne. Proces ten jest
akceptowany z prawdopodobieństwem:
ż# aV u(N +1)- u(N) �#
ń#
acc(N N +1)= min�#1, expĄ#- (42)
ó# Ą#Ź#
N +1 kT
Ł# Ś#
�# �#
gdzie a jest aktywnością. Wyrażamy ją jako iloczyn gęstości liczbowej cząsteczek N [1/m3] i
współczynnika aktywności ł.
a = N �"ł (43)
Jej wartość zadaje się na początku symulacji. Zmiana energii u(N+1) -u(N) jest równa energii
oddziaływania wprowadzonej do boksu cząsteczki z pozostałymi.
Trzeci krok polega na losowym wybraniu jednej cząsteczki i próbie jej usunięcia z
boksu. Prawdopodobieństwo usunięcia wynosi:
25
ż# N u(N -1)- u(N) �#
ń#
acc(N N -1)= min�#1, expĄ#- (44)
ó# Ą#Ź#
aV kT
Ł# Ś#
�# �#
Tym razem zmiana energii u(N-1) -u(N) równa jest ujemnej wartości energii oddziaływania
cząsteczki wybranej do usunięcia z pozostałymi.
Przeprowadzając symulację w wielkim zespole kanonicznym, obliczamy w pierwszej
kolejności średnią liczbę cząsteczek. Może to być np. średnia liczba zaadsorbowanych
cząsteczek. W ten sposób dostajemy informację o wielkości adsorpcji w badanym układzie.
Inne zastosowanie tej metody to obliczanie współczynnika aktywności w układzie
homogenicznym. Zakładamy, że znana jest aktywność a badanego składnika roztworu.
Przeprowadzamy symulację dla tej wartości i jako wynik dostajemy średnią liczbę cząsteczek
oraz ich średnią gęstość liczbową
< N >
N = (45)
V
Współczynnik aktywności obliczamy teraz ze wzoru (43). Gęstość N łatwo jest przeliczyć na
stężenie molowe
N
c = (46)
1000NA
Zauważmy, że metoda ta nie pozwala obliczać wprost współczynnika aktywności dla
interesującego nas stężenia. Wartość stężenie otrzymujemy jako wynik przeprowadzonej
symulacji i generalnie jest ona różna od tej, która nas interesuje. Jest to niewątpliwy
mankament tej metody.
Symulacja MC w zespole Gibbsa
Symulacja w zespole Gibbsa opracowana została przez Panagiotopoulosa w celu
badania równowag fazowych. Jest ona techniką stosunkowo nową, bo pierwsze doniesienia
naukowe pojawiły się pod koniec lat osiemdziesiątych ubiegłego stulecia. Wcześniej do
określenia gęstości cieczy będącej w równowadze z gazem stosowano metodę zerowego
ciśnienia. Przeprowadzano symulację w zespole izotermiczno-izobarycznym wychodząc
26
z układu o gęstości zdecydowanie wyższej od oczekiwanej i zadając zerowe ciśnienie układu.
Od momentu rozpoczęcia symulacji gęstość zaczyna szybko opadać aż do osiągnięcia
gęstości równowagowej (patrz rys. 5). Na tym poziomie pozostaje przez pewien czas. Czas
ten można wykorzystać do obliczenia wartości średniej gęstości. Na rys. 5 widzimy duże
fluktuacje gęstości. Jedna z nich może być na tyle duża, że spowoduje przejście układu w gaz.
1.2
1.0
0.8
0.6
0.4
0.2
0.0
0 1e+5 2e+5 3e+5 4e+5 5e+5
Liczba konfiguracji
Rys. 5. Gęstość układu w symulacji przy zerowym ciśnieniu
Symulacja przy zerowym ciśnieniu daje poprawne wyniki dla temperatur
zdecydowanie niższych od temperatury krytycznej. Przy wyższych temperaturach wyniki
gęstości są zaniżone. Natomiast w pobliżu temperatury krytycznej metoda zupełnie się nie
sprawdza. Mankamentów tych nie posiada symulacja w zespole Gibbsa. Tu rozważa się dwa
boksy symulacyjne o objętościach V1 i V2, zawierające odpowiednio N1 i N2 cząsteczek.
Symulacja składa się z trzech losowo wybieranych kroków bazowych:
- przemieszczenia cząsteczki
- zmiany objętości boksów
- przeniesienia cząsteczki z jednego boksu do drugiego
Przemieszczenie cząsteczki odbywa się w przestrzeni boksu, w którym cząsteczka się
znajduje. Boks i cząsteczka w nim znajdująca się wybierane są losowo. Przemieszczenie
cząsteczki oraz akceptację nowej konfiguracji wykonuje się dokładnie tak samo jak w zespole
kanonicznym. Obowiązują więc tu równania (34) i (35).
27
-3
d
/ g cm
Zmiana objętości jednego boksu pociąga za sobą taką zmianę objętości drugiego, tak
aby ich sumaryczna objętość V była stała:
V = V1m +V2m = V1n +V2n . (47)
Indeksy m i n oznaczają odpowiednio starą i nową - próbną objętość. Zmiana objętości
losowo wybranego boksu wykonywana jest zgodnie z równaniem (37). Prawdopodobieństwo
akceptacji nowych objętości boksów obliczane jest ze wzoru:
N1 N2
ż# �#
�# ś# �# ś#
V1n V2n
ś# ź# ś# ź#
acc(m n)= min�#1, exp[-(un - um ) kT]�# . (48)
�# Ź#
m m
ś#V ź# ś#V ź#
�# �# 1 # �# 2 # �#
�# �#
Należy zauważyć, że w powyższym wzorze energie um i un stanowią sumę energii obydwu
boksów odpowiednio przed i po próbie zmiany ich objętości. Jeżeli matematyczna forma
oddziaływań międzycząsteczkowych pozwala, można skorzystać z uproszczenia, jakie daje
wzór (41).
Trzeci krok polega na usunięciu z jednego boksu losowo wybranej cząsteczki i
wprowadzeniu jej do drugiego boksu. Realizuje się to podobnie jak drugi i trzeci krok w
symulacji w wielkim zespole kanonicznym. Prawdopodobieństwo akceptacji przeniesienia
cząsteczki podaje wzór:
ż#
N1V2
acc(m n)= min�#1, exp[-(un - um ) kT]�# . (49)
Ź#
N2V1
�# �#
Energie um i un wyrażają sumę energii obydwu boksów odpowiednio przed i po próbie
przeniesienia cząsteczki pomiędzy boksami.
Rysunek 6 przedstawia, jak gęstość substancji zmienia się w każdym z boksów w
czasie trwania symulacji. Parametry symulacji zostały dobrane tak, aby na początku gęstości
w obydwu boksach były jednakowe. Stan ten trwa przez ok. 600 000 pierwszych konfiguracji.
Na tym etapie jeszcze nie wiadomo, w którym boksie będzie gaz, a w którym ciecz. Dopiero
odpowiednio duża fluktuacja gęstości prowadzi do rozpoczęcia procesu różnicowania
boksów.
28
0.8
0.6
0.4
0.2
0.0
0 1e+6 2e+6 3e+6 4e+6 5e+6
Liczba konfiguracji
Rys. 6. Gęstości układów w trakcie symulacji w zespole Gibbsa
Symulacja w zespole Gibbbsa pozwala nie tylko obliczać gęstości fazy ciekłej
i gazowej badanej substancji w zadanej temperaturze, ale również ciśnienie i potencjał
chemiczny. Należy jednak upewnić się, że do obliczania wartości średnich tych wielkości
korzystamy z konfiguracji wygenerowanych po wyraz
nym zróżnicowaniu boksów. Inaczej
wyniki obarczone będą dużym błędem.
Z termodynamiki wiadomo, że dwie fazy tej samej substancji znajdujące się w
równowadze termodynamicznej posiadają takie same ciśnienia jak również potencjały
chemiczne. Te właściwości (lub jedną z nich) można wykorzystać do sprawdzenia
poprawności przeprowadzonej symulacji. Inne uwagi, które należy uwzględnić
przeprowadzając symulację w zespole Gibbsa, zamieszczone są w opisie ćwiczenia
 Równowaga fazowa ciecz-gaz .
Na koniec zauważmy, że z formalnego punku widzenia nie istnieje zespół Gibbsa.
Można udowodnić, że jest on zespołem kanonicznym. Dlatego mówi się też o symulacji
równowagi fazowej bez granicy faz.
29
-3
d
/ g cm
ĆWICZENIA
Do wykonania ćwiczeń 1  6 stosujemy program o nazwie Cwiczenia_1_6.
Zastosowana jest w nim metoda dynamiki molekularnej opartej na algorytmie przeskokowym
(leap-frog) przy stałej temperaturze. Oddziaływania międzycząsteczkowe opisuje potencjał
Lennarda-Jonesa. Po uruchomieniu programu ukazuje się okno:
Rys. 7 Okno aplikacji do ćwiczeń 1  6 po wykonaniu ćwiczenia nr 1
Ćwiczenie zaczynamy od wprowadzenia parametrów układu i symulacji. Pierwsze trzy
parametry (M, r0 i �) charakteryzują badaną substancję (patrz tabela 1). Kolejne: stężenie
i temperatura opisują właściwości układu. Liczba cząsteczek użytych w symulacji jest stała
i zabezpieczona przed zmianą jej wartości. Liczby kroków wstępnych, właściwych oraz czas
30
kroku dobrane są optymalnie z uwzględnieniem możliwości sprzętowych i czasu trwania
zajęć. Zwiększenie liczby kroków wstępnych i właściwych zwiększy dokładność wyników.
Natomiast nie zaleca się zmieniać czasu kroku. Po wprowadzeniu powyższych parametrów
wybieramy numer ćwiczenia i rozpoczynamy symulację naciskając przycisk Licz. Postęp
symulacji pokazują wskaz
niki umieszczone w prawej dolnej części okna. Po zakończeniu
symulacji odpowiednie wyniki pojawiają się w prawej części okna (kolumna  Wyniki
symulacji ). Wyniki te można w standardowy sposób skopiować (Ctrl+C, Ctrl+V) do
otwartego arkusza programu Excel lub innego programu graficznego w celu ewentualnego
póz
niejszego wykonania wykresu. W przypadku ćwiczeń 5 i 6 po uruchomieniu symulacji
pojawi się okienko dialogowe do wprowadzenia nazwy pliku. W pliku tym zapisane zostaną
informacje potrzebne w dalszej części ćwiczenia. Jeżeli musimy powtórzyć symulację (dla
innych wartości parametrów) naciskamy ponownie przycisk Licz. Z kolei przycisk Zakończ
lub piktogram ze znakiem x pozwalają wyjść z programu.
Warto też zauważyć, że w grupie  Wyniki symulacji na pierwszym miejscu mamy
powtórzoną pozycję  Temperatura w K . Wartość, jaka się tam ukarze, nieznacznie różni się
od tej, jaka wprowadzona została w grupie  parametry układu . Różnica bierze się stąd, że
temperatura pokazana w grupie  Wyniki symulacji obliczona jest ze średniej energii
kinetycznej cząsteczek rozważanych w symulacji. A wartość średnia zawsze obarczona jest
pewnym błędem.
31
Ćwiczenie 1  współczynnik ściśliwości gazu
Zagadnienia
Gazy rzeczywiste, oddziaływania międzycząsteczkowe w gazach rzeczywistych, potencjał
Lennarda-Jonesa, współczynnik ściśliwości.
Do opisu właściwości gazów rzeczywistych stosuje się współczynnik ściśliwości Z.
Jest on zdefiniowany wzorem
pVm
Z = (50)
RT
gdzie Vm to objętość molowa gazu (objętością 1 mola), p  jego ciśnienie, T  temperatura,
R  stała gazowa. Wartość współczynnika ściśliwości gazu doskonałego jest równa 1,
natomiast gazu rzeczywistego różni się od jedności i jest mniejsza od jeden, gdy przeważają
przyciągania międzycząsteczkowe oraz większa, gdy dominują odpychania.
W ćwiczeniu wyznaczamy zależność współczynnika ściśliwości Z od ciśnienia p dla
trzech gazów rzeczywistych za pomocą programu Cwiczenia_1_6. Badanymi gazami mogą
być: He, CO2 i Kr lub inne gazy podane przez prowadzącego zajęcia. Potrzebne dane
charakteryzujące te gazy (M, �, r0) znajdują się w tabeli 1.
Zauważ, że w programie Cwiczenia_1_6 nie można z góry zadać ciśnienia.
Odczytujemy je dopiero po zakończeniu symulacji. Dlatego ciśnienie gazu ustalamy  od tyłu
zadając odpowiednie jego stężenie. Proponuje się rozpocząć symulacje od c=1,0 mol/dm3
i zwiększać je o dwie jednostki aż do 21 mol/dm3. Wówczas ciśnienie gazu powinno być
rzędu 600-800 atm. Z uzyskanych wyników sporządz
wykres zależności Z od p. (W
Uzupełnieniu A znajdziesz podstawowe informacje potrzebne do wykonania wykresu za
pomocą programu Excel.) Uwzględnij, że dla p=0, Z=1. Wskaż na wykresie zakresy ciśnień,
w których przeważają przyciągania, a w których odpychania międzycząsteczkowe. Jaką rolę
odgrywają tu parametry � oraz p?
32
Ćwiczenie 2  drugi współczynnik wirialny i temperatura Boyle'a
Zagadnienia
Równania stanu gazu rzeczywistego: wirialne i van der Waalsa, tempreratura Boyle'a, stałe
krytyczne, zmienne zredukowane, zasada stanów odpowiadających sobie.
Jednym z równań stanu gazu rzeczywistego jest równanie wirialne. Znane są dwie
jego postacie. Nas interesuje ta, w której po prawej stronie występuje ciśnienie
pVm = RT(1+ B' p + C' p2 +...) (51)
Parametry B , C , ... nazywamy odpowiednio drugim, trzecim, ... współczynnikiem
wirialnym. Wartości współczynników wirialnych zależą od temperatury.
Jeżeli równanie (51) podzielimy obustronnie przez pVm i skorzystamy ze wzoru (50),
wówczas otrzymamy wyrażenie
Z =1+ B' p + C' p2 +... , (52)
które opisuje zależność współczynnika ściśliwości od ciśnienia. Obliczmy teraz pochodną
z tego wyrażenia względem ciśnienia
d Z
= B'+2C' p +... , (53)
dp
Zauważmy, że gdy ciśnienie dąży do zera, pierwsza pochodna współczynnika ściśliwości
względem ciśnienia równa jest drugiemu współczynnikowi wirialnemu
dZ
= B' gdy p 0 (54)
dp
Istnieje temperatura, w której drugi współczynnik wirialny B' równy jest zero. Jest to tzw.
temperatura Boyle'a, TB. Celem ćwiczenia jest wyznaczenie temperatury TB dla wskazanej
substancji. Aby to zrobić, musimy obliczyć drugi współczynnik wirialny. Obliczymy go
zastępując we wzorze (54) pochodną przez iloraz różnicowy:
33
Z(p)- Z(p = 0) Z(p)-1
B'H" = (55)
p - 0 p
W oparciu o program Ćwiczenia_1_6 wyznaczamy współczynniki ściśliwości Z badanej
substancji w zadanej temperaturze T dla stężenia 2.0 mol/dm3 oraz odpowiadające temu
stężeniu ciśnienie p. Korzystając z równania (55) obliczamy B .
Jeżeli zależność drugiego współczynnika wirialnego od temperatury potraktujemy jak
zwykłą funkcję, wówczas problem wyznaczenia temperatury Boyle a sprowadza się do
znalezienia miejsca zerowego tej funkcji. Do znalezienia miejsca zerowego zastosujemy
numeryczną metodę bisekcji. Nie jest ona szczególnie efektywna, ale za to skuteczna.
W metodzie bisekcji w pierwszej kolejności musimy znalez
ć na osi odciętych takie
dwa punkty a i b, w których wartości funkcji y(a) i y(b) mają znak przeciwny (patrz rys. 8).
Zagwarantuje to, że między punktami a i b znajdzie się co najmniej jedno miejsce zerowe.
Wyznaczamy punkt c, który leży dokładnie po środku między punktami a i b [c=(a+b)/2]
i obliczamy y(c). Jeżeli y(c) ma znak przeciwny do y(a), jak ma to miejsce na rys. 8, wówczas
miejsce zerowe znajduje się między punktami a i c. Natomiast jeżeli znak jest taki sam,
wówczas miejsca zerowego należy szukać między punktami b i c. Teraz nowy przedział,
wewnątrz którego spodziewamy się miejsca zerowego, dzielimy na pół i sprawdzamy,
w którym z nowych przedziałów powinno znajdować się miejsce zerowe. Procedurę
powtarzamy tak długo, aż wartość bezwzględna funkcji w kolejnym n-tym punkcie cn będzie
odpowiednio bliska zeru. Warunek ten zapisujemy: |y(cn)|<�, gdzie � określą żądaną
dokładność obliczeń.
y(b)
y(c1)
c4
a c3
c2 c1
b
x
y(a)
Rys. 8. Idea metody bisekcji.
34
y(x)
Szczegóły algorytmu bisekcji pokazuje poniższy schemat blokowy:
Start
Znajdz
punkty a i b
spełniające warunek
y(a)*y(b) < 0
c := (a+b)/2
Oblicz y(c)
Czy
y(a)*y(c) < 0 ?
NIE
TAK
a := c
b := c
y(a) := y(c)
NIE Czy
|y(c)| < � ?
TAK
Wypisz: c
Stop
Rys. 9. Schemat blokowy algorytmu bisekcji.
35
Temperaturę Boyle'a TB wyznaczamy dla substancji wskazanej przez prowadzącego
zajęcia. Korzystając z programu Ćwiczenia_1_6 dostajemy współczynniki ściśliwości Z oraz
ciśnienie p, które pozwalają obliczyć B z równania (55). Temperaturę TB znajdujemy stosując
metodę bisekcji. Pomocna w tym będzie poniższa tabela:
Nr iteracji T / K Z p / atm B / atm-1
punkt a
punkt b
1
2
3
4
5
6
...
Dla parametru � przyjmujemy wartość 2*10-5. Alternatywnie kończymy obliczenia iteracyjne,
gdy szerokość nowego przedziału temperaturowego jest mniejsza od ok. 2-3 K.
Wartości współczynnika B uzyskane na drodze symulacyjnej mogą być za mało
dokładne, aby dokładnie określić temperaturę Boyle'a. Dlatego proponuje się zwiększyć kilka
razy, o ile warunki sprzętowe i czasowe na to pozwalają, liczby kroków wstępnych
i właściwych. Można też punkty (T,B ) w pobliżu temperatury Boyle'a ekstrapolować linią
prostą za pomocą metody najmniejszych kwadratów (patrz Uzupełnienie A) i przyjąć za TB
punkt przecięcia prostej z osią odciętych.
Alternatywnie do wyznaczenia temperatury Boyle'a można zastosować metodę
gradientową. Jest ona bardziej skuteczna, lecz mniej niezawodna  może czasem dać np.
ujemną temperaturę. W metodzie gradientowej postępujemy zgodnie z następującym
algorytmem iteracyjnym:
36
1. Dla dwóch różnych temperatur T1 i T2 określamy wartości drugiego współczynnika
wirialnego B1' i B2'. Temperatury te powinny znacznie różnić się od siebie i wynosić np.
300 i 400 K.
2. Zakładamy liniową zależność B' od T. Jeżeli przeprowadzimy przez punkty (T1, B1') i (T2,
B2') linię prostą, to przetnie ona oś odciętych (oś temperatury) w punkcie TB
B2 'T1 - B1'T2
TB = (56)
B2'-B1'
gdzie TB jest przybliżoną wartością temperatury Boyle'a. Obliczamy TB ze wzoru (56).
3. Przeprowadzamy symulację dla temperatury TB i obliczmy BB' z równania (55).
4. Jeżeli |BB'|<0,00002, wówczas przyjmujemy, że TB jest szukaną wartością temperatury
Boyle'a. W przeciwnym wypadku wynik udokładniamy. Przypisujemy nowemu punktowi
(T1, B1') współrzędne (TB, BB'), natomiast nowemu punktowi (T2, B2') współrzędne tego
z poprzednich dwóch punktów, który leży bliżej (TB, BB') i przechodzimy do ponownej
realizacji algorytmu od punktu 2.
W ćwiczeniu wyznaczamy TB dla wskazanego gazu. Wyniki każdego cyklu
iteracyjnego zapisujemy w tabeli:
Nr T1 / K B1' / atm-1 T2 / K B2' / atm-1 TB / K BB' / atm-
1
iteracji
1 300 400
2
3
4
5
6
7
8
9
...
37
Wynik końcowy porównujemy z wartością doświadczalną temperatury Boyle a, którą można
znalez
ć w podręcznikach do chemii fizycznej.
38
Ćwiczenie 3 - energia wewnętrzna
Zagadnienia
Klasyfikacja układów termodynamicznych, parametry intensywne i ekstensywne, energia
wewnętrzna, funkcja stanu, pierwsza zasada termodynamiki.
Energia wewnętrzna U układu jest sumą całkowitej energii kinetycznej Ek i
potencjalnej V cząsteczek stanowiących układ. Energia kinetyczna związana jest z ruchami
termicznymi cząsteczek. Są to ruchy translacyjne, rotacyjne i oscylacyjne. Z kolei energia
potencjalna obejmuje wszystkie oddziaływania występujące między cząsteczkami (siły van
der Waalsa) oraz między atomami tworzącymi cząsteczkę (wiązania chemiczne).
Celem ćwiczenia jest wyznaczenie molowej energii wewnętrznej dwóch gazów
szlachetnych np. helu i kryptonu. Obydwa gazy występują w postaci atomowej, dlatego ich
energia kinetyczna związana jest tylko z ruchem translacyjnym cząsteczek, a energia
potencjalna pochodzi od ich wzajemnych oddziaływań. Oddziaływania te opisujemy za
pomocą potencjału Lennarda-Jonesa.
6000
4000
energia kinetyczna
2000
0
energia wewnętrzna
-2000
-4000
-6000
energia potencjalna
-8000
-10000
0 5 10 15 20 25 30
stężenie / mol dm3
Rys. 10. Zależność energii wewnętrznej i jej składowych od temperatury
W pierwszej części ćwiczenia wyznacz, korzystając z programu Ćwiczenia_1_6,
zależność energii wewnętrznej i jej składowych: kinetycznej i potencjalnej od stężenia
w temperaturze T = 298,15 K. Stosuj c = 2,0, 5,0, 10,0 ... mol/dm3 aż przekroczysz minimum
39
-1
energia / J mol
energii potencjalnej (patrz rys. 10), a następnie znajdz
położenie minimum z dokładnością do
0,5 mol/dm3. Wyniki nanieś na oddzielne dla każdego gazu wykresy. Zauważ, że przy c = 0
energia potencjalna wynosi zero, gdyż odległości między cząsteczkami stają się
nieskończenie duże. Z kolei przy zerowej energii potencjalnej energia wewnętrzna równa jest
energii kinetycznej. Uwagi te uwzględnij przy tworzeniu wykresów.
W drugiej części ćwiczenia wyznacz zależność energii wewnętrznej i jej składowych
od temperatury przy stężeniu odpowiadającemu minimum energii wewnętrznej. Stosuj T =
100, 200, ... 500 K lub wartości wskazane przez prowadzącego zajęcia. Nanieś wyniki na
wykresy. Przeanalizuj, jak T, c i � wpływają na energię wewnętrzną i jej składowe.
Zgodnie z zasadą ekwipartycji energii średnią energię kinetyczną 1 mola gazu opisuje
wzór
n
Ek = RT (57)
2
w którym n jest liczbą stopni swobody. Dla gazów szlachetnych, które występują w formie
atomowej, n=3. Korzystając ze wzoru (57) oblicz molową energię kinetyczną gazu
szlachetnego w temperaturach użytych w symulacjach i porównaj z wynikami
symulacyjnymi.
Uwaga
Wyniki badań temperaturowych dla kryptonu zachowaj do następnych zajęć.
40
Ćwiczenie 4  molowa pojemność cieplna w stałej objętości
Zagadnienia
Entalpia, pojemność cieplna w stałej objętości, molowa pojemność cieplna w stałej objętości,
pojemność cieplna pod stałym ciśnieniem, molowa pojemność cieplna pod stałym ciśnieniem,
związek między pojemnościami cieplnymi gazu doskonałego.
W poprzednim ćwiczeniu wyznaczaliśmy zależność molowej energii wewnętrznej Um
od temperatury T. Wyniki te mogą posłużyć do obliczenia molowej pojemności cieplnej w
stałej objętości, CV,m. Korzystamy tu wprost ze wzoru definiującego CV,m:
"Um
�# ś#
CV ,m = (58)
ś# ź#
"T
�# #V
Do wyników Um T dopasowujemy za pomocą regresji liniowej wielomian n-tego stopnia.
Stopień wielomianu dobieramy tak, aby dopasowanie nie tylko było najlepsze, ale żeby było
poprawne od strony fizycznej (np. żeby nie pojawiły się minima czy maksima nie mające
uzasadnienia fizycznego). Następnie obliczamy algebraicznie pochodną wielomianu
względem temperatury, a na koniec wartość pochodnej w interesującej nas temperaturze.
Alternatywnie można też przeprowadzić różniczkowanie numeryczne. Jak wiadomo jednak
wyniki różniczkowania numerycznego obarczone są często znacznym błędem.
W symulacjach komputerowych szereg właściwości termodynamicznych (w tym
pojemność cieplną) można obliczyć z fluktuacji odpowiednich wielkości fizycznych. Przez
fluktuację rozumiemy przypadkowe odchylenia pewnej wielkości fizycznej (np. energii,
gęstości czy temperatury) od jej wartości średniej. Fluktuacje energii wewnętrznej jak i
innych parametrów termodynamicznych przeważnie nie są widoczne na poziomie układu
makroskopowego. Wyjątek stanowi np. układ znajdujący się w pobliżu punktu krytycznego.
Fluktuacje obserwuje się na poziomie molekularnym, a symulacje komputerowe takie jak
dynamika molekularna czy metoda Monte Carlo dotyczą układów złożonych z małej liczby
cząsteczek. Dlatego analiza fluktuacji często jest wykorzystywana w tego typu badaniach.
Nie wnikając w szczegóły, które są tematem termodynamiki statystycznej, pojemność
cieplną można obliczyć z fluktuacji energii U układu
41
2
(U - U )
CV = (59)
2
kT
2
Wyrażenie (U - U ) opisuje fluktuację energii, czyli średnie jej odchylenie od wartości
średniej (symbol .. oznacza wartość średnią). Przy obliczaniu fluktuacji praktycznie jest
korzystać z zależności:
2 2
2
(U - U ) = U - U (60)
W programie, z którego korzystamy w ćwiczeniach 1-6, zastosowana jest technika
dynamiki molekularnej w tzw. zespole kanonicznym. W zespole tym stała jest objętość
układu, liczba cząsteczek i temperatura. Jego odpowiednikiem w termodynamice jest
izochoryczno-izotermiczny układ zamknięty. W zespole kanonicznym fluktuacje energii
kinetycznej i potencjalnej nie są skorelowane. Dlatego fluktuację energii całkowitej można
formalnie rozłożyć na składową kinetyczną i potencjalną:
2 2 2
(U - U ) = (Ek - Ek ) + (V - V ) (61)
Powiedzieliśmy już, iż temperatura w zespole kanonicznym jest stała. Oznacza to, że energia
kinetyczna cząsteczek w trakcie całego procesu symulacyjnego musi też być stała, czyli że nie
mamy fluktuacji energii kinetycznej. Dlatego pojemność cieplną związaną z energią
kinetyczną opiszemy wzorem dla gazu doskonałego
n
id
CV = Nk , (62)
2
We wzorze tym N jest liczbą cząsteczek w zespole, k  stałą Boltzmanna, n  liczbą stopni
swobody cząsteczki. Dla cząsteczki gazu jednoatomowego n wynosi 3. W przypadku
cząsteczki wieloatomowej liczba ta zależy od jej symetrii.
Sumaryczną pojemność cieplną w stałej objętości dla N cząsteczek opisuje wzór:
2
(V - V )
n
CV = + Nk (63)
2
kT 2
a dla 1 mola jego odpowiednik
42
NA (V - V )2 n
CV ,m = + R (64)
2
2
NkT
Z powyższych wzorów wynika, że do wyznaczenia pojemności cieplnej w zespole
kanonicznym niezbędna jest znajomość fluktuacji energii potencjalnej oraz liczby stopni
swobody cząsteczki.
W programie Ćwiczenia_1_6 pojemność cieplna obliczana jest ze wzoru (64) przy
założeniu, że cząsteczki gazu są jednoatomowe (n=3). Korzystając z tego programu oblicz
CV,m kryptonu w tych samych temperaturach i przy tym samym stężeniu co w poprzednim
ćwiczeniu. Zwiększ kilka razy liczby kroków wstępnych i właściwych, o ile warunki
sprzętowe i czasowe na to pozwalają. Wpłynie to korzystnie na dokładność wyników.
Następnie wyznacz pojemność cieplną z zależności energii wewnętrznej od temperatury
stosując metodę regresji liniowej oraz algebraicznego obliczania pochodnej uzyskanego
wielomian zgodnie z wcześniejszym opisem. Wyniki nanieś na wykres zależności CV,m od T.
43
Funkcja autokorelacji
W kolejnych trzech ćwiczeniach zajmiemy się właściwościami transportowymi
materii. Do ich wyznaczania skorzystamy z funkcji autokorelacji. Dlatego najpierw
wyjaśnimy sobie to pojęcie. W teorii prawdopodobieństwa i w statystyce korelacja oznacza
liniową współzależność zmiennych losowych np. A i B. Wyjaśnijmy to na przykładzie.
Załóżmy, że interesuje nas problem, czy istnieje wpływ wartości energetycznej śniadania na
wzrost dzieci wśród równolatków mieszkających w miejscowości X. Jest to przykładowe
pytanie o istnienie korelacji. Zmienną losową A jest tu wzrost określonej grupy dzieci, a
wartość energetyczna posiłku jest zmienną B. Jednym z mierników istnienia zależności
między zmiennymi losowymi jest współczynnik korelacji cAB,
(A - A )(B - B )
cAB = (65)
2 2
( A2 - A )( B2 - B )
2
(przypomnijmy, że A oznacza wartość średnią z A, A2 - średnią z A2, natomiast A to
średnia A podniesiona do kwadratu). Wartości współczynnika korelacji mieszczą się w
przedziale od  1 do 1. Jeżeli cAB = ą1, wówczas mamy maksymalną korelację między
zmiennymi A i B, natomiast gdy cAB = 0, zmienne A i B są nieskorelowane.
Rozpatrzmy teraz inny przypadek. Załóżmy, że mamy pewną grupę
dwudziestolatków. Ich wzrost opisuje zmienna A. Grupę tę ponownie mierzymy po 10 latach.
Otrzymane wyniki nazwiemy B. Interesuje nas teraz odpowiedz
na pytanie, czy istnieje
korelacja między wzrostem w danym momencie i po dziesięciu latach. Jest to pytanie o
istnienie korelacji w czasie. Odpowiedzi udzieli nam współczynnik korelacji cAB, obliczony z
równania (65). Jednak w przypadku badania korelacji w czasie, gdy zmienne A i B opisują tą
samą wielkość mierzoną po czasie t, można zastąpić B przez A(t). Żeby wyraz
nie zaznaczyć,
że stare A dotyczy chwili początkowej, oznaczmy je jako A(0). Wówczas równanie (65)
przyjmuje postać:
44
(A(0)- A(0) )(A(t)- A(t) )
cAA(t) = (66)
2 2
( A2(0) - A(0) )( A2(t) - A(t) )
Zauważmy, że jeżeli wzrost każdego z członków badanej grupy nie zmienił się w ciągu 10 lat,
czyli że A(0) = A(t), wówczas cAA(t) = 1. A
atwo można to sprawdzić korzystając z zależności:
2 2
(A - A ) = A2 - A (67)
Dodajmy jeszcze, że licznik równania (66) nazywamy nieznormalizowaną funkcją
korelacji,
CAA(t)= (A(t)- A(t) )(A(0)- A(0) ) (68)
Zauważmy, że
(A(t)- A(t) )(A(0)- A(0) ) =
A(t)A(0)- A(t) A(0) - A(t) A(0)+ A(t) A(0) =
(69)
A(t)A(0) - A(t) A(0) - A(t) A(0) + A(t) A(0) =
A(t)A(0) - A(t) A(0)
gdyż A = A . A ponieważ w rozpatrywanych dalej przypadkach
A(t) = A(0) = 0 (70)
mamy
CAA(t) = A(t)A(0) (71)
Własności transportowe można obliczyć z zależności Greena-Kubo
"
d A(t) d A(0)dt
ł = (72)
+"
0
d t d t
45
gdzie A tym razem jest pewną wielkością mechaniczną, będącą funkcją położenia i prędkości
cząsteczki, natomiast ł jest interesującą nas własnością transportową. Zauważmy, że
wyrażenie podcałkowe jest nieznormalizowaną czasowo-zależną funkcją korelacji. Funkcję tę
należy scałkować względem czasu w przedziale od zera do nieskończoności. Praktycznie
górną granicę całkowania określa wartość zmiennej czasowej, przy której korelacja jest równa
zero. Całkowanie przeprowadzamy numerycznie metodą Simpsona lub trapezów.
Jeżeli chcemy obliczyć współczynnik dyfuzji D z równania (72), przyjmujemy, że A to
wektor ri położenia i-tej cząsteczki. Jego pochodna względem czasu to prędkość vi cząsteczki.
Wówczas w przestrzeni trójwymiarowej współczynnik dyfuzji obliczamy ze wzoru
"
1
D = vi(t)�" vi(0) dt (73)
3
+"
0
Wzór ten mówi, że współczynnik dyfuzji obliczamy niezależnie dla każdej spośród N
cząsteczek znajdujących się w boksie symulacyjnym. Jednak jeżeli cząsteczki są takie same,
można wszystkie funkcje korelacji zsumować, a wynik podzielić przez N. Wówczas
całkowanie przeprowadzamy tylko jeden raz.
46
Ćwiczenie 5  współczynnik dyfuzji
Zagadnienia
Definicja strumienia materii J, dyfuzja, pierwsze prawo Ficka, współczynnik dyfuzji,
współczynnik dyfuzji gazu doskonałego.
W ćwiczeniu badamy wpływ ciśnienia na współczynnik dyfuzji gazu w dwóch
różnych temperaturach. Wybieramy jeden z gazów, którego parametry zawarte są w tabeli 1.
Po uruchomieniu programu Cwiczenia_1_6, wprowadzeniu niezbędnych danych, wybraniu
opcji Ćwiczenie nr 5 i naciśnięciu przycisku Licz pojawi się typowe okienko dialogowe do
zapisywania wyników. Musimy podać nazwę pliku i wybrać katalog, w którym plik ten
będzie umieszczony. W trakcie symulacji do tego pliku program zapisuje informacje o
składowych wektora prędkości każdej cząsteczki znajdującej się w boksie symulacyjnym
(standardowo mamy ich 256). Dane te zapisywane są dla co dziesiątego kroku
symulacyjnego. Służą one dalej do przeprowadzenia analizy korelacyjnej. Analizę
korelacyjną wykonujemy w oparciu o dane z maksymalnie 500 konfiguracji. Dlatego
parametr Liczba kroków właściwych ustawiamy na 5000, natomiast parametr czas kroku
powinien dla gazów mieć wartość rzędu 0.010-0.050 ps.
Rys. 11. Okno programu Fcor.
47
Do obliczenia korelacji czasowo-zależnej służy program Fcor.exe. Po jego
uruchomieniu (rys. 11), wprowadzeniu czasu kroku (czas ten musi być dziesięć razy większy
niż użyty w symulacji), wybraniu opcji Ćwiczenie nr 5 i naciśnięciu przycisku Licz pojawi
się okienko dialogowe, do którego wprowadzamy nazwę i lokalizację pliku utworzonego
przez program Cwiczenia_1_6. Po zamknięciu tego okienka pojawia się drugie służące do
podania nazwy pliku, w którym umieszczone będą obliczone wartości współczynnika
korelacji (druga kolumna danych w pliku) od czasu (pierwsza kolumna). Z wyników tych
sporządzamy wykres zależności współczynnika korelacji od czasu. Jeżeli przy końcu wykresu
wartość współczynnika korelacji nie zbliży się do zera, symulację należy powtórzyć dla
odpowiednio większego czasu kroku. Jeżeli zbliży się, to wartość współczynnika dyfuzji
obliczoną przez program uznajemy za poprawną.
1.2
1.0
0.8
0.6
0.4
0.2
0.0
0
Czas
Rys. 12. Typowy przebieg funkcji autokorelacji od czasu
Współczynnik dyfuzji obliczamy dla T = 300 i 400 K stosując c zmieniające się od 0.5 do 3.0
co 0,5 mol/dm3. Ciśnienie odpowiadające każdemu stężeniu c odczytujemy z programu
Cwiczenia_1_6. Wyniki dla obydwu temperatur nanosimy na wykres D od p. Odpowiadamy
na pytanie, jak ciśnienie oraz temperatura wpływają na wartość współczynnika dyfuzji.
48
Współczynnik korelacji
Ćwiczenie 6  współczynnik lepkości
Zagadnienia
Strumień pędu, współczynnik lepkości, przepływ newtonowski, współczynnik lepkości gazu
doskonałego, równanie Stokesa-Einsteina.
Jeżeli cząsteczki poruszają się w kierunku x, a pęd przenoszony jest w kierunku y,
wówczas równanie Greena-Kubo na współczynnik lepkości � przyjmuje postać:
"
V
� = pxy(t)pxy(0) dt (74)
+"
0
kBT
gdzie V jest objętością boksu symulacyjnego, natomiast wyraz pxy (element tensora ciśnienia)
jest zdefiniowany wzorem:
N N -1 N
�# ś#
1
ś# ź#
pxy = vy,imi + Fy,ij ź# (75)
"vx,i " "xij
ś#
V
i=1 i=1 j=i+1
�# #
We wzorze tym vx,i jest składową x-ową prędkości i-tej cząsteczki, mi - jej masą, xij 
składową wektora łączącego cząsteczkę i z cząsteczką j, Fy,ij - składową y-ową siły
oddziaływania między tymi cząsteczkami (patrz równanie (5)). Współczynnik lepkości można
wyznaczyć również z elementów pyz i pzy. W ośrodku izotropowym pxy = pyz = pzy, co
wykorzystuje się do poprawienia statystyki wyników, która jest gorsza niż w przypadku
współczynnika dyfuzji. Wyznaczając bowiem współczynnik dyfuzji obliczamy najpierw
korelację wektora prędkości w czasie dla jednej cząsteczki, a następnie wynik ten uśredniamy
po wszystkich cząsteczkach, natomiast przy obliczaniu współczynnika lepkości określamy
korelację w czasie między elementami pxy, które odnoszą się do całego układu
symulacyjnego. Są więc one uśrednione jeszcze przed analizą korelacji.
Jednostką współczynnika lepkości (zwanego lepkością) jest kg�m-1�s-1. Jednak
zwyczajowo lepkość podaje się w puazach (P), przy czym 1 P = 0,1 kg�m-1�s-1.
Lepkość zależy od temperatury. Zależność tę dla gazów podaje wzór Sutherlanda
T1/ 2
� = A , (76)
1+ C /T
49
w którym A jest parametrem, C  stałą charakteryzującą oddziaływania międzycząsteczkowe.
Wzór ten łatwo przekształcić do postaci:
T1/ 2 1 C
= + , (77)
� A AT
która jest wygodna do wyznaczania parametrów A i C za pomocą liniowej metody
najmniejszych kwadratów. Lepkość gazu rośnie z temperaturą.
Z kolei zależność lepkości cieczy od temperatury przedstawia równanie Arrheniusa 
Gutzmanna
Ea
� = Aexp�# ś# , (78)
ś# ź#
RT
�# #
w którym A jest parametrem charakterystycznym dla danej substancji, natomiast Ea to energia
aktywacji. W celu jej wyznaczenia przekształcamy powyższe równanie do postaci:
Ea
ln� = ln A + , (79)
RT
Widzimy teraz, że logarytm naturalny z lepkości jest liniową funkcją odwrotności
temperatury o współczynniku kierunkowym Ea/R. Lepkość cieczy maleje z temperaturą.
Ćwiczenie składa się z dwóch części. W pierwszej obliczamy zależność
współczynnika lepkości argonu od stężenia w temperaturze 220 K. Obliczenia
przeprowadzamy analogicznie jak w ćwiczeniu 5. Przyjmujemy, że stężenie gazu zmienia się
od 5 do 30 co 5 mol/dm3. Czas kroku powinien wynosić 0,001 ps lub mniej. Kreślimy
zależność � od p.
W drugiej części ćwiczenia wyznaczamy zależność lepkości wskazanej substancji od
temperatury. Badanie prowadzimy przy stałym stężeniu substancji, którego wartość jak i
zakres temperatury podaje prowadzący zajęcia. Jeżeli ze wzrostem temperatury obserwujemy
wzrost lepkości, to oznacza, że mamy do czynienia z gazem. Odwrotne zachowanie wskazuje
na ciecz. Wyniki nanosimy odpowiednio na wykres T1/2/� od 1/T lub ln� od 1/T.
Dopasowujemy do nich linię prostą za pomocą metody najmniejszych kwadratów. Z wartości
parametrów prostej obliczamy parametry A i C równania Sutherlanda lub energię aktywacji Ea
i parametr A równania Arrheniusa  Gutzmanna.
50
Ćwiczenie 7  przewodnictwo roztworu elektrolitu
Zagadnienia
Przewodność właściwa, przewodność molowa, prawo Kohlrauscha, elektrolity mocne i słabe,
ruchliwość jonów, efekt relaksacyjny i elektroforetyczny, liczby przenoszenia
W poprzednich dwóch ćwiczeniach wyznaczaliśmy współczynnik dyfuzji i lepkości
prostych gazów i cieczy. Obecnie zajmiemy się elektrolitami. Tu również można badać
dyfuzję i lepkość jonów. Ponieważ jednak jony są nośnikami ładunku elektrycznego,
zajmiemy się kolejną właściwością transportową, jaką jest przewodnictwo elektryczne.
Jeżeli chcemy obliczyć elektryczną przewodność właściwą � za pomocą metod
dynamiki molekularnej, korzystamy z następującej postaci równania Greena-Kubo(3):
"
1
� = jx(t) jx(0) dt (80)
+"
0
kBTV
gdzie
N
jx = evx,i , (81)
"z
i
i=1
zie jest ładunkiem i-tego jonu, vx,i  składową jego prędkości.
Zauważmy, że przewodność elektryczną wyznaczamy w oparciu o jedną składową
wektora prędkości jonu. We wzorze (80) przyjęliśmy składową x-ową. Jeżeli ośrodek jest
izotropowy, to każda składowa powinna dawać taką samą wartość. Wykorzystujemy to do
poprawienia statystyki wyników.
Do opisu przewodnictwa elektrycznego roztworu elektrolitu wprowadzono
przewodność molową zdefiniowaną wzorem:
�
�m = (82)
c
(3)
Patrz: P. W. Atkins,  Chemia fizyczna , PWN (2001), str. 722.
51
gdzie c jest stężeniem elektrolitu wyrażonym w molach na metr sześcienny. Jednostką
przewodności molowej jest S�m2�mol-1. A
ącząc równania (80) i (82) możemy obliczyć
przewodność molową za pomocą metod dynamiki molekularnej.
Wartości jx, jy oraz jz dostarczy nam program Cwiczenie_7.exe. Jego okno pokazuje
rys. 13. Jest ono w zasadzie podobna do okna z poprzednich ćwiczeń. Doszły tu pola edycji
pozwalające wprowadzać wielkości charakteryzujące elektrolit. Są to ładunki i masy molowe
jonów oraz względna przenikalność elektryczna rozpuszczalnika (pole eps rozpuszczalnika).
Rys. 13. Okno programu Cwiczenie_7
W elektrolicie dominującą rolę odgrywają elektrostatyczne oddziaływania między
jonami. Jednak zwłaszcza przy wyższych stężeniach elektrolitu nie można pominąć objętości
własnej jonów oraz wiążących się z nią oddziaływań sterycznych. Międzyatomowe
oddziaływania steryczne dobrze opisuje człon odpowiedzialny za odpychanie w potencjale
Lennarda-Jonesa. Są to  w przeciwieństwie do potencjału sztywnych kul  oddziaływania
miękkie. Takie oddziaływania są najprostsze w użyciu w dynamie molekularnej.
Program Cwiczenie_7 ma dwa ograniczenia. Dotyczą one ładunku oraz potencjału
Lennarda-Jonesa. Przyjęto bowiem, że mamy do czynienia z elektrolitem symetrycznym,
najlepiej typu 1:1. Założono również, że parametry potencjału Lennarda-Jonesa są takie same
dla anionu i kationu. Oznacza to między innymi, że promienie anionów i kationów są równe.
52
Zaleca się też stosować w symulacjach takie wartości parametrów Lennarda-Jonesa, jakie
pojawiają się po uruchomieniu programu Cwiczenie_7.
Podobnie jak w poprzednich ćwiczeniach wartości jx, jy, jz potrzebne do
przeprowadzenia analizy korelacyjnej zapisywane są do pliku. Zapis odbywa się co dziesiąty
krok. Fakt ten uwzględniamy podając parametr czas kroku w programie Fcor służącym i tym
razem do przeprowadzenia analizy korelacyjnej.
W ćwiczeniu obliczamy przewodność molową roztworu mocnego elektrolitu (np.
KCl(4)) w wodzie (�r = 78,5) oraz w acetonie (�r = 20,70) od stężenia elektrolitu (c = 0,01,
0,02, 0,05 0,1 0,2, 0,5 1,0 mol/dm3). Wyniki przedstawiamy w formie wykresu pokazującego
zależność przewodności molowej elektrolitu od pierwiastka kwadratowego ze stężenia.
Zgodnie z prawem Kohlrauscha zależność ta przy niskich stężeniach powinna być
prostoliniowa. Odchylenia występujące przy wyższych stężeniach tłumaczy teoria Debye a-
H�ckla-Onsagera.
Odpowiedz na pytania: Jak względna przenikalność elektryczna rozpuszczalnika
wpływa na przewodność molową elektrolitu? Jak zjawisko to należy tłumaczyć?
(4)
Promienie jonów K+ oraz Cl- wynoszą odpowiednio 138 oraz 181 pm.
53
Ćwiczenie 8  modelowanie przebiegu reakcji chemicznej
Zagadnienia
Podstawowe pojęcia z kinetyki reakcji chemicznych (szybkość reakcji, rzędowość,
cząsteczkowość), następcze reakcje elementarne, etap limitujący, przybliżenie stanu
stacjonarnego.
Modelowanie przebiegu reakcji chemicznej można wykonać za pomocą metody
Monte Carlo. W tym celu poszczególnym rodzajom cząsteczek biorących udział w reakcji
chemicznej przyporządkowujemy litery. Niech  A oznacza cząsteczkę typu A,  B - B, itd.
Naczyniem reakcyjnym jest kratownica (rys. 14). Litery zapisujemy w kratownicy tak, aby
jedna litera zajmowała jedno pole, przy czym mogą pozostać pola puste. Miejsca puste na
kratownicy to nieaktywne cząsteczki rozpuszczalnika. Dozwolony jest dowolny stopień
zapełnienia kratownicy. Jeżeli ponumerujemy wszystkie pola, to położenie dowolnej
cząsteczki możemy jednoznacznie określić podając odpowiedni numer pola. Procent
obsadzenia kratownicy przez poszczególne cząsteczki odpowiada udziałowi procentowemu
tych cząsteczek w naczyniu reakcyjnym. I tak na rys. 14 pokazana jest kratownica
reprezentująca naczynie reakcyjne, w którym znajduje się 20% cząsteczek typu A (bo na
kratownicy dwadzieścia razy mamy  A ), 10% cząsteczek B i 70% cząsteczek
rozpuszczalnika. Ułamek określający stosunek miejsc zajętych przez dany rodzaj cząsteczek
do ogólnej liczby miejsc na kratownicy jest równoważny ułamkowi molowemu tego rodzaju
cząsteczek. W układzie przedstawionym na rys. 6 ułamek molowy cząsteczek A wynosi 0,2,
cząsteczek B - 0,1, natomiast cząsteczek rozpuszczalnika - 0,7. Rysunek 14 posłuży do
omówienia sposobu przeprowadzenia modelowania przebiegu reakcji jednoetapowej:
1
A Ż#k B (83)
Ż#
której stała szybkości wynosi k1. Reakcję przeprowadzamy w następujący sposób.
Generujemy liczbę losową całkowitą z przedziału od 1 do 100. Jeżeli w polu o tym numerze
znajduje się  A , wówczas przyjmujemy, że zachodzi reakcja chemiczna i w kratce tej  A
zamieniamy na  B . Tak będzie w przypadku trafienia w kratkę 2, 6, 8 itd. Natomiast jeśli
54
kratka jest pusta lub zajęta przez  B , wtedy reakcja nie zachodzi. Uważamy, że reakcja
zaszła do końca, gdy wszystkie  A zamienione zostaną na  B .
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10
0 A A B A B
10 B A
20 A A
30 A B B A
40 A A A
50 B A
60 A B A
70 B A B A
80 A A
90 A B A
Rys. 14. Kratownica zawierająca 100 ponumerowanych pól, zapełniona w sposób losowy
cząsteczkami A i B reprezentowanymi odpowiednio przez litery  A i  B .
Każda reakcja przebiega w czasie. Dlatego musimy zdefiniować jednostkę, która będzie
wygodna w naszych obliczeniach. Za taką jednostkę czasu przyjmujemy określoną liczbę
takich samych operacji wykonywanych w trakcie symulacji. W naszym przypadku operacją
taką będzie próba znalezienia na kratownicy  A . Wykonanie NL takich prób definiuje nam
jednostkę czasu. Nazywać ją będziemy jednostką czasu komputerowego i oznaczać symbolem
�. W trakcie jednej jednostki czasu komputerowego wykonywanych będzie więc NL prób
zamiany  A na  B . W dalszej części dowiemy się, jak znalez
ć związek między czasem
komputerowym i czasem rzeczywistym t.
Pozwólmy teraz, aby produkt reakcji (83) reagował dalej, dając związek C:
1 2
A Ż#k B Ż#k
Ż# Ż#C
(84)
55
W naszej kratownicy zaczną pojawiać się litery  C , reprezentujące cząsteczki typu C. Dla
każdego etapu reakcji generujemy odpowiednio N1 i N2 liczb losowych określających
położenie na kratownicy. Najpierw N1 razy szukamy  A i jeżeli znajdziemy, zamieniamy je
na  B . Następnie N2 razy szukamy  B i w przypadku znalezienia zamieniamy je na  C .
Całą tą operację powtarzamy NL razy. Przyjmujemy, że wszystko, co dokonało się w wyniku
tych operacji, zaszło w jednej jednostce czasu komputerowego. Analogiczne operacje
wykonujemy dla kolejnych jednostek czasu. Na koniec zauważmy, że zmieniając N1 lub N2
zmieniamy szybkość odpowiedniego etapu reakcji. Można więc przyjąć, że N1 i N2 są
proporcjonalne do stałych szybkości k1 i k2.
N1 k1
= (85)
N2 k2
Podobnie można przeprowadzić modelowanie reakcji
1
Ż#k
Ż#
3
A B Ż#k
Ż#C
�!k
Ż#Ż#
2
, (86)
w której pierwszy etap jest procesem odwracalnym, natomiast drugi - nieodwracalnym. Teraz
N1 razy szukamy  A i zamieniamy na  B , N2 razy szukamy  B i zamieniamy na  A oraz
N3 razy szukamy  B i zamieniamy na  C . Te trzy operacje powtarzamy NL razy.
Przyjmujemy, że wszystko, co dokonało się w wyniku tych operacji, zaszło w jednej
jednostce czasu komputerowego.
Ćwiczenie składa się z dwóch części: symulacji przebiegu reakcji (86) i znalezieniu
związku między rzeczywistym i komputerowym czasem trwania reakcji. Obie części
ćwiczenia wykonujemy za pomocą programu Cwiczenie_8. Po jego uruchomieniu zobaczymy
okno:
56
Rys 15. Okno programu Cwiczenie_8.
Wszystkie wartości wprowadzane w pierwszej części ćwiczenia muszą być typu
całkowitego. Liczby NA, NB i NC określają ilości cząsteczek typu A, B, C biorących udział w
symulacji, natomiast NT to całkowita liczba cząsteczek (łącznie z cząsteczkami
rozpuszczalnika). Czas reakcji liczony jest w jednostkach czasu komputerowego. NL podaje
liczbę serii prób, jakie wykonywane są w trakcie każdej jednostki czasu komputerowego, a
kolejne trzy liczby: N1, N2 i N3 muszą być proporcjonalne do stałych szybkości k1, k2 i k3.
Liczby te powinny być małe w porównaniu z (NA + NB + NC), gdyż poprawia to statystykę
wyników.
Dane do przeprowadzenia przewidzianych w ćwiczeniu symulacji zamieszczone są w
tabeli 2. Po wprowadzeniu każdej serii danych naciskamy przycisk Zacznij symulację. Pojawi
się okienko do zapisu wyników do pliku. Pamiętajmy, żeby wyniki dla każdej serii obliczeń
zapisać w oddzielnym pliku. Z wyników tych sporządzamy póz
niej wykresy zależności
ułamków molowych substancji A, B i C od czasu trwania procesu, liczonego w jednostkach
czasu komputerowego.
57
Tabela 2.
Seria I
II III IV V
Parametr\
NA 12000 12000 12000 12000 0
NB 0 0 0 0 12000
NC 0 0 0 0 0
NT 30000 30000 15000 30000 30000
CZAS 50 50 50 50 50
NL 500 500 500 500 500
N1 10 10 10 3 5
N2 0 10 10 10 10
N3 5 3 3 10 5
W podobny sposób można również modelować reakcje rozgałęzione o dowolnym
stopniu złożoności. Można też tak dobrać wartości parametrów, aby jednostka czasu
komputerowego pokrywała się z jednostką czasu rzeczywistego. Przeważnie jednak szuka się
korelacji między czasem rzeczywistym a komputerowym. Przeanalizujemy ten problem na
przykładzie jednoetapowej reakcji pierwszego rzędu:
1
A Ż#k B (87)
Ż#
Szybkość tej reakcji opisujemy równaniem:
d[A]
- = k1[A], (88)
dt
które po rozwiązaniu przyjmuje postać:
[A]0
ln = k1t (89)
[A]
przy czym [A]0 jest to początkowe stężenie składnika A, natomiast [A] - stężenie po czasie t.
W metodzie symulacyjnej rozważana jest szybkości zaniku  A na kratownicy.
Szybkość tę definiujemy jako zmianę liczby cząsteczek typu A (dNA) w czasie d�. Szybkość
ta jest proporcjonalna do NA:
58
dNA
- = �NA (90)
d�
gdzie � jest stałą proporcjonalności. Rozwiązanie powyższego równania prowadzi do:
NA,0
ln = �� (91)
NA
Jeżeli przyjmiemy teraz, że reakcja rzeczywista i modelowana zaszły w tym samym stopniu,
czyli
NA,0
[A]0
ln = ln (92)
NA [A]
wówczas mamy
�� = k1t (93)
Tak więc czas rzeczywisty (t) i czas komputerowy (�) wiąże ze sobą prosta proporcja
k1
� = t (94)
�
Do analogicznych wniosków można również dojść dla reakcji wyższych rzędów.
W drugiej części ćwiczenia określamy zależność między czasem komputerowym � i
rzeczywistym t. Do tego celu wykorzystujemy reakcję (84). Dla reakcji tej znamy
rozwiązanie równania kinetycznego(5). Wiemy też, że stężenie produktu pośredniego B osiąga
maksimum w czasie tmax. Ponadto analogiczną reakcję przeprowadziliśmy na drodze
symulacyjnej (seria I). Z wykresu dla serii I odczytujemy �max. Następnie korzystamy z
programu Cwiczenie_8, który w oparciu o rozwiązanie analityczne oblicza i zapisuje do pliku
zależność stężenia A, B i C od czasu dla zadanych parametrów początkowych. Przyjmujemy
[A]0 =0,4 M; k1 =0,1; k2 =0,05 [s-1]. Sporządzamy wykres zależności stężenia A, B i C od
czasu. Z położenia maksimum krzywej dla związku B odczytujemy tmax. Stosunek �max do tmax
daje współczynnik (k1/�) wiążący czas rzeczywisty z komputerowym.
(5)
Patrz: P. W. Atkins,  Chemia fizyczna , PWN (2001), str. 754.
59
Ćwiczenie 9  struktura cieczy
Zagadnienia
P.W.Atkins, rozdział 24.5
W gazach, w szczególności gdy rozważamy tzw. gaz doskonały, panuje zupełny
chaos. Cząsteczki nie posiadają ani uporządkowanego kierunku ruchu, ani
uprzywilejowanego położenia. Ze względu na brak oddziaływań międzycząsteczkowych nie
tworzą się żadne uporządkowane struktury. Odmienna sytuacja ma miejsce w kryształach. Tu
występuje doskonały porządek, położenie każdego atomu jest ściśle określone, atomy mogą
wykazywać jedynie drgania oscylacyjne. Z kolei ciecze wykazują właściwości pośrednie
między gazami i kryształami. Cząsteczki cieczy poruszają się, ale też tworzą uporządkowane
struktury zwane strukturami quasi-krystalicznymi. Istnienie tego typu struktur wykazały
badania rentgenograficzne cieczy. Czas ich trwania jest bardzo krótki; tworzą się one w
jednym miejscu, by za moment rozpaść się i pojawić w innym miejscu. Uporządkowane
struktury tworzą się dzięki oddziaływaniom międzycząsteczkowym. Na strukturę cieczy mają
wpływ nie tylko wzajemne oddziaływania, ale też wielkość i kształt cząsteczek. W
rozważaniach teoretycznych często wprowadza się uproszczenie zakładające, że cząsteczki
mają kształt kul. Model taki ściśle odpowiada jedynie skroplonym gazom szlachetnym. Do
opisu oddziaływań między niepolarnymi cząsteczkami stosuje się potencjał sztywnych kul
(równanie (1)) lub potencjał Lennarda-Jonesa (równanie (2)). W tym ćwiczeniu korzystać
będziemy z potencjału sztywnych kul.
Do opisu struktury cieczy wprowadzona została funkcja rozkładu radialnego, g(r). Jej
pełna definicja jest złożona. Mówi o stosunku prawdopodobieństwa znalezienia dwóch
oddziałujących cząsteczek odległych o r do prawdopodobieństwa znalezienia tychże
cząsteczek, gdy nie oddziałują ze sobą. Dlatego wprowadzimy definicję uproszczoną. Niech
N0 będzie średnią makroskopową gęstością liczbową cząsteczek, daną jako stosunek liczby
cząsteczek N znajdujących się w układzie do jego objętości V,
N
0
N = . (95)
V
60
Wybieramy w układzie jedną cząsteczkę zwaną dalej cząsteczką centralną. Niech N(r) będzie
lokalną gęstością liczbową cząsteczek w punkcie odległym od cząsteczki centralnej o r,
d N(r),
N (r)= (96)
dV
która podaje wartość średnią liczby cząsteczek (a ściślej ich jąder) znajdujących się w
elemencie objętości dV odległym o r od cząsteczki centralnej. Wtedy funkcję rozkładu
radialnego interpretować można jako stosunek lokalnej do makroskopowej gęstości liczbowej
cząsteczek:
N (r).
g(r)= (97)
0
N
W kryształach funkcja g wykazuje oscylacje nawet przy dużych wartościach r.
Posiada wysokie, ostre maksima w pobliżu punktów, gdzie znajdują się atomy. Pomiędzy
pikami g=0. Inaczej sytuacja przedstawia się w cieczach. Poniższy rysunek przedstawia
typowy przebieg radialnej funkcji rozkładu dla cieczy jednoskładnikowej.
6
5
4
g(r) 3
2
1
0
01234
r/d
Rys. 16. Typowy przebieg funkcji rozkładu radialnego dla cząsteczek kulistych
Dla odległości mniejszych od średnicy d atomu funkcja g przyjmuje wartości równe zero. Nie
jest bowiem możliwe, aby dwie cząsteczki zbliżyły się na odległość mniejszą od d. W pobliżu
r=d obserwuje się pierwsze wysokie maksimum. Odpowiada ono wystąpieniu pierwszej sfery
61
koordynacyjnej atomu centralnego. Wysokie i wąskie maksimum świadczy o silnie
porządkującym wpływie atomu centralnego na swoich najbliższych sąsiadów. Następnie
funkcja g przechodzi przez głębokie minimum. Odpowiada ono granicy między pierwszą i
drugą sferą koordynacyjną. Kolejne maksima i minima są coraz mniej wyraz
ne. Dla r"
g=1, co praktycznie oznacza brak wpływu atomu centralnego na atomy odległe.
Z naszych wcześniejszych rozważań znamy wzór na ciśnienie układu, w którym
występują oddziaływania międzycząsteczkowe (równanie (10)). Jeżeli znany jest przebieg
funkcji g, wówczas wzór ten można uprościć do postaci
"
pV N dV (r)
= 1 - r g(r)4Ąr2d r (98)
+"
0
NkT 6VkT d r
Zauważmy, że w przypadku sztywnych kul, gdy rpodcałkowe równe jest zero. Podobnie jest dla r>d, gdzie dV/dr=0. Różna od zera wartość
wyrażenia podcałkowego występuje jedynie przy r=d. Można wykazać (patrz uzupełnienie
B), że:
1 dV (r)
- = � (r - d ) (99)
kT d r
gdzie �(r-d) jest funkcją deltą Diraca w punkcie r=d. Korzystając z równania (99) oraz z
właściwości funkcji delta równanie (98) przyjmuje postać:
3
pV 2Ą Nd g(d )
= 1 + (100)
NkT 3V
Chcąc wyznaczyć ciśnienie p ze wzoru (100), należy znać objętość V, jaką zajmuje N
cząsteczek, ich średnicę d oraz wartość radialnej funkcji rozkładu g(d) w punkcie zetknięcia
się kul (tzw. wartość kontaktowa).
Celem ćwiczenia jest poznanie przebiegu funkcji rozkładu radialnego oraz ciśnienia
dla różnych gęstości liczby cząsteczek. Analityczne rozwiązanie problemu przebiegu funkcji
rozkładu radialnego nawet dla modelu sztywnych kul nie jest zadaniem prostym. Dlatego
oprzemy się na symulacji typu Monte Carlo.
62
W ćwiczeniu przeprowadzimy symulację typu Monte Carlo w celu określenia
przebiegu funkcji rozkładu radialnego dla sztywnych kul znajdujących się w przestrzeni
trójwymiarowej. Do przeprowadzenia symulacji posłuży program Cwiczenie_9. Jego okno
pokazuje rys.17.
Rys 17. Okno programu Cwiczenie_9.
Badamy wpływ gęstości liczbowej N cząsteczek (sztywnych kul) na przebieg funkcji
rozkładu radialnego oraz obliczamy ciśnienie panujące w układzie. Liczba cząsteczek N w
układzie jest stała i wynosi 256. Zmianę gęstości uzyskujemy poprzez zmianę długości boku
sześcianu, w którym przeprowadzana jest symulacja (tzw. boks lub pudło symulacyjne). W
kolejnych symulacjach stosujemy następujące wartości długości boku: 3000; 3300, 3500,
3700, 4000, 4500 pm (mogą ulec zmianie). Wartości pozostałych parametrów, wynoszące:
średnica kuli [pm]: 400,
liczba kul: 256
liczba konfiguracji wstępnych: 2 000 000
liczba konfiguracji właściwych: 5 000 000
są takie same dla wszystkich symulacji. Po wprowadzeniu danych naciskamy przycisk Oblicz
gęstość a następnie Zacznij symulację. Po jej zakończeniu pojawia się okienko Zapis
wyników umożliwiające zapisanie wyników (r i g) do pliku.
63
Sporządzamy wykres zależność g od r dla różnych gęstości liczbowych N (wygodnie
jest używać gęstości zredukowanej N* zdefiniowanej jako N*= Nd3). Na podstawie analizy
przebiegu funkcji rozkładu radialnego odpowiadamy na pytanie, jak gęstość kul wpływa na
strukturę cieczy. Obliczamy ciśnienie i sporządzamy wykres zależności ciśnienia od gęstości
N*. Do obliczenia ciśnienia ze wzoru (100) potrzebna jest wartość kontaktowa funkcji g.
Otrzymujemy ją poprzez ekstrapolację wyników do odległości kontaktowej. Wykonujemy to
następująco: na arkuszu kalkulacyjnym programu Excel mamy wyniki, z których
sporządziliśmy wykres g od r. Odrzucamy wyniki dla r1,7d. Na arkuszu powinno
pozostać 7 punktów. Od kolumny z wartościami r odejmujemy 1. Do pozostałych punktów
dopasowujemy za pomocą regresji liniowej wielomian n-tego stopnia; wyraz wolny tego
wielomianu stanowi wartość g(d).
64
Ćwiczenie 10  struktura i właściwości elektrolitu
Zagadnienia
Potencjał chemiczny (definicja), aktywność i współczynnik aktywności, stan standardowy
rozpuszczalnika i substancji rozpuszczonej, potencjał chemiczny roztworu elektrolitu, średni
współczynnik aktywności, graniczne i rozszerzone prawo Debye'a-H�ckla, siła jonowa.
Teoria Debye'a-H�ckla opisuje strukturę roztworu elektrolitu oraz pozwala obliczyć
wartości średnich współczynników aktywności jonów. Jej zastosowanie jednak jest
ograniczone do niskich stężeń elektrolitu.
Do opisu struktury elektrolitu stosuje się model sferycznej chmury jonowej. Chmura
taka otacza rozważany jon i ma ładunek o znaku przeciwnym do ładunku rozważanego jonu.
Jest to model jakościowy. Obraz ilościowy dają funkcje rozkładu radialnego jonów. Funkcja
rozkładu radialnego zdefiniowana została w poprzednim ćwiczeniu. W roztworze elektrolitu
mamy trzy takie funkcje: g--, g++, i g-+. Opisują one rozkład gęstości odpowiednio między
dwoma anionami, dwoma kationami oraz parą anion-kation. Jeżeli aniony i kationy są tej
samej wielkości, a ich ładunki różnią się tylko znakiem, wówczas mamy g-- = g++. Funkcja g--
lub g++, gdy jony znajdują się blisko siebie, przyjmują wartości mniejsze od 1 z powodu
wzajemnego odpychania jonów. Natomiast funkcja g-+ przy małych wzajemnych
odległościach jest większa od 1 z powodu przyciągania. Oznacza to, że gęstość lokalna
danego typu jonów w pobliżu jonu o tym samym znaku jest mniejsza od gęstości średniej,
natomiast w pobliżu jonu o znaku przeciwnym - większa. Różnica tych gęstości daje chmurę
jonową.
Z poprzedniego ćwiczenia wiemy, że metody symulacyjne pozwalają obliczyć
przebieg funkcji rozkładu radialnego. Obecnie poznamy jedną z prostszych metod obliczania
wartości współczynnika aktywności cząsteczek lub jonów na drodze symulacji
komputerowej. Jest to metoda Widoma.
W 1963 roku Widom zaproponował oryginalny sposób obliczania współczynnika
aktywności, który powszechnie przyjął się w badaniach opartych na symulacji komputerowej.
65
Nie wnikając w szczegóły teoretyczne(6), metoda polega na wprowadzaniu do boksu
symulacyjnego - co określoną liczbę konfiguracji - cząsteczki sondującej oddziaływania
międzycząsteczkowe. Jej położenie wybierane jest losowo. Za każdym razem obliczana jest
energia potencjalna Vp oddziaływania cząsteczki sondującej z pozostałymi cząsteczkami
układu. Następnie cząsteczka sondująca wyjmowana jest z boksu, aby nie zakłócała ruchu
pozostałych cząsteczek podczas generowania nowych konfiguracji. Po zakończeniu procesu
symulacji obliczana jest wartość średnia z wyrażenia exp(-Vp/kT)
M
1
exp(-Vp / kT) = [-Vp(i)/ kT] (101)
"exp
M
i=1
gdzie M jest liczbą wszystkich sondowań. Współczynnik aktywności, zgodnie z metodą
Widoma, obliczamy ze wzoru:
1
ł = (102)
exp(-Vp / kT)
Wzór ten można też przedstawić w postaci logarytmicznej:
lnł = -ln[exp(-Vp / kT) ] (103)
W ćwiczeniu stosujemy symulację Monte Carlo w celu poznania przebiegu funkcji
rozkładu radialnego między jonami tego samego i przeciwnego znaku. Każdy jon
reprezentowany jest przez sztywną kulę o średnicy d z punktowym ładunkiem elektrycznym
ze umieszczonym w jej środku. Jony umieszczone są w ośrodku ciągłym o względnej
przenikalności elektrycznej �r. Obecna symulacja różni się od zastosowanej w poprzednim
ćwiczeniu tym, że mamy teraz układ dwuskładnikowy (aniony i kationy) oraz że obok
sztywnych oddziaływań sferycznych występują oddziaływania elektrostatyczne między
ładunkami jonów (patrz równanie (4)). Dodatkowo w trakcie symulacji użyta jest metoda
Widoma.
Symulację przeprowadzamy za pomocą programu Cwiczenie_10. Okno tego programu
pokazuje rysunek
(6)
Wyprowadzenie wzoru Widoma na współczynnik aktywności wymaga znajomości pojęcia sumy
statystycznej.
66
Rys. 18. Okno programu Cwiczenie_10.
W przeciwieństwie do teorii Debye'a-H�ckla, metody symulacyjne pozwalają
opisywać właściwości elektrolitu w szerokim zakresie stężeń. Dlatego symulacje
przeprowadzimy dla wodnego roztworu soli typu 1:1 o stężeniach: 0,1, 0,3, 0,5, 0,75 1,0 1,5 i
2.0 mol/dm3. Przyjmiemy, że średnice obydwu rodzajów jonów są takie same i wynoszą 425
pm, natomiast temperatura jest 298,15 K. W tej temperaturze względna przenikalność
elektryczna (stała dielektryczna) wody �r wynosi 78,5. W symulacji może wziąć udział
maksymalnie 256 jonów. Generujemy co najmniej 500000 konfiguracji wstępnych oraz
2000000 właściwych. Sondowanie anionem i kationem odbywa się w co 5-tej konfiguracji
właściwej. Liczby tej z poziomu użytkownika programu nie można zmieniać. Po
wprowadzeniu wartości wszystkich parametrów naciskamy przycisk Przygotuj symulację.
Określona zostaje liczba anionów i kationów biorących udział w symulacji oraz ich
konfiguracja początkowa. Jeżeli wartości wszystkich parametrów wprowadzone są
poprawnie, wówczas możemy nacisnąć przycisk Zacznij symulację. Po jej zakończeniu
pojawia się okienko pozwalające zapisać wyniki funkcji rozkładu radialnego do pliku.
Kolejne kolumny w pliku zawierają: r/d, g--, g++, oraz g-+. Wartości współczynników
aktywności wyświetlane są w odpowiednich polach okna programu. W oparciu o uzyskane
wyniki sporządzamy wykresy zależności:
67
a) funkcji rozkładu radialnego (g--, g++ oraz g-+) od odległości dla dwóch wybranych stężeń
elektrolitu (np. 0,1 i 2 mol/dm3);
b) logarytmu naturalnego ze współczynnika aktywności anionu i kationu od pierwiastka
kwadratowego ze stężenia elektrolitu. Korzystając z metody regresji liniowej
przeprowadzamy przez punkty krzywą drugiego lub trzeciego stopnia. Krzywa ta, zgodnie
z definicją stanu standardowego elektrolitów, powinna przechodzić przez początek układu
współrzędnych, gdyż dla c=0, lnł=0. Dlatego w programie graficznym Excel wybieramy
odpowiednią opcję regresji liniowej (na zakładce: Opcje Ustaw przecięcie=0, Prognoza do
tyłu 0,316).
Zauważ, że istnieje analogia między Twoimi wynikami a zależnością współczynnika
ściśliwości gazu rzeczywistego od ciśnienia (patrz ćwiczenie 1). Na tej podstawie zinterpretuj
przebieg zależności lnł=f(c1/2).
68
Ćwiczenie 11  równowaga fazowa ciecz-gaz
Zagadnienia
Pojęcia: faza, diagram fazowy, linia równowagi faz, przemiana fazowa, temperatura
przemiany fazowej, punkt krytyczny, punkt potrójny. Równanie Clapeyrona i jego
zastosowanie do opisu linii równowagi ciało stałe  ciecz oraz ciecz  gaz. Zmiany
właściwości termodynamicznych towarzyszące przejściom fazowym pierwszego rodzaju (wg
klasyfikacji Ehrenfesta).
Temperatury: topnienia, parowania i sublimacji zależą od ciśnienia. Jeżeli zależności
te przedstawimy w układzie współrzędnych ciśnienie  temperatura, to otrzymujemy wykres,
ciało
punkt krytyczny
stałe
AB C
ciecz
gaz
punkt potrójny
temperatura, T
Rys. 19. Diagram fazowy we współrzędnych ciśnienie - temperatura
który nazywamy diagramem fazowym. Na rys. 19 mamy zaznaczone obszary występowania
fazy stałej, ciekłej i gazowej. Linie oddzielające poszczególne fazy to linie równowag
fazowych. Odczytać z nich można wartości ciśnienia i temperatury, przy których dwie fazy są
w stanie równowagi termodynamicznej. Mamy też punkt, w którym trzy fazy są w
69
ciśnienie,
p
równowadze ze sobą. Jest to tzw. punkt potrójny. Z termodynamiki wiemy, że fazy są w
równowadze, gdy ich potencjały chemiczne są równe. Z rys. 19 wynika, że w punkcie
równowagi fazowej również ciśnienia graniczących faz są równe. Inne wielkości
termodynamiczne takie jak objętość, gęstość, entalpia, entropia czy pojemność cieplna
zmieniają się skokowo podczas przemiany fazowej. Takie przemiany nazywamy zgodnie z
klasyfikacją Ehrenfesta przemianami pierwszego rodzaju.
Rozważmy proces izobarycznego ogrzewania próbki pewnej substancji zaznaczony na
rys. 19 linią ABC. W punkcie początkowym A mamy tylko fazę ciekłą. Ze wzrostem
temperatury dochodzimy do punktu B. Tu zaczyna się proces parowania. Dostarczane ciepło
zużywane jest do odparowywania cieczy. Temperatura zatrzymuje się i pozostaje stała tak
długo, aż cała ciecz ulegnie przemianie w gaz. Dalsze ogrzewanie powoduje wzrost
temperatury i prowadzi badaną próbkę do punktu końcowego C. Rozpatrzmy teraz ten sam
proces w układzie współrzędnych temperatura  gęstość. Diagram fazowy w tych
współrzędnych pokazany jest na rys. 20.
C
gaz
B2 B1
ciecz
A
mieszanina cieczy i gazu
w równowadze termodynamicznej
gęstość, d
Rys. 20. Diagram fazowy we współrzędnych temperatura - gęstość
Poniżej krzywej mamy obszar współistnienia w równowadze termodynamicznej cieczy i
gazu. Natomiast powyżej krzywej mamy po lewej stronie gaz, a po prawej ciecz. Warto
70
temperatura,
T
zauważyć, że nie ma między nimi żadnej granicy. Nie możemy więc jednoznacznie
stwierdzić, że mamy do czynienia z gazem lub cieczą.
Powróćmy do rozważanego procesu izobarycznego przejścia z punktu A do C. Gdy
dojdziemy do punktu B1 od strony A, zacznie się proces parowania. W naszej próbce pojawi
się pierwszy maleńki pęcherzyk gazu. Dalsze ogrzewanie zwiększać będzie objętość fazy
gazowej, co da stopniowe zmniejszanie gęstości próbki. W ten sposób dochodzimy do punktu
B2, gdzie zanika ostatnia kropelka fazy ciekłej. W trakcie całego procesu parowania
temperatura jest stała, natomiast zmienia się gęstość od wartości, jaką ma ciecz do wartości
typowych dla gazu. Tak więc punkty B1 i B2 określają gęstości odpowiednio cieczy i gazu
będących w równowadze termodynamicznej w temperaturze przemiany fazowej.
Celem ćwiczenia jest wyznaczenie dla zadanej substancji diagramu fazowego we
współrzędnych temperatura  gęstość oraz określenie jej temperatury krytycznej. Gęstości
fazy ciekłej dc i gazowej dg obliczymy korzystając z symulacji MC w zespole Gibbsa. W tym
celu uruchamiamy program Cwiczenie_11, którego okno wygląda następująco:
Rys. 21. Okno dialogowe programu Cwiczenie_11
Pierwsze trzy parametry charakteryzują badaną substancję. Są to: masa molowa M, odległość
międzycząsteczkowa r0, przy której wartość potencjału Lennarda-Jonesa wynosi zero oraz
głębokość studni potencjału �. Konkretne wartości tych parametrów można znalez
ć w tabeli
1. Temperaturę oraz długości boków boksów symulacyjnych należy podawać zgodnie
z dalszym opisem. Liczby cykli wstępnych i właściwych podane są na rys. 21. Parametry
"Vol i "R, wyrażone w jednostkach bezwymiarowych, opisują maksymalną zmianę
71
odpowiednio objętości boksu i położenia przemieszczanej cząsteczki (patrz równania (37) i
(34)). Parametr NC służy do zadania początkowej liczby cząsteczek w boksie zgodnie ze
wzorem
3
N = 4 �" NC (104)
Parametrom NC1 i NC2 najlepiej przypisać wartości 3 lub 4. Symulację uruchamiamy
przyciskiem Licz, a po jej zakończeniu pojawiają się następujące wyniki: gęstość d i ciśnienie
p układu, średnia liczba cząsteczek w boksie oraz średnia długość boku boksu . Z
wartości gęstości można bez trudu poznać, w którym boksie jest gaz, a w którym ciecz.
Wyniki symulacji zestawiamy w tabeli 3.
Krótkiego komentarza wymagają wartości ciśnień uzyskane z symulacji. Dla danej
temperatury wartości ciśnienia gazu i cieczy są podobne, ale nie równe. Bierze się to stąd, że
ciśnienie obliczane jest ze wzoru (10), który - przypomnijmy - ma postać:
NkT < W >
p = + (105)
V V
Potrzebną średnią wartość wiriału uzyskuje się z symulacji. Jest to dla rozważanych tu
oddziaływań międzycząsteczkowych liczba ujemna. Jej wartość bezwzględna dla gazu jest
zdecydowanie mniejsza od NkT, natomiast dla cieczy porównywalna z NkT. Stąd mały błąd
wartości wyznaczonej dla cieczy daje duży błąd ciśnienia. Daje to obserwowaną różnicę
między ciśnieniem cieczy i gazu. Różnicę tę można zmniejszyć zwiększając czas symulacji.
Tabela 3. Wyniki symulacji w zespole Gibbsa
Badana substancja:
M / g�mol-1 =
r0 / pm =
� / J�mol-1 =
Wyznaczone wartości parametrów krytycznych
Tkr / K =
dkr / g�cm-3 =
72
T / K d1 / g�cm-3 d2 / g�cm-3 p1 / atm p2 / atm / pm / pm
Przeprowadzając symulację w zespole Gibbsa natrafiamy na problem określenia
sumarycznej objętości obydwu boksów. Metoda wymaga, aby po zakończeniu programu
średnia liczba cząsteczek w każdym z boksów była podobna. Nie znając a priori gęstości
cieczy i gazu dla zadanej temperatury, objętości sumarycznej szukać należy na zasadzie prób i
kolejnych przybliżeń. Powoduje to, że wyznaczenie diagramu fazowego za pomocą symulacji
w zespole Gibbsa jest bardzo czasochłonne i praktycznie niemożliwe do zrealizowania w
trakcie jednych zajęć. Dlatego zastosujemy metodę  od tyłu . Odczytujemy z tabeli 1
temperaturę krytyczną Tkr i gęstość krytyczną dkr badanej substancji. Pierwszą symulację
przeprowadzamy dla temperatury o 1-2 K niższej od Tkr. Zakładamy równą objętość obydwu
boksów. Długość boku boksu obliczamy ze wzoru
N1 M
L1 = L2 = 1010 3 (106)
dkr NA
Będzie ona wyrażona w pikometrach (1 pm = 10-12 m), gdy masa molowa podana zostanie w
gramach na mol, a gęstość krytyczna w gramach na centymetr sześcienny. Drugą symulację
przeprowadzamy dla temperatury ok. 4 K niższej od Tkr. W kolejnych symulacjach obniżamy
temperaturę o 10 K. Obniżenie temperatury zwiększa gęstość cieczy i zmniejsza gęstość gazu.
Dlatego obniżając temperaturę należy nieznacznie zmniejszać objętość boksu (poprzez
parametr L), w którym znajduje się ciecz, a wyraz
nie zwiększać objętość boksu z gazem.
Praktycznie należy zmieniać długość boku boksu z gazem o 5-10% przy zmianie temperatury
o 10 K. Prawidłowo przeprowadzone symulacje powinny dać diagram fazowy podobny do
tego, który pokazany jest na rys. 22.
73
320
Tkr = 314 K
300
280
260
240
dkr = 0,33 g/cm3
0.0 0.2 0.4 0.6 0.8
d / g cm-3
Rys. 22. Diagram fazowy uzyskany z symulacji w zespole Gibbsa
Krzywa łącząca punkty uzyskana została poprzez dopasowanie do nich wielomianu 5-tego
stopnia za pomocą metody najmniejszych kwadratów. Współrzędne maksimum tej krzywej
odpowiadają gęstości i temperaturze krytycznej. Położenie maksimum można znalez
ć
numerycznie, gdyż metoda najmniejszych kwadratów daje jawną postać wielomianu.
Wartości parametrów krytycznych można wyznaczyć też graficznie, co pokazane jest na
rys. 22.
74
T
/ K
Ćwiczenie 12 - właściwości magnetyczne substancji
Zagadnienia
Namagnesowanie, objętościowa i molowa podatność magnetyczna, trwały i indukowany
moment magnetyczny cząsteczki, magnesowalność, substancje paramagnetyczne,
diamagnetyczne, ferromagnetyczne i antyferromagnetyczne, temperatura Curie i N�ela,
zmiany właściwości termodynamicznych towarzyszące przejściom fazowym drugiego rodzaju
(wg klasyfikacji Ehrenfesta).
Ćwiczenie składa się z dwóch części. W pierwszej wykonujemy animację symulacji
struktury substancji ferromagnetycznej, paramagnetycznej i antyferromagnetycznej.
Korzystamy z programu MC opracowanego przez Claude Garrod i załączonego do
podręcznika  Statistical Mechanics and Thermodynamics (Oxford University Press, 1994).
Najpierw jednak uruchamiamy program MS Word i otwieramy w nim nowy dokument.
Rozwijamy menu Widok i sprawdzamy, czy zaznaczona jest pozycja Układ strony.
Następnie uruchamiamy program MC. Pojawia się okno tytułowe:
Rys. 23. Okno otwierające program MC
75
Piktogram widoczny w jego lewym górnym rogu informuje, że jest to program napisany pod
system operacyjny DOS. Stąd jego obsługa będzie trochę inna niż programów
funkcjonujących pod systemem Windows. Zaczynamy od naciśnięcia myszką na słowo
Choice lub przyciskamy kombinację klawiszy Alt+C. Rozwinie się menu, z którego
wybieramy opcję Ising 1. Pojawia się okienko dialogowe Ising 1 z polami do wprowadzenia
danych.
Rys. 24. Okienko dialogowe do wprowadzania danych
Pomiędzy polami danych przemieszczamy się za pomocą klawisza Tab lub myszką. Pola
zatytułowane Give lattice width & length pozostawiamy bez zmian. Na polu Give value of
H/kT piszemy 0.1, na polu Give value of V/kT za pierwszym razem wprowadzamy  5, za
drugim 0, a za trzecim +5, natomiast na polu Give number of Monte Carlo moves piszemy
50000. W celu wprowadzenia nowej wartości należy starą zmazać lub podświetlić za pomocą
myszki. Program uruchamiamy naciskając przycisk Ok lub klawisz Enter. Pokaże się
pełnoekranowa animacja symulacji. Końcowy rezultat symulacji kopiujemy do schowka
naciskając kombinację klawiszy Alt+Print Screen, a następnie wklejamy go do dokumentu
Worda (Ctrl+V), piszemy wartości parametrów zastosowanych w obliczeniach i opisujemy
powstałą strukturę (antyferromagnetyk, paramagnetyk, ferromagnetyk).
Druga część ćwiczenia polega na znalezieniu zależności namagnesowania M,
objętościowej podatności magnetycznej � oraz pojemności cieplnej CV od temperatury dla
76
substancji ferromagnetycznej i antyferromagnetycznej. Zależności te wyznaczymy
przeprowadzając symulację typu Monte Carlo za pomocą programu Ising_1 (nie mylić z
opcją programu MC). Jest to program, który Claude Garrod również załączył do swojego
podręcznika  Statistical Mechanics and Thermodynamics (Oxford University Press, 1994).
Autor skryptu dostosował go do środowiska Windows. W programie tym cząsteczki
obdarzone trwałym magnetycznym momentem dipolowym m umieszczone są w węzłach
regularnej siatki. Jest to siatka kwadratowa o wymiarze L � L. Na dipole działa pole
magnetyczne H*, a potencjał między dwiema najbliższymi cząsteczkami z dipolami
ustawionymi równolegle (ę!ę!) wynosi V*. Warto zauważyć, że wszystkie wielkości użyte w
programie są wielkościami zredukowanymi, dlatego nie jest podawany ich wymiar. Po
uruchomieniu programu widzimy okno
Rys. 25. Okno programu Cwiczenie_12
Dla substancji ferromagnetycznej przyjmujemy:
V*=+1,
natomiast dla antyferromagnetycznej:
V*=-1.
Pozostałe parametry mają następujące wartości:
H*=0.1, L=10, T*min=1, T*max=5, N runs = 41, N moves=100000.
Po uruchomieniu programu poprzez naciśnięcie przycisku Licz pojawia się okienko
dialogowe służące do zapisania wyników do pliku. W oparciu o nie sporządzamy wykresy
77
*
przedstawiające zależność M* (= I/N mi), �", i CV od T* dla substancji ferromagnetycznej i
antyferromagnetycznej. Ostre maksimum pojemności cieplnej(7) wskazuje, że mamy do
czynienia z przemianą fazową drugiego rodzaju wg klasyfikacji Ehrenfesta. Będzie to
przejście odpowiednio substancji ferromagnetycznej lub antyferromagnetycznej w
paramagnetyczną. Odczytaj z wykresu temperaturę tej przemiany.
(7)
Wysokość i kształt maksimum zależy od liczby cząsteczek użytych w symulacji.
78
Uzupełnienie A
Tworzenie wykresów za pomocą programu Excel
Istnieje szereg programów komputerowych służących do przygotowywania różnego
typu wykresów. Należy do nich Excel. Jego niewątpliwą zaletą jest to, iż znajduje się w
pakiecie Office firmy Microsoft, a więc jest przez to szeroko dostępny. Dlatego w niniejszym
rozdziale przedstawiona jest krótka informacja o tworzeniu wykresów potrzebnych do analizy
i graficznej prezentacji danych liczbowych za pomocą programu Excel.
Tworzenie wykresu zaczynamy od wprowadzenia do arkusza kalkulacyjnego
programu Excel danych, które chcemy zaprezentować graficznie. Mamy tu dwie możliwości:
wpisanie ręczne lub wczytanie z pliku. Pierwsza nie wymaga komentarza, dlatego zajmiemy
się tylko drugą. Załóżmy, że dane znajdują się na dyskietce w pliku Moje_dane.txt.
Zaznaczamy komórkę A1, a następnie z menu Plik wybieramy pozycję Otwórz ... (Ctrl+O).
Pojawia się wówczas okno dialogowe Otwórz. Na polu Szukaj w wybieramy Dyskietka 3,5
(A), pliki typu: pliki tekstowe. Wówczas na ekranie pojawiają się wszystkie pliki tekstowe
zapisane na dyskietce. Zaznaczamy plik Moje_dane i naciskamy przycisk Otwórz. Wówczas
otwiera się trójkrokowy kreator importu tekstu. W pierwszym kroku można ustalić, czy dane
oddzielone są za pomocą separatorów (np. znak Tab lub ; ) oraz od którego wiersza ma być
plik czytany. Krok 2 pozwala dokonać ręcznej modyfikacji szerokości pól, w których
zapisane są kolumny liczb. W kroku 3 możemy zaznaczyć kolumnę, którą chcemy pominąć
podczas importowania danych. Naciśnięcie przycisku Zakończ uruchamia proces wczytania
danych do arkusza kalkulacyjnego. Poprawnie zapisane liczby są wyrównywane do prawej
strony. Wyrównanie do lewej strony oznacza, że liczba traktowana jest jako tekst.
Spowodowane to może być wystąpieniem znaku, który jest niedozwolony w zapisie liczby.
Należy w pierwszym rzędzie zwrócić uwagę na separator części ułamkowej, który musi być
zgodny z ustawieniami międzynarodowymi. Błędny separator można łatwo zmienić we
wszystkich liczbach korzystając z funkcji Zamień (menu Edycja, pole Zamień ... lub
Ctrl+H).
Możemy teraz przystąpić do tworzenia wykresu. Zaznaczamy myszką obszar danych,
a następnie naciskamy przycisk kreatora wykresów lub z menu Wstaw wybieramy pole
Wykres ... W obu przypadkach pojawia się czterokrokowy kreator wykresu. Krok 1 pozwala
79
wybrać typ wykresu. Korzystamy z zakładki Standardowe typy i wybieramy typ XY
(Punktowy). W prawej części okna pokazane są dostępne podtypy: punktowy, punktowy z
punktami danych połączonymi prostymi lub wygładzonymi liniami, punktowy z punktami
danych połączonymi liniami prostymi lub wygładzonymi bez znaczników danych.
Wybieramy ten, który najlepiej zobrazuje nasze wyniki. Drugi krok umożliwia zmianę
zakresu danych oraz zmianę, utworzenie lub usunięcie serii danych. Okno kroku 3 pozwala
wstawić tytuł wykresu, opis osi, a także zadecydować, czy mają być pokazane linie siatki i
gdzie umieszczona ma być legenda. Położenie wykresu określamy w kroku 4. Mamy tu do
dyspozycji nowy arkusz lub arkusz już istniejący. Jeżeli chcemy, żeby po wydrukowaniu
wykres zajmował powierzchnię całej kartki papieru, to wybieramy nowy arkusz. Po
naciśnięciu przycisku Zakończ pojawia się gotowy wykres, który niekoniecznie musi
odpowiadać naszym oczekiwaniom
Gotowy wykres możemy modyfikować wybierając myszką (poprzez dwukrotne
naciśnięcie lewego jej przycisku) obiekt, który chcemy zmienić. Trudno tu wymienić
wszystkie możliwości. Możemy określać wielkość, krój i kolor czcionki, styl, kolor i grubość
linii, wygładzić je, formatować osie (w tym ich zakres), zmienić tekst legendy, usunąć lub
zmienić kolor tła wykresu. Na gotowy wykres można nanieść dodatkowy tekst i różne
elementy graficzne (strzałki, linie itp.). Do wykresu można dodać linię trendu. W tym celu z
menu Wykres wybieramy opcję Linia trendu. Pojawia się okno Dodaj linię trendu z
dwiema zakładkami: Typ i Opcje. Na karcie Typ pokazane są dostępne typy trendu/regresji:
liniowy, logarytmiczny, wielomianowy, potęgowy, wykładniczy i średnia ruchoma. Nas
interesować będą głównie dwa typy: liniowy i wielomianowy. W przypadku typu
wielomianowego można określić stopień wielomianu. Z kolei na karcie Opcje można m.in.
zażądać, aby linia/krzywa trendu przecinała oś y w określonym punkcie (Ustaw przecięcie =
) oraz żeby na wykresie pojawiła się jawna postać równania linii/krzywej trendu (Wyświetl
równanie na wykresie).
80
Uzupełnienie B
Pochodna potencjału dla modelu sztywnych kul
Na początku poznamy dwie funkcje, które potrzebne będą nam dalej. Są to: funkcja
skokową Heaviside a oraz funkcja delta Diraca. Funkcja Heaviside a H(x), zwana też
jednostkową funkcją skokową, jest zdefiniowana:
0 x < 0
ż#
H(x)= (B.1)
�#1 x > 0
�#
Jej pochodną jest funkcja delta, �(x), lub delta Diraca
d
H(x) = � (x) (B.2)
d x
Funkcja delta posiada następującą własność:
"
f (x)� (x - a)d x = f (a) (B.3)
+"
-"
lub
"
f (x)� (x)d x = f (0) (B.4)
+"
-"
W szczególnym przypadku, gdy f(x) = 1, mamy:
"
� (x)d x = 1 (B.5)
+"
- "
Oznacza to, że całka z funkcji delta wynosi jeden. Taki sam wynik dostajemy całkując
funkcję delta w przedziale od -� do +�,
�
� (x)d x = 1 (B.6)
+"
-�
81
gdy � 0. Wynika z tego, że
� (x) = 0 (B.7)
dla x`"0.
W rozdziale  Oddziaływania międzycząsteczkowe energię potencjalną V
oddziaływań między dwiema sztywnymi kulami opisaliśmy wzorem:
ż#
�#0 dla r > d
V(r) = (B.8)
�#
�#
�#" dla r d" d
Wprowadzamy funkcję
y = e-V (r)/ kT (B.9)
Jest to funkcja Heaviside a, H(r-d), gdyż dla r>d, y=1, natomiast dla rd"d, y=e-"=0. A
ponieważ pochodna z funkcji Heaviside a jest funkcją delta, mamy
d y d e-V (r )/ kT dV(r)= � (r - d)
= e-V (r)/ kT = - (B.10)
d r d r kT d r
Wynika z tego, że
dV(r)= -kT� (r - d)eV (r)/ kT
(B.11)
d r
Siła oddziaływań między sztywnymi kulami opisuje więc równanie:
dV(r)
F = - = kT� (r - d)eV (r)/ kT (B.12)
d r
Zobaczmy, że:
- dla r>d funkcja �(r-d)=0 oraz e0=1, dlatego F=0
- dla r=d funkcja �(r=d)= " oraz e0=1, dlatego F="
- dla rprzez zero (e-"=0). Dlatego wartość F jest tu nieoznaczona.
82
Jeśli podstawimy (B.11) do (98), wówczas otrzymamy:
"
pV NkT
=1+ � (r - d)eV (r)/ kT g(r)4Ąr3d r (B.13)
+"
0
NkT 6VkT
Wobec właściwości (B.3) funkcji delta dostajemy wzór:
3
pV 2Ą Nd g(d )
= 1 + , (B.14)
NkT 3V
który jest wykorzystany w ćwiczeniu nr 9.
83
Literatura
1. D. W. Heermann,  Podstawy symulacji komputerowych w fizyce , WNT, Warszawa,
1997
2. P. W. Atkins,  Chemia fizyczna , PWN, Warszawa, 2001
3. E. Steiner,  Matematyka dla chemików , PWN, Warszawa, 2001
4. M.P. Allen, D.J. Tildesley,  Computer Simulation of Liquids , Claredon Press,
Oxford, 1987
5. D. Frenkel, B. Smit,  Understanding Molecular Simulation , Academic Press, San
Diego, 1996
6. http://members.aol.com/btluke/smcsim.htm
7. http://pwww.riskglossary.com/articles/monte_carlo_method.htm
8. http://www.chem.unl.edu/zeng/joy/mclab/mcintro.html
84


Wyszukiwarka

Podobne podstrony:
Instrukcja do ćw 20 Regulacja dwupołożeniowa temperatury – symulacja komputerowa
C Builder Symulacje komputerowe poprws
L5 Badanie stabilności liniowego układu 3 rzędu z opóźnieniem Wpływ wartości opóźnienia na stabi
Symulacja komputerowa zalozenia do realizacji zadan 2007
Symulacja komputerowa zadania 2007
04 Modelowanie i symulacja komputerowa
Modele symulacyjne i symulacja komputerowa
komputerowa symulacja
Narzędzia Komputerowe w Projektowaniu i Symulacji Info
Komputerowa symulacja rozprzestrzeniania zanieczyszczeń w atmosferze
Cw 28 Komputerowa symulacja generatorow
Sieci komputerowe wyklady dr Furtak
Informacja komputerowa
ANALIZA KOMPUTEROWA SYSTEMÓW POMIAROWYCH — MSE
Sciaga pl Podział drukarek komputerowych

więcej podobnych podstron