6830718977

Inżynieria genetyczna - wykład 11

11.05.2012

Two-dimensional gel electrophoresis

ni imd ni ud

Techniki używane do analizy proteomu

Proteom - zbiór białek ulegających ekspresji, które są produktami genów aktywnych w danym momencie w danej tkance/komórce.

Transkryptom i proteom bardzo silnie korelują ze sobą ale badane są one niezależnie, ponieważ nie muszą być identyczne ze względu m.in. na alternatywne procesowanie transkryptu - repertuar białek jest większy niż to co mamy na początku.

Metody używane do profilowania (inaczej badania) proteomu;

• Połączenie elektroforezy dwuwymiarowej i spektrografii masowej - najczęściej używane, jest to połączenie dwóch technik.

W pierwszym etapie eksperymentu próbka/ekstrakt komórkowy/ekstrakt tkanki jest poddawana elektroforezie w dwóch wymiarach. Zasada rozdziału w pierwszym i drugim wymiarze jest różna - w jednym wymiarze (kierunku) jest to rozdział w warunkach denaturujących, w drugim może być np. izoelektroogniskowanie.

Istota rozdziału -> elektroforeza jest prowadzona najpierw w jednym kierunku, otrzymujemy jakieś produkty, które następnie są (po obróceniu żelu) chromatografowane w drugim kierunku. Wybarwiamy żel i otrzymujemy obraz taki jak widać na obrazku wyżej na ostatnim chromatogramie-plamy/punkty odpowiadające poszczególnym białkom.

Rozdzielczość tej techniki jest ogromna - możemy zobaczyć wy barwione punkty odpowiadające danym białkom obecnym w danym momencie w komórce.

W tym etapie następuje rozdział, wydzielenie stałej mieszaniny tych białek, które chcemy następnie poddać analizie.

Następnie mamy etap identyfikacji. Tak naprawdę dowolna technika pozwalająca nam na powiedzenie jakiemu białku odpowiada punkt byłaby użyteczna. Obecnie techniką najbardziej użyteczną, pozwalającą na identyfikację bardzo małej ilości białek jest technika spektrografii masowej.

Jak jest to możliwe?