1950083549

sekwencji możliwe jest dokonanie pomiaru dla większej liczby komórek przy wykorzystaniu jednej macierzy.

cRHA znakowane cDHA    biotyną

,    Transkrypcja

l ^ >

♦

-B

-B

1^1

Rys. 2.4-1. Schemat pomiaru ekspresji genów komórki za pomocą mikromacierzy w technologii proponowanej przez Ąjjymetrbc [51]

Na rysunku 2.4-1 znajduje się schemat przykładowego sposobu pomiaru aktywności genów badanej komórki. Założono, że mikromacierz z sondami została przygotowana wcześniej, niezależnie od doświadczenia. Przedstawioną procedurę często utożsamia się z jej najistotniejszym etapem, jakim jest hybrydyzacja. W literaturze spotyka się także określenie próba lub przykład (ang. sample). Można powiedzieć, że eksperyment składa się z serii hybrydyzacji, po których następuje analiza danych pomiarowych i wizualizacja otrzymanych wyników.

Zanim przejdziemy do omówienia pojedynczej hybrydyzacji zaznaczmy, że w literaturze panuje pewna niejednoznaczność w określaniu sekwencji znajdujących się na płytce i sekwencji badanych. Przykładowo rozbieżne nazewnictwo używane jest w organizacjach KBRIN [53] i Affymetrix [51]. W pracy przyjmiemy nomenklaturę wykorzystywaną w Affymetrix, gdyż jest ona również zalecana przez Naturę Genetics [56]. Zgodnie z nią sekwencja znana określana jest jako sonda (ang. probe), a sekwencja badana jako cel (ang. target). W rozpatrywanych przez nas technologiach sondy nanoszone są na płytkę, a cele pobrane z komórek umieszczane są w roztworze. Jest to istotne, gdyż w zastosowaniach spotyka się również odwrotny sposób rozmieszczenia obu zestawów łańcuchów, np. ONF (Oligonucleotide FingerPrinting).

Wybór odpowiedniej technologii dla eksperymentu znacząco wpływa na sposób pomiaru ekspresji. Pomimo to procedura ma zasadniczo podobny przebieg.

1. Przygotowanie sond

Na początku eksperymentu wybierany jest pewien zestaw genów danego organizmu. Zakres selekcji zależy od celu przeprowadzanego badania i może obejmować nawet cały genom.

17

Wyszukiwarka

Podobne podstrony:
Slajd48 (27) Słownik symboli Dla uproszczenia zapisów możliwe jest zastosowanie słowników dla nazw o
Ćwiczenie Nr 11Wzmacniacz operacj^jny 1. Cel ćwiczenia Celem ćwiczenia jest dokonanie pomiarów wybra
jest zaburzenie symetrii modelowanego obszaru, konieczne jest użycie mniejszej lub większej liczby w
Podział na klasy równoważności (8) projektowanie przypadków testowych dla większej liczby podziałów
!: DYDAKTYKAMaterialyAORGANIZACJAMateriały_ 3) Analogiczne wzory obowiązują dla większej liczby
mech028 Dla większej liczby doświadczeń uzyskuje się obwiednią krytycznych kół Mohra (rys. 10.1 c),
Wartość pipsa Pips to najmniejsza możliwa zmiana wartości ceny. Dla większości par walut pipsem okre
DSC00331 (12) w budynku przeznaczonym dla większej liczby zwierząt niż podana wyżej należy stos
P1090332 PRODUKT TURYSTYCZNY JEST TAKŻE: złożony - jest konglomeratem mniejszej lub większej liczby
Zadanie 12. (0-1) Funkcja / określona jest wzorem /(.v) = .v6 +1 dla każdej liczby rzeczywistej ,v.
O tym, że NPZ jest ideą atrakcyjną dla większości badanych, świadczy fakt, że prawie dwie trzecie sp
05 statystyczną i z punktu widzenia procesów cieplnych możliwe jest jej stosowanie dla jezior o regu
23100 P1090332 PRODUKT TURYSTYCZNY JEST TAKŻE: złożony - jest konglomeratem mniejszej lub większej l
ar41 Arkusz 4 Zadanie 1. (4 p.) Udowodnij, że suma ^n3 + ^n2 + X-n jest liczbą naturalną dla każdej
CCF20130221043 Dla większej liczby doświadczeń uzyskuje się obwiednię krytycznych kól Mohra (rys. 1
skanuj0073 LISTKIGra losowa Jest to gra dla dowolnej liczby graczy.l)o gry potrzebna będzie:  &

więcej podobnych podstron