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CHAPITRE IV
ETUDES DE SIMULATION
4.1 Scenarios de simulation
Pour detecter les SNPs associes aux caracteres d’interet, nous avons precedemment formule Phypothese que Panalyse conjointe des SNPs peut donner une puissance statistiąue plus elevee que Panalyse d’un SNP k la fois. Pour illustrer la methodo-logie proposee, nous allons faire une comparaison de la puissance de notre nouvelle methode introduite au chapitre 3 et des móthodes concurrentes, entre autres la me-thode de Klei et la methode univariśe. Nous allons aussi mener d’autres etudes de simulation : une etude va porter sur Pestimation des p-valeurs par Palgorithme de Knijnenburg et al. (2009) dans 1’approche PCHg> une autre va porter sur le cas du desequilibre de liaison entre les SNPs, afin de visualiser Pimpact du desequilibre de liaison sur la puissance de notre mśthode PCHg. Plusieurs scenarios de simulation ont ete conduits, selon differentes valeurs des parametres suivants :
— nombre de sujets n = 500;
— nombre de marqueurs genśtiques inclus dans le mod&le Z = 10;
— nombre de caracteres q = 5;
— le desequilibre de liaison entre les marqueurs r2 £ {0,0.2,0.4,0.6,0.8} ;
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