3870137221
STRATEGIE NMR WYZNACZANIA STRUKTUR BIAŁEK W ROZTWORZE 29
które najczęściej nie zależą znacząco od zmian konformacyjnych, przyjmuje się wartości standardowe otrzymane innymi niż spektroskopia NMR, metodami doświadczalnymi. Do wyznaczenia pozostają kąty dwuścienne, których w reszcie amino-kwasowej jest średnio pięć. Kąty' te muszą zostać wyznaczone w oparciu o więzy strukturalne otrzymywane z danych znajdujących się w widmach NMR.
Widma NMR pozwalają na wyznaczenie kilku rodzajów więzów strukturalnych. Do najważniejszych i najczęściej wykorzystywanych zaliczają się odległości pomiędzy protonami otrzymywane z pomiarów jądrowego efektu Overhauscra (NOE) [5 J. Również często wykorzystywane są wicynalne stałe sprzężenia spinowego pozwalające na bezpośrednie obliczenie odpowiedniego kąta dwuściennego z zależności Kaiplusa [7, 8]. Istnienie wiązania wodorowego może być eksperymentalnie potwierdzone obserwacją sprzężeń spinowych przez te wiązania [9], Wymienione rodzaje więzów zaliczają się do więzów krótkozasięgowych dających jedynie informacje o strukturze lokalnej. Zasięg efektu NOE w białkach nie przekracza 0,5 nra a długość wiązania wodorow ego jest jeszcze mniejsza. Przy wyznaczaniu wzajemnej orientacji odległych fragmentów cząsteczki ma miejsce kumulowanie się błędów, którymi obarczone są poszczególne więzy krótkozasięgowe.
Badania prowadzone w rozpuszczalnikach anizotropowych pozwalają na wyznaczenie niecałkowicie uśrednionych przez ruchy dyfuzyjne sprzężeń dipolowych określanych w takim przypadku terminem resztkowych sprzężeń dipolowych. Ponieważ wszystkie obserwowane w cząsteczce resztkowe sprzężenia dipolowe zostają wyznaczone względem jednego molekularnego układu współrzędnych zdefiniowanego przez osie główne tensora dyfuzji cząsteczki, więc odległości pomiędzy wektorami łączącymi pary sprzężonych dipolowo jąder nie wpływają na dokładność wyznaczenia ich wzajemnej orientacji [ 10-14], Jest to właściwość odróżniająca ten typ więzów od więzów krótkozasięgowych.
Żaden z wymienionych rodzajów więzów nie jest jednoznaczny. Proton HA odległy o odcinek d od innego protonu HB o znanym położeniu może znajdować się na powierzchni sfery o promieniu d, której środek wyznacza proton HB. Do jednoznacznego określenia położenia protonu HA potrzebna jest znajomość czterech odległości od różnych odpowiednio względem siebie zlokalizowanych protonów o znanych położeniach. Jednej wartości wicynalnej stałej sprzężenia mogą odpowiadać cztery' różne wmtości kąta dwuściennego i do usunięcia tej niejednoznaczności potrzebna jest znajomość dwóch lub trzech różnych sprzężeń wicynalnych posiadających wspólne wiązanie centralne. Spełnienie takiego warunku nie zawsze jest możliwe. Również dana wartość resztkowego sprzężenia dipolowego nic odpowiada jednemu kierunkowi odpowiedniego wektora międzyjądrowego i możliwe kierunki tworzą powierzchnie dwóch stożków eliptycznych. Z tych powodów dokładność wyznaczenia struktury przestrzennej rośnie z liczbą więzów. Powszechnie uważa się, że powinno ich być ponad 10 na jedną resztę aminokwasową.
Wyszukiwarka
Podobne podstrony:
STRATEGIE NMR WYZNACZANIA STRUKTUR BIAŁEK W ROZTWORZE 31 nów amidowych HN jest szeroki i oprócz tego
35 STRATEGIE NMR WYZNACZANIA STRUKTUR BIAŁEK W ROZTWORZE spinowych 3J(HN,Ha), dla których najbardzie
39 STRATEGIE NMR WYZNACZANIA STRUKTUR BIAŁEK W ROZTWORZE Tabela 3. Sekwencje wykorzystywane do redag
STRATEGIE NMR WYZNACZANI A STRUKTUR BIAŁEK W ROZTWORZE 43 W efekcie oprócz rozdzielczości poprawia s
STRATEGIE NMR W YZNACZANIA STRUKTUR BIAŁEK W ROZTWORZE nały zazwy czaj nie mogą być połączone z pozo
STRATEGIE NMR WYZNACZANIA STRUKTUR EIAŁEK W ROZTWORZE 27 BUDOWA I KONFORMACJA BIAŁEK Białka są
STRATEGIE NMR WYZNACZANIA STRUKTUR BLAŁEK W ROZTWORZE 25 ABSTRACT A number of reasons have hindered
WIADOMOŚCI 2005. 59, 1-2 chemiczne PL ISSN 0043-5104STRATEGIE NMR WYZNACZANIA STRUKTURBIAŁEK W
• wykorzystujemy żelbet w metodach odkrywkowych, które w zasadzie nie różnią się od innych robót
Genowefa Ślósarek Analiza strukturalna białek za pomocą spektroskopii NMR Wydawnictwo Naukowe UAM
Image009 146 PEDAGOGIKA EMANCYPACYJNĄ czona perspektywa, którą wyznaczają struktury poznawcze osób o
Zdj?cie1662 Fotogrametryczne wyznaczanie przemieszczeń Przemieszczenie punktu kontrolowanego, które
WIADOMOŚCI 2005, 59, 1-2 chemiczne PL ISSN 0043-5104SPEKTROSKOPIA NMR W BADANIACH STRUKTURALNYCH KWA
SPEKTROSKOPIA NMR W BADANIACH STRUKTUR. VLNYCH KWASÓW NUKLEINOWYCH CZĘŚĆ I 49ABSTRACT NMR spectrosco
SPEKTROSKOPIA NMR W BADANIACH STRUKTUR.VLNYCH KWASÓW NUKLEINOWYCH CZ.ĘSC I 51 W niniejszym artykule
więcej podobnych podstron