7808335478

Bioinformatyka, edycja 2015/2016, laboratorium 4

Możliwa jest również sytuacja, kiedy sekwencje wykazują duże podobieństwo mimo braku wspólnego przodka. Najczęściej ma to miejsce wtedy, kiedy pełnią one podobną funkcję np. wiążą się do tego samego białka lub helisy DNA (np. motyw palca cynkowego powyżej), wtedy ich podobna struktura niejako wymusza pewne podobieństwo w sekwencji. Oczywiście podobieństwo może również być przypadkowe, wtedy musimy się zastanowić czy otrzymane podobieństwo jest statystycznie istotne. Tak więc, wyszukiwanie podobieństw w sekwencjach może służyć np. wyszukiwania prawdopodobnej funkcji genów, do porównywania genów, białek między gatunkami - obserwowaniu działania ewolucji.

2. Macierze kropkowe - dot plot

Jedną z pierwszych metod porównywania sekwencji był tzw. dot plot. Tworzymy macierz, której kolumny odpowiadają kolejnym resztom pierwszej sekwencji, a wiersze kolejnym resztom drugiej sekwencji. Bardzo prosta idea polega na uzupełnianiu kropkami macierzy, tam gdzie mamy zgodność. Ta metoda nie nadaje się do analizy dużej liczby sekwencji, ale można dzięki niej szybko zobrazować charakterystyczne cechy dopasowania. Często porównuje się sekwencję samą ze sobą, np. aby zobaczyć czy są jakieś fragmenty które się powtarzają.

2

Wyszukiwarka

Podobne podstrony:
29.10.2015 Bioinformatyka, edycja 2015/2016, laboratorium 4 Instytut Informatyki I Matematyki Komput
29.10.2015 Bioinformatyka, edycja 2015/2016, laboratorium 4Zadanie 1. -    Wejdź na
29.10.2015 Bioinformatyka, edycja 2015/2016, laboratorium 44. Algorytm LCS Ponieważ algorytmy
29.10.2015 Bioinformatyka, edycja 2015/2016, laboratorium 45. Algorytm Needlemana-Wunscha (dopasowan
29.10.2015 Bioinformatyka, edycja 2015/2016, laboratorium 4 Rysunek 4: Z materiałów do kursu
29.10.2015 Bioinformatyka, edycja 2015/2016, laboratorium 4Global Alignment vs. Local
Piekary Śląskie 29.10.2015 Radny Rady Miasta Piekary Śląskie Łukasz
6 10(1) 2015/2016 Piotr Bieranowski - ćwiczenia z WYTRZYMAŁOŚCI MATERIAŁÓW, CZ. VI. RRS: 0) =
9,10 (2) Przykład 3. W dowolnych chwilach przedziału czasu o długości T możliwe jest odebranie przez
DSC 29 108 LUDWIK FRYDI mentyki, ale istnieje bogactwo, które jest również ubóstwem. Obfito* efektów
GRUPA D 2015/2016^^. PIŁKA RĘCZNA UMCS Lublin - AZS Politechnika Lubelska 29:25 (14:10) UMCS: Pawelc
BIULETYN METODYCZNY nr 1 (34) II SEMESTR 2015/2016 10 Uczniowie różnią się od siebie nie tylko rodza
Harmonogram zajęć kierunek lekarski rok IV semestr 7 (zimowy) 2015/2016 Liczba studentów na roku - 4
I Rok Wydział Lekarski - „Biologia Medyczna” - Rok Akad. 2015/2016 Ćwiczenie 10 Temat: Genetyka medy

więcej podobnych podstron