7808335479
29.10.2015
Bioinformatyka, edycja 2015/2016, laboratorium 4
Zadanie 1.
- Wejdź na stronę Instytutu Bioinformatyki w Monachium, który udostępnia program do generacji dot-plotów:
http s ://ww w. hel mhol tz-mu enchen. de/i cb/software/gepard/index. htm 1
- W sekcji download - uruchom program przez Java Web Start (może być Iow memory
version) [żeby zadziałało w pracowni, zapewne trzeba pogmerać w ustawieniach zabezpieczeń]
- Załaduj jako sekwencję 1 i 2 - sekwencję nukleotydową ludzkiego genu TPO (ID: 7173)
- Przyglądnij się rejonom samopodobieństwa sekwencji używając powiększenia.
3. Dopasowanie globalne i lokalne
Rozróżniamy dopasowanie globalne i lokalne :
- globalne - dopasowuje sekwencje na całej długości, użyteczne jeśli sekwencje są w miarę podobnych rozmiarów - np. dopasowanie domen białkowych;
- lokalne - dopasowuje pewne lokalne regiony sekwencji, wyszukuje lokalne podobieństwa, możemy nim dopasowywać sekwencje, które znacznie różnią się długością np. wyszukujemy określonej sekwencji genu na całym chromosomie, bądź pewnego motywu białkowego w całej sekwencji białka.
Global FTFTALILLAVAV F—TAL-LLA-AV
Local FTFTALILL-AVAV —FTAL-LLAAV—
Dla przypomnienia, jakie zmiany mogą nam zajść w łańcuchu DNA lub aminokwasowym ?
mutation
deletion
insertion
3
Wyszukiwarka
Podobne podstrony:
29.10.2015 Bioinformatyka, edycja 2015/2016, laboratorium 4 Instytut Informatyki I Matematyki Komput
29.10.2015 Bioinformatyka, edycja 2015/2016, laboratorium 4 Możliwa jest również sytuacja, kiedy
29.10.2015 Bioinformatyka, edycja 2015/2016, laboratorium 44. Algorytm LCS Ponieważ algorytmy
29.10.2015 Bioinformatyka, edycja 2015/2016, laboratorium 45. Algorytm Needlemana-Wunscha (dopasowan
29.10.2015 Bioinformatyka, edycja 2015/2016, laboratorium 4 Rysunek 4: Z materiałów do kursu
29.10.2015 Bioinformatyka, edycja 2015/2016, laboratorium 4Global Alignment vs. Local
Piekary Śląskie 29.10.2015 Radny Rady Miasta Piekary Śląskie Łukasz
6 10(1) 2015/2016 Piotr Bieranowski - ćwiczenia z WYTRZYMAŁOŚCI MATERIAŁÓW, CZ. VI. RRS: 0) =
Egzamin z literatury Norwegii dla II roku w roku akademickim 2015/2016 1. Literatura średniowieczna
10. Archiwum elektroniczne The electronic archive laboratorium 14h zaliczenie na
GRUPA D 2015/2016^^. PIŁKA RĘCZNA UMCS Lublin - AZS Politechnika Lubelska 29:25 (14:10) UMCS: Pawelc
BIULETYN METODYCZNY nr 1 (34) II SEMESTR 2015/2016 10 Uczniowie różnią się od siebie nie tylko rodza
Harmonogram zajęć kierunek lekarski rok IV semestr 7 (zimowy) 2015/2016 Liczba studentów na roku - 4
I Rok Wydział Lekarski - „Biologia Medyczna” - Rok Akad. 2015/2016 Ćwiczenie 10 Temat: Genetyka medy
więcej podobnych podstron